ナムコより2004年6月24日に発売されたプレイステーション2用RPG。開発はモノリスソフト。
ゼノサーガシリーズの第2作目で、「ゼノサーガ エピソードI[力への意志]」の続編。
4000年後、エピソードIの後にシオン達一行がエルザを降下させる都市、第二ミルチアから物語は始まる。14年前に起きた「ミルチア紛争」を紐解いてゆき、ゾハルとはY資料とはを少しずつ明らかにしていく。
前作からスタッフが大幅に変更されており、前作で監督を務めた高橋哲哉は現場から退いている。
本作に先行して2004年4月28日に発売された「ゼノサーガ フリークス」には、本作の体験版が収録されている。
限定版プレミアムボックスにはKOS-MOSのフィギュアが付属していたが、KOS-MOSとは似つかない不気味な造形であったため、「邪神モッコス」とあだ名されることになった。
2006年3月30日、エピソードIとエピソードIIを1本にまとめて再構築したニンテンドーDS用ソフト「ゼノサーガI・II」が発売された。
2006年7月6日、シリーズの完結編となる「ゼノサーガ エピソードIII[ツァラトゥストラはかく語りき]」が発売された。
ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸] プレミアムボックス
ゼノサーガ エピソードII [善悪の彼岸] PlayStation 2 the Best
Xenosaga II-善悪の彼岸-MOVIE SCENE SOUNDTRACK