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オミックス
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オミックス

(一般)
【おみっくす】

Omics（オミックス）とは、遺伝子の発現（トランスクリプトーム）、たんぱく質の構造解析・たんぱく質の立体構造決定（プロテオーム）、SNPの同定、細胞内の全代謝物質の網羅的解析（メタボローム）等、個々の網羅的分子情報の基礎研究から、種々の分子情報の差異と共通性に基づいて全体性において把握し、新薬の開発などに役立てようとするものです。

http://www.so-sho.jp/information/2006_2_news_detail.php
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これはブログではない•10日前

統計力学と1細胞生物学の出会い

Teschendorff, A.E., Feinberg, A.P. (2021.4 ,Nat Rev Genet)[Statistical mechanics meets single-cell biology.] 理由 参加した研究会で紹介されてて面白そうだったので 概要 1細胞オミックスは細胞生物学や細胞性疾患の理解を変えたが、システムレベルの解析と1細胞データの解釈は多くの困難に面している。この展望論文では、統計力学や特にエントロピーや確率過程、臨界現象由来の基礎的な概念が、1細胞データ解析に活かされている影響を記述する。さらに、1細胞システム生物学をより深く理解するために、1細胞デー…

関連ブログ

令和の365日•6ヶ月前

【令和4年】2022年9月17日(土)のニュース・出来事 ～天皇皇后両陛下イギリスへ出発 ～

令和四年九月十七日 - 2022年9月17日(土) 皇室 天皇皇后両陛下イギリスへ出発 国内 バスターミナル東京八重洲開業 台風14号 ANA機が緊急事態宣言 三井ガーデンホテル仙台で揺れ発生 今日は何の日 夕刊紙週刊誌見出し 令和四年九月十七日 - 2022年9月17日(土) 大安 令和1229日目 令和176週目 令和41ヶ月目 皇室 天皇皇后両陛下イギリスへ出発 エリザベス女王の国葬参列 政府専用機でイギリスへ出発 愛子さまや秋篠宮ご夫妻が見送り 両陛下、英国へご出発 １９日に女王国葬参列 https://t.co/GvCcw0gan0現地時間の１９日午前１１時（日本時間午後７時）からウ…

akamac's review•7ヶ月前

1326「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業」

国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED）が採択課題を公表している（→https://www.amed.go.jp/koubo/21/02/2102C_00002.html）。 -フラッグシップ拠点--東京大学「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点群 東京フラッグシップキャンパス（東京⼤学新世代感染症センター）」-シナジー拠点--大阪大学，千葉大学，長崎大学，北海道大学-サポート機関（実験動物）（小型実験動物のみ）--実験動物中央研究所「感染症研究に有用な小型実験動物の開発と供給に関するサポート機関」-サポート機関（実験動物）（大型実験動物を含む）--医薬基盤・健康・栄養研究…

医療用語集　tttake’s diary•7ヶ月前

医療用語の勉強　「オ」の部　俺のエクセルノート公開

自分用のデーターベースを作るのが正解だと思います。 必要な部分は色を変えて管理すると見やすい・覚えやすいです・・ 「オ」の部をサンプルとして載せます（全体が大きすぎて、掲載出来ない） これから医療用語を勉強する人に、エクセル版の医療用語集（11129項目）および各種の勉強ノートを「無料」でお譲りします。これが誰かの役に立てばいいと思ってます。このブログの内容を見て欲しい方は、take49take49@yahoo.co.jp までメールをください。 お金には困って無いので、完全無料にしときます。そろそろ、このブログから引退しようと思ってます（過去の全部の記事をカットするかも）のでね オイゲノール…

気になった特許の話題 -Patent Topics Explorer-•7ヶ月前

欧州: 新配列表規格ST26の新規事項に関する問題に対して欧州特許庁が回答

2022年7月からWIPO加盟国は特許出願で用いる核酸やアミノ酸の配列表について新しい規格ST26を用いることになりました。 www.patent-topics-explorer.com 一方、新しい規格ST26は従来の規格よりも配列表に詳細な情報を入れる必要があるため、新規事項追加や優先権の適格性に厳格な欧州特許では懸念が示されれているものがありました。 www.patent-topics-explorer.com 今回こちらに対して早速欧州特許庁から回答があったようです。 EPO takes position on epi paper concerning ST26 sequence li…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

UniProtのデータベースから機能的アノテーションとID mappingを行う UPIMAPI

2022/07/12 修正 2023/03/05 追記 オミックスやメタオミックス技術は、微生物の機能を探索するための強力なアプローチだが、オミックスデータセットの大きさと複雑さにより、その解析はしばしば困難な課題となる。オミックスやメタオミックス解析のために開発されたソフトウェアや、遺伝子、タンパク質、分類、機能アノテーションなどの情報を網羅した知識ベースは、オミックスデータを解析するための貴重なリソースである。メタオミクス解析のためのバイオインフォマティクスリソースはいくつかあるが、その多くは計算の専門的な知識を必要とする。しかし、メタゲノムやメタトランススクリプトミクス、メタプロテオミク…

人事からみた採用とキャリアアップの実情•9ヶ月前

昭和のなみ平さん・令和のなみ平さん

長寿と労働期間延長はセット とある歴史の長い支店が閉店になるので、歴代支店長や営業のエースだった人たちが集まりＯＢ会をやりました 初代から３代目はこの世におらず、それ以降は定年してしまった方が多いです 集まった半分以上はシニアです 「今の６０代は昔の５０代と同じレベル！まだまだ働くべき」 「６０代は働き盛り」 「シニアという呼び方も変えた方がいい」 「６０歳でリタイアしたら暇でしょうがない！退屈ストレスだ！」 とのことです 「昭和の６５歳と令和の６５歳が相撲をしたら、令和が全戦全勝だ！」と豪語していました ７０代・８０代の方も皆さん元気いっぱいです 「今までの型にはまらずシニアの労働も全体でも…

macでインフォマティクス•9ヶ月前

遺伝子名の識別を支援するウェブアプリケーション GeneToList

オミックス技術を臨床医学やトランスレーショナル・メディシンに取り入れる動きが加速する中、これらの手法によって生成される大規模かつ複雑なデータセットを利用するエンドユーザーには課題がある。ゲノミクスにおける特別な課題は、遺伝子の命名法が大規模なゲノムデータベースや一般的に使用されている遺伝子解析ツール間で統一されていないことである。さらに、ピアレビューされた原稿を含む科学的なコミュニケーションにおいて、古い遺伝子命名法がまだ見受けられることがある。そこで、バイオインフォマティクスに精通していない研究者にも使いやすいインターフェイスを実現するために、遺伝子ID変換と別名照合を支援するウェブアプリケ…

toxandoria：フレーム＆フリンジの謎•9ヶ月前

■啓蒙思想初期に周知！のタナトスはヒトの共有エルゴンi.e.その悪の情念の天敵はアナログモーダル！先行把握の身体知で新しい「社会構成」への展相が急務（1/5）

(健全なヒトの意識)■啓蒙思想初期に周知！のタナトスはヒトの共有エルゴンi.e.その悪の情念の天敵はアナログモーダル(健全なヒトの意識)！先行把握の身体知で新しい「社会構成」への展相が急務（1/5） （プロローグ） 意識のプラットフォームはアナログ・デフォルトモードフラッシュ？ 【印象派を代表する画家の一人であるアルフレッド・シスレーの魅力は、いわばそれが画家（i.e.ヒト）の意識の「アナログ・デフォルトモードフラッシュ」（委細後述：第１章↓）のあまりにも見事な表現であること？】・・・（↓Related image）Alfred Sisley 「サン＝マルタン運河の眺め／View of the…

toxandoria：旧「toxandoriaの日記」•9ヶ月前

■啓蒙思想初期に周知！のタナトスはヒトの共有エルゴン、i.e.その悪の情念の天敵はアナログモーダル(健全なヒトの意識)！先行把握の身体知で新しい「社会構成」への展相が急務(1/5)

(健全なヒトの意識) ■啓蒙思想初期に周知！のタナトスはヒトの共有エルゴン、i.e.その悪の情念の天敵はアナログモーダル！先行把握の身体知で新しい「社会構成」への展相が急務(1/5) （プロローグ） 意識のプラットフォームはアナログ・デフォルトモードフラッシュ？ 【印象派を代表する画家の一人であるアルフレッド・シスレーの魅力は、いわばそれが画家（i.e.ヒト）の意識の「アナログ・デフォルトモードフラッシュ」（委細後述：第１章↓）のあまりにも見事な表現であること？】・・・（↓Related image）Alfred Sisley 「サン＝マルタン運河の眺め／View of the Canal S…

macでインフォマティクス•9ヶ月前

ヒートマップと遺伝子セットエンリッチメント解析のオンラインサービス HemI 2.0

近年のハイスループットなオミックス技術により、大量の生物学的データが生み出されている。このようなビッグオミックスデータを可視化することは、様々な生物学的問題に答えるために必要不可欠である。簡潔でありながら包括的な戦略として、ヒートマップは高次元で異質な生体分子発現データを解析し、魅力的なアートワークで可視化することができる。2014年、本著者らはヒートマップイラストレーションのために3つのクラスタリング手法と7つの距離メトリックを実装したスタンドアローンのソフトウェアパッケージ、Heat map Illustrator (HemI 1.0) を開発した。ここで、1.0を大幅に改良し、7種類のク…

医療用語集　tttake’s diary•10ヶ月前

「ＥＢＭ・エビデンスに基づいた医療」　「エビデンス以外に基づいた医療」って？　110種類以上も採集

自虐的なもの・比喩的に使うものなどを含みます。患者にとっては、ドレがいいのかな？ ABM Academic Based Medicine アカデミック・ベイスド・メディスン 学術ベースの医学 大学や教授・医局・研究・論文・・・・中心の医療 University Based Medicine College Based Medicine ABM Account Based Medicine 企業中心の医療 薬剤などの企業の利益の為の医療 ABM Alcohol Based Medicine アルコールベースの薬を中心の医療 酒を飲む治療じゃあ無いんだね 少々の病気なら、酒飲んで寝てたら治る！って…

人事からみた採用とキャリアアップの実情•10ヶ月前

寿命はどこまで伸びるのか

人生１００年時代？ 「今の中学生の半分以上は１０７歳まで生きる」 「これから生まれてくる子供は１２０歳まで生きる」 一昔前まで平均寿命が延びると喜んでいた日本人も 寿命が延びる度に老後の３K＝健康・お金・孤独を考えるようになってきています 個人的には「長生きが喜べない時代はやだな」と思いますが、長寿であるデメリットやその対策は考えなければならない時代になってきたようです 人間は陽の方向に進もうとします 飢えのない社会をつくり あらゆる病気の完治を望み 動けなくなることに備えた年金・医療保障・介護 結果長寿になり、また新しい問題が生まれてきます 道教思想の『一極二元論＝１つの極は陰陽２方向に進む…