任天堂より1994年3月19日に発売されたスーパーファミコン用アクションゲーム。
メトロイドシリーズの第3作目。
前作『メトロイドII RETURN OF SAMUS』でサムス・アランが持ち帰ったベビーメトロイドが、リドリーらスペースパイレーツ(宇宙海賊)に略奪され、サムスがスペースパイレーツの本拠地である惑星ゼーベスに単身潜入することになる。『メトロイド アザーエム』では、本作のその後のストーリーが描かれる。
初代『メトロイド』のゲームシステムをベースとし、マップ機能や装備アイテムの追加により探索系アクションゲームとしての完成度は格段に上がり、メトロイドシリーズの一つの完成形となった。
WiiとWii Uのバーチャルコンソールで配信されている。