農林水産省の所掌する政策に関する総合的な調査及び研究を行う国の研究機関として、平成13年4月に、農業総合研究所を改組して設立された機関。
我が国の食料、農業及び農村をめぐる状況が大きく変化する中で、21世紀においても日本の農林水産業と農山漁村が発展し続けていくため、農林水産省では、平成11年7月の「食料・農業・農村基本法」の制定をはじめ、新しい時代に対応した農林水産政策の展開に取り組んでいる。研究においても、このような新たな政策の展開方向に対応し、充実した政策研究の推進が求められている。農林水産政策研究所は、このような期待に応えるべく、農業経済学、関連する経済学、法律学、社会学等を駆使して国内外の食料・農林水産業・農山漁村の動向及び政策に関する調査研究を進め、農林水産省の政策の企画・立案等に資する知見を提供しようとしている。