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インフォマティクス

(一般)
【いんふぉまてぃくす】

情報処理、またはその関連分野。

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基礎化学論文を読むブログ•3 日前

5．光刺激による有機発光（ChemRxiv 2020年9月16日版）

chemrxiv.org 世の中にはプレプリントなるものがあります． 査読を受ける前にオープンアクセスとして登録・公開するもので，色々と利点があるために広まってきています．プレプリントについては以下の記事が分かりやすいです． thinkscience.co.jp プレプリントは正式な論文ではないので，こちらに書くかどうか迷いましたが，読んだので書いておこうと思います．2020年9月16日の版です．プレプリントは変更・更新されることがあるので，この記事と論文の内容が変わることもあるかと思います． 一言で言うと ドナー分子，アクセプター分子，トラップ＆エミッター分子の3種類を用いて，光エネルギーを…

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65ブックマーク統計的に正しいランキングを行う方法をJavaで書く - バイオインフォマティクスって何ですか？Java | 統計的に正しいランキングを行う方法を見たのでちょっとJavaで書いてみる。はじめになにがしたいかというと、「レイティング」というのをご存じでしょうか。Amazonとかで商品を購入者が星つけて評価したりしてるやつ。ああいうので「良かったランキング」というのを作りたい。みんなが「購入して良かった」という...d.hatena.ne.jp
43ブックマークバイオインフォマティクス - Wikipediaja.wikipedia.org
23ブックマークAI創薬の革新――低コスト・低リスクで迅速な新薬開発に向けて / バイオインフォマティクス　山西芳裕氏インタビュー | SYNODOS -シノドス-synodos.jp
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19ブックマーク【初心者レビュー】PyCharm使ったら、勉強が捗る！ちょいハードル下がる！ - 非プログラマーのためのインフォマティクス入門。（仮）sumtat.hatenablog.com
18ブックマークバイオインフォマティクス人材育成 - Togettertogetter.com
17ブックマーク新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 | 理化学研究所新しいバイオインフォマティクス・ツール「ZENBU」を開発 ―ゲノム上の数千もの転写活性を視覚化、解析し、データを共有― ポイント 複雑なゲノム機能解析システムをWeb上で実現 バイオインフォマティクスの専門家以外でも直感的に操作可能 小規模の研究室でも大規模データセットの比較研究が容易に 要旨 理化学研究所（理...www.riken.jp
16ブックマークJavaテクニック：コンストラクタの引数が多いときにはビルダーを検討する(その２) - バイオインフォマティクスって何ですか？Java | 書籍『Effective Java』から Java のプログラミングテクニックを紹介します。前回、コンストラクタの引数が多い場合の解決策として、テレスコーピングコンストラクタパターンと JavaBeans パターンの2つの方法を見ました。これらの方法には、それぞれ「可読性」と「安全性」において問題がありました。今回は、こ...d.hatena.ne.jp
16ブックマーク研究者の書棚：バイオインフォマティクス関連書籍bk1、amazon.co.jpのアフィリエイトプログラムに参加しているので、【bk1】【amazon.co.jp】のリンクをたどれば、書誌情報が見られるとともに、オンラインで購入ができます。 「Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis」おすすめ 著者：David W. Mount、出版：Cold Spring Harbor Laboratory Press 、ISBN：08796...www.kenkyuu.net

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アグリな凡人が奮闘する話•3 日前

やっぱりLinux

自分で機械学習させることもないのでしばらくPythonは趣味にとどめておくことにする。ただ機械学習自体は、さらに深層学習自体は何らかに使いたいという願望はあるので、継続はする。 バイオ系でPython使えるイメージがまだまだないので、今後新しいツールが出てきたらそのソースコードから見てみて、イメージをつかみたいところ。 調べたらPerlとRが使えそう。Perlは使用者が比較的少ないし、まだ未発達ということもあり、PythonのNumpyの方がPerlよりもいいですよ、という声もあるので微妙なところだが。でもBioPerlの有用性も、特に配列を用いた計算においては有用ということらしいので、んまあ…

macでインフォマティクス•4 日前

BLAST結果をソート・フィルタリングする BLAST-QC

NCBIのBasic Local Alignment Search Tool (BLAST)は、バイオインフォマティクスおよびゲノミクス研究のための配列アライメントおよび同定のための好ましいユーティリティである。NCBIのBLASTソフトウェアを使用している研究者の間では、大規模なBLAST検索の結果を解析するのは面倒で時間がかかることがよく知られている。さらに、'-max_target_seqs'のようなパラメータがBLASTヒューリスティック検索プロセスに与える影響についての最近の議論では、これらの検索オプションの使用は疑問視されている。このため、スタンドアロンのパーサーを使用することは、…

デジタル推進課•7 日前

KNIME - エラーでも止めない努力 - 例外処理 ~Try / Catch Errors~

はじめに 覚えてほしいこと やりたいこと Try / Catch Errorsの使い方 Workflow Workflow - エラーがない場合 Workflow - エラーが発生した場合 Confirm - Catch Errors Workflow - エラーがない場合 Workflow - エラーが発生した場合 Configure Configure - Try Configure - Catch Errors おわりに 参考リンク // はじめに 今回はTryとCatch Errorsについて解説します。何かエラーが予測されている場合に使います。横文字を使うと、ロバストなワークフローを…

Studying the harmonious•8 日前

『問題解決力を鍛える アルゴリズムとデータ構造』（実施中）

Ch01 what's algorithm algorithm: 問題を解くための方法、手順 binary searchとlinear search どんなケースも同じやり方で答えを導ける Depth-First Search(DFS) とりあえず突き進むを行き詰るまで繰り返す 探索順序を工夫すると劇的な性能差になるのが魅力。 Breadth-First Search(BFS) 出発点に近いところから順に探索 何かを達成するための最小手順を知るために使える DFS, BFSとも、グラフ上の探索と考えると見通しがよくなる matching 2 category間のつながりの問題 internet…

macでインフォマティクス•8 日前

（バクテリア）共存在する遺伝子を探索するwebサービス PhyloCorrelate

系統プロファイリング」として知られるゲノム間のco-occurring genesを統計的に検出する方法は、遺伝子間の機能的関連を推測するための強力なバイオインフォマティクス技術である。系統樹データベースのサイズと複雑さ、系統樹構造の考慮の難しさ、ゲノムアノテーションの不一致、計算量の多さなどを考慮すると、これは困難な作業であると考えられる。著者らは、大規模な系統マップデータセットにおける遺伝子co-occurrence解析のための計算フレームワークであるPhyloCorrelateを紹介する。PhyloCorrelateは、標準的な相関指標や系統ヒストリーを考慮したモデルベースの指標など、様…

アグリな凡人が奮闘する話•8 日前

もしかしてメタゲノム解析使えるんじゃ

バイオインフォマティクス技術者試験の対策していたのでしばらく投稿なかったです。 これまで断片的な知識でやっていたので、こうした体系的な学びの機会を得たのは個人的にとてもアドである。この資格は重要視されない場面が多いが、特に農学部とかのバイオインフォマティクスをしっかりやってこなかった人にとってとてもいいんじゃないだろうか。 話は変わって表題のお話。 正直遺伝子解析は行き詰っている。 遺伝子の分割は2008年位から大した論文が出版されていない。多分プログラミングがメジャーになってウェブツールじゃなくても玄人は簡単にできるようになったからだと思うが、、、 玄人じゃない自分はどうすれば。 そこでふと…

のどかの赤い糸•14 日前

エキスパート・MI・ストラテジーFX（エキストFX） FX trader あおい 実践記 ２ｃｈ（ちゃんねる）

エキスパート・MI・ストラテジーFX（エキストFX） FX trader あおい 実践記 ２ｃｈ（ちゃんねる）FX trader あおいさんの「エキスパート・MI・ストラテジーFX（エキストFX）」投資を始めたばかりの初心者にも評判って本当？損失１のリスクリワード（損益比率）という、プロトレーダーでもあり得ないくらいに、大きなトータル利益を望めるって言っているね。そんな簡単にはいかないだろうけれど、興味あるなぁ。⇒やってみた感想は？確認してみる最先端科学テクノロジーである「マテリアルズ・インフォマティクス（通称：MI）」を駆使した、未だかつてないFXツールなんだって。難しそうなイメージもあった…

AKOAKO’s diary•17 日前

トランプ氏のTwitter凍結から思うこと　～ストーリーはひとつじゃない～

トランプ氏のアカウント、永久に停止 米ツイッター社：朝日新聞デジタル ↑↑ Twitter凍結されたとかいいながら なにか つぶやいてたから、一時的なのかと思ってたら 永久凍結って、、 ガチなのか？ っておもってみたら ふんとのようだった ↓↓↓ Permanent suspension of @realDonaldTrump ↑↑↑ だけどなぁ これのなかにある 支持者にたいして「アメリカの愛国者」という言葉を使用したことが 米国議会議事堂で暴力行為を行っている人々を支持していると解釈され..... っていうのは ちょっと行き過ぎじゃないのか って思うけど 日本人は 愛国いこーる 右傾ってい…

食品安全情報blog2•19 日前

2021-01-07

[HK] 法令違反 -二酸化硫黄が豚のサンプルにおいて検出される Sulphur dioxide found in a pork sample Wednesday, January 6, 2021 https://www.cfs.gov.hk/english/unsat_samples/20210106_8422.html 豚のサンプルにおいて、二酸化硫黄が279.8ppm検出された。 -重金属汚染が蟹のサンプルにおいて基準値を超える Metal contamination exceeds legal limit in crab sample Tuesday, January 5, 2021 …

アグリな凡人が奮闘する話•19 日前

ついにubuntuに移行した

これまでjupyternotebook便利すぎてwindows環境にこだわってたけど明らかにLinuxのが使いやすいしwindows対応してないパッケージ多すぎるしで結局RNAの発現解析調べるのはubuntuでやることにした。 BashもLinuxのが整ってるし。 まずBiocondaをインストールなどもろもろ環境整備してからfastqcをダウンロード。これで自由にfastqcファイルを見れるぞ！（これまではテキスト形式でみてた） さて、バイオインフォマティクスを学んできて一か月、やっとお目当てのRNA発現量解析のところまできた。（長かった。。。） 今回はマッピングから。 ubuntuでBio…

macでインフォマティクス•22 日前

ZEN3世代の5950xのベンチマーク

2021 1/4. 1/5 文章修正 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。新年１回目は、年末に購入したZEN3世代CPUの5950xとZEN2世代のRyzenやThreadRipperのWGSデータのマッピングタイムを比較した結果を紹介します。 5950xを購入した動機(*1)は、毎日行う、そこまで重くはないが、そこまで軽くもない類の計算を高速化することにあるのですが、１週間ほど使っているうちに、ZEN2世代のCPUと比較してどのくらい速くなっているのか気になってきました。そこで年末年始の計算機の空き時間を使って簡単なベンチマークを実行した結果を紹介します。1回ずつしか…

90’s blog•先月

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FX trader あおい エキスパート・MI・ストラテジーFX（エキストFX） 検証してみた 口コミねぇ、投資スレで盛り上がっていたけれどFX trader あおいさんの「エキスパート・MI・ストラテジーFX（エキストFX）」ってどうなの？1回のトレードで得られる利益は最大で153pipsという、奇跡的な実績を叩き出したこともあるって言っているね。本当に稼げるのなら試してみたいけれどモニターさんとか結果はどうだったのかなぁ。⇒実践レビュー・検証最先端科学テクノロジーである「マテリアルズ・インフォマティクス（通称：MI）」を駆使した、未だかつてないFXツールなんだって。意外と簡単に利益が出るっ…

macでインフォマティクス•先月

prokaryotesの自動化されたRNA seq解析パイプライン prokseq

2021 1/8 誤字修正 大規模な並列シーケンシングの進歩とシーケンシングコストの劇的な削減により、RNAのディープシーケンシング（RNA-Seq）はRNA転写産物の同定と定量化のための主要なツールとなった。今日、RNA-Seqは、創薬標的の同定、新規遺伝子制御機構の予測などを目的とした研究において、細菌の遺伝子発現を解析するために広く利用されている。このような研究では、多くの場合、計算データの取り扱いと生物学の両方の深い知識が必要とされる。バイオインフォマティクスの中程度の知識しか必要としないスタンドアロンのパイプラインやツールがいくつかあるが、原核生物のRNA-Seq解析は、利用可能なほ…

研究メモ•先月

【Linux/ubuntsu】Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための準備

【超初心者向けです】 Windows10でバイオインフォマティクス系ソフトウェアを使うための一連の流れです。 １．WSL2 を入れる Windows でLinux を使うためにはWSL（Windows Subsystem for Linux）を入れなくてはいけません。 WSL とはLinux 用 Windows サブシステムのこと。Linux の中のubuntu をバイオインフォマティクスの人たちはよく使うらしい。 くわしくは以下のページで見てください。 【WSL入門】第1回 Windows 10標準Linux環境WSLを始めよう：ITの教室 - ＠IT (atmarkit.co.jp) WS…