光学顕微鏡とは異なり、試料に電子を照射し透過した電子を結像させ像を得る顕微鏡のこと。電子は数十kV(キロボルト)から数MV(メガボルト)の電圧によって加速されたものを使用する。特徴としてその分解能の高さがある。分解能は照射する光、または電子の波長に依存し、その波長が短いほど分解能は良くなる。透過電子顕微鏡で用いられる電子の波長は可視光領域の光(波長が400nm(ナノメートル)から700nmの領域の光)に比べ短い。そのため通常の光学顕微鏡にくらべ遥かに良い分解能が得られる。例として数百キロボルトの電圧で加速された電子ならば理論的には分解能が1オングストロームよりも短い。透過型電子顕微鏡を用いることにより原子をみることができる。また、EDX等の検出器と組み合わせることにより、その利用法は広範囲に拡がる。透過型電子顕微鏡の歴史的貢献としてウイルスの発見があげられる。
他に電子を用いる顕微鏡には
等が挙げられる。