任天堂より1996年11月23日に発売されたスーパーファミコン用横スクロールアクションゲーム。開発はレア社。
ドンキーコングシリーズの一つで、「スーパードンキーコング」「スーパードンキーコング2 ディクシー&ディディー」の続編。
謎だらけのクレミス島の探検に出かけたドンキーコングとディディーコングが行方不明になってしまう。前作にも登場したヒロイン・ディクシーコングと、新登場の赤ちゃんコング・ディンキーコングが2人の救出に向かう。
ディクシーコングは素早いアクションとポニーテールスピンが特徴。ディンキーコングはドンキーに負けないくらいの力持ちで、水面を跳ねながら進む「水切りジャンプ」を得意としている。今回もアニマルフレンドたちが心強い味方として登場する。ステージ数は全8ワールド、40コース以上。
キャッチコピーは「スーパーファミコン史上 最高画質」で、前作以上にグラフィックスに磨きがかかっている。
Wiiのバーチャルコンソールでスーパーファミコン版が2008年10月21日から2012年12月7日まで配信されていた。
2000年1月28日には、ゲームボーイカラー専用ソフトとしてアレンジ移植した「ドンキーコングGB ディンキーコング&ディクシーコング」が発売された。
2005年12月1日、ゲームボーイアドバンス移植版「スーパードンキーコング3」が発売された。SFC版とほぼ同内容の移植で、新ワールド「パシフィカの滝壺」やミニゲームが追加されている。また、全ての音楽が変更されている。