ゲノム解析

一日を通して雨だった日、結果が届いていた。 配達員さん、雨の中ご苦労様、そしてありがとう。 生まれながらの体質を知って疾病予防に役立てようとある。 父親・祖母が糖尿病だったのでそのリスクが心配だった。ま、低くはなかったけれど、中程度。リスクが高かったのが乳がん、次いで心疾患。 脳梗塞・肺がん・大腸がんは低リスクであった。 予防対策 ①食事は規則正しく ②野菜から食べる ③塩分控えめ ④糖分控えめ 予防効果の期待あり ①魚由来の不飽和脂肪酸 ②大豆イソフラボン ③食物繊維 ④カルシウム 避けたい環境リスク ①肥満 ②喫煙 ③飲み過ぎ ④運動不足 ⑤受動喫煙 推奨したい生活習慣 ①バランスの取れた…

｢相手を知り己を知る｣ これは何かを戦略するときに大切なこと。 遺伝子検査には以前から興味があったものの、どれを選択したらよいのか分からずにいた。そんな中、加入している健保から｢お知らせ｣が届く。 最先端ゲノム解析 ～あなたの未来を覗いてみませんか？ しかも20%offの優待価格。 割引された分で、オプションをつけた。通常は2型糖尿病、心疾患、脳梗塞、肺がんのの４つだが、大腸がんと乳がんについても解析を追加。 他に２９０項目の体質についての検査ができ、縄文人度解析なる自分のルーツを知ることが出来るコンテンツもあるらしい。 遺伝子は生涯変わらない体の設計図とある。 そして、遺伝の影響があるものと…

ヒューマン・ゲノム計画の成果と遺伝学・医学への影響を解説 ヒューマン・ゲノム計画とは、ヒトの全遺伝情報（ゲノム）の塩基配列を解読する国際的なプロジェクトです。1990年に始まり、2003年に完成しました。 ヒトゲノム計画は、生命の設計図を明らかにするとともに、遺伝子の発見や機能解析、疾患の原因や治療法の開発など、遺伝学や医学の分野に多大な影響を与えました。 本記事では、ヒューマン・ゲノム計画の目的や手法、成果や影響について、わかりやすく解説します。

前回の記事の続き。インスリンとレセプターの間の受容をシミュレーションするサンプルコードを生成してみます。 Q:ヒトインスリンとそのレセプターとの間での接続を分子動力学を持ってシミュレーションしたいと思います。サンプルとなるpythonコードを提示してください。OpenMMを使用してください。 A:以下は、OpenMMを使用してヒトインスリンとそのレセプターとの間での接続を分子動力学シミュレーションするための簡単なPythonコードの例です。まず、OpenMMをインストールし、必要なファイル（PDBファイル、力場ファイル）を用意する必要があります。 import openmm as mm imp…

以下、サマリ(ChatGPT生成) 分子動力学へのAIの適応について議論しました。AIを利用することで、計算コストを削減し、シミュレーション速度を向上させる可能性があることを指摘しました。しかし、いくつかの注意点があり、機械学習モデルの精度、訓練データセットの範囲、力場の適用範囲、計算資源が重要な要素であることを説明しました。 その後、インスリンとインスリン受容体の相互作用解析に適した手法について議論し、混合シミュレーション法と機械学習による力場の開発・適用が比較対象となることを述べました。機械学習による力場が混合シミュレーション法に比べて優位性を持つかどうかは、注意点を考慮して慎重に評価する…

生体の物理的構造を理解することが重要なので、まずは基礎となるタンパク質の物理的特性をコンピュータでシミュレーションすることを考える。 Q:タンパク質の中で、最も単純な構造を持つものを教えて下さい。 A: タンパク質はアミノ酸がポリペプチド鎖を形成することで構成されていますが、最も単純な構造を持つタンパク質を特定するのは難しいです。なぜなら、タンパク質の構造の単純さは、その機能やサイズによって異なるからです。 ただし、一般的に小さなサイズのタンパク質は単純な構造を持つ傾向にあります。例えば、インスリンは、51個のアミノ酸からなる比較的小さなタンパク質で、A鎖とB鎖の2つのポリペプチド鎖から成り立…

組織工学について概要や事例をChatGPTに聞いたもの。 多面的な学問を総合することで実現し、様々な応用範囲があるが、Scaffoldの選択、血管網の生成、免疫応答の管理、実用化パイプラインの構築において課題が存在するとのこと。 組織工学（tissue engineering）は、生物学、材料科学、工学、そして医学の分野が交差する研究分野で、人工的に機能的な組織や臓器を作成する技術の開発を目指しています。組織工学の主な目的は、病気や損傷によって失われた、または機能不全を起こした組織や臓器を修復、再生、または置換するための治療法を提供することです。 組織工学は、以下の要素が一体となって機能します…

2024/04/24 誤字修正 メタゲノム解析は、ショットガンシーケンスによる微生物群集とその個々のメンバーの研究を可能にする。メタゲノム解析に不可欠な段階は、メタゲノムアセンブリゲノム（MAG）の回収である。メタゲノム解析では、シーケンスリードをコンティグにアセンブルし、それを共通の特徴に基づいてビンにグループ化し、MAGを生成する。メタゲノムデータセットからより多くの、より質の高いMAGを得るための有用なアプローチは、複数のビニング法を適用し、それらをbin refinementと呼ばれるプロセスで組み合わせることである。本著者らは、metaWRAPのbin refinementモジュール…

・ ・ ・ 関連ブログを６つ立ち上げる。プロフィールに情報。 ・ ・ ｛東山道・美濃国・百姓の次男・栗山正博｝・ 日本民族は、混血の雑種であって純血種ではなかった。 ・ ・ ・ ２０２４年４月１４日 ＹＡＨＯＯ！ＪＡＰＡＮニュース 東洋経済オンライン「縄文人と弥生人で分けられない「日本人のルーツ」 祖先はいつ、どうやって日本列島へやってきた？ 日本人は、どこからやってきたのでしょうか（写真：Ziyuuichi Tomowo／PIXTA） 「えっ？ 最初の人類はアウストラロピテクスじゃないの？」。あなたの教養は30年前の常識のままかもしれません。 【イラストで見る】核ゲノムの都道府県別SNP解析…

2024年4月16日 夏日 美しい新緑の日和田山を見に巾着田に行ってみた。 お決まりの構図、桜は散ってしまった 土手を下りれば散歩道 足元にタンポポ 彼岸花エリアにはムラサキハナナ 菜の花がいつの間にか沢山咲いていた 広場にくつろぐ 巾着田の名がどこから来たのかわからないが、水田としては不思議な構造だ。川床よりも高い上に、高麗川との間に土手がある。ここは奈良時代に高句麗から移住してきた人の里。韓国語で「田」とは「畑」を意味するらしい（畑は和製文字）。それならば「巾着田」が巾着型をした畑という意味でつじつまが合う。ただ、今の韓国と高句麗が同じ言葉を使っていたかはわからない。高句麗は新羅に征服され…

現在の細菌集団ゲノミクスのデータセットに含まれる豊富なデータを十分に活用するには、数百から数千の分離株における数百万塩基対にわたるさまざまなタイプの解析を統合し、統合する必要がある。現在のアプローチでは、系統学的、疫学的、統計学的、進化学的な解析結果を静的に表現していることが多く、相互に関連付けることが難しい。Phandangoは、ウェブブラウザ上で動作するインタラクティブなアプリケーションであり、複数のゲノム解析手法からの出力を直感的かつインタラクティブに組み合わせて、大規模な集団ゲノムデータセットを高速に探索することができる。Phandangoは、www.phandango.netで自由に…

[Publisher] Inc. この記事はInc.のAnis Uzzamanが執筆し、Industry Diveの DiveMarketplaceを通じてライセンスされたものです。ライセンスに関するお問い合わせはlegal@industrydive.comにお願いいたします。 AI、バイオテクノロジーなど、新技術はどこへ向かうのか 2024年の主要な技術およびビジネストレンドがどういうものになるかを考察することは、極めて有意義です。起業家や企業幹部、投資家であれば、ビジネスの決断に影響を与えうるトレンドを知っておくべきでしょう。本記事では、起業家であり企業の幹部でもある筆者の経験に基づき、2…

www.google.com 2024.04.03 よしこさん 発言 2020年5月11日、澎湃新聞は、中国人の遺伝子に関する大規模な研究結果が発表され、北部漢民族と日本人が遺伝的に重なることが分かったと報じた。 上海市の瑞金医院が中国国内29の研究機関や病院などと共同で実施した27省・直轄市の8民族、1万588人のゲノム解析に基づく中国人の遺伝子研究の結果が、中国社会科学院生命科学研究院の雑誌「Cell Research」で発表された。 漢民族について、北部、北西部、東部、中部、南部、南東部、嶺南地域の七つに分類できることが初めて示されたほか、少数民族の中ではチベット族、イ族、モンゴル族、ミ…

５月11日（土）に、WCANワークショップを開催します。久しぶりのリアル開催となります。ぜひ、ご参加ください。「婦人科がんと遺伝 遺伝性のがんを、家族にどう伝える？」

ヘラクレスオオカブトの超極太というのがある。そういう自然界で見られない品種？、血統として売られているのを見かける。 元の生物はグアドループ産ヘラクレスオオカブト原名亜種という事だが、CB個体であり原産地で採集されたところまでの家系図的な詳細は不明であるから"純系の子孫"とは言えない。 しかしながら通常の野生型に比べ著しい外形変化が見られるから、交尾器にも変化があるのかどうか気になって入手してみた。 （前半身斜め前から。前胸背の角状突起が著しく肥大化した様が見られる。此の型は自然界では全く見られない） （比較用に図示する体長・前胸長が殆ど同じグアドループ産WF2♂個体の、前半身斜め前からの画像。…

皆様おはようございます、森田幸典です♪ ４月の月間予定について☆ aviddance.hateblo.jp 本来の身体を取り戻す！？ 姿勢矯正、歩行指導、動作改善、ボディケアもおこないます♪ 波、螺旋の運動もお伝えします☆ 社交ダンスやバレエなどの練習、トレーニングなどに使用していただける貸しフロア（レンタルスペース、スタジオ）あります♪ ※1時間500円～ 『社交ダンス人気ブログランキング』は皆様の応援が頼りです！ 励みになりますので、一日一回こちらのバナーをクリックして応援お願いいたしますm(_ _)m 異様な小林製薬と紅麹叩き。 本当におかしな流れです。 こちらは北里大学の感染制御研究セ…

小林製薬の「紅麹（こうじ）」をめぐり健康被害の問題で、紅麹の共同研究者が読売テレビの取材に応じ、別の菌がタンク内に誤って混入したために、人体に影響を与えた可能性があるとの見方を示しました。 小林製薬は、「紅麹コレステヘルプ」を摂取していた人で新たに2人が腎臓の病気を発症し、死亡していたと明らかにし、亡くなった人の合計は4人となりました。小林製薬と共同で紅麹のゲノム解析を行っていた、奈良先端科学技術大学院大学の金谷重彦教授が読売テレビの取材に応じ、「紅麹自体には毒性のある『シトリニン』を作る遺伝子が存在しない」と強調した上で、次のように述べました。 奈良先端科学技術大学院大学 金谷重彦 教授 「…

小林製薬の紅麹を原料としたサプリメントによる健康被害が報じられています。 この紅麹は他社の製品にも使われており、自主回収などで混乱を呼んでいます。 今回はこの紅麹の問題について少し学んでいきましょう。 豆腐よう コレステロールとの戦い ベニコウジカビ シトリニン 小林製薬 健康被害報告 豆腐よう 沖縄で豆腐と言えば、島豆腐やジーマミ豆腐が有名ですね。 で、島豆腐を発酵させたものを豆腐餻（よう）と呼びます。 歴史的には、元々、中国で"腐乳"という発酵豆腐があり、それからアイデアをもらったものです。 豆腐ようと紅麹 中国から伝わった腐乳の製法をまねて、黄麹で発酵させると、黄色い豆腐ようができます。…