機能エンリッチメント解析は、生命科学におけるハイスループットなオミックスデータを解釈するために極めて重要である。この種のツールは、できるだけ多くの生物について最新のアノテーションデータベースを使用することが重要になる。このような要求に応えるために、本著者らは人気の高いBioconductorパッケージであるclusterProfiler 4.0のアップデート版をここに紹介する。このパッケージは、9年前に発表されたオリジナル版と比較して、かなり強化されている。新バージョンでは、内部でサポートされているオントロジーやパスウェイ、およびユーザーから提供されたアノテーションデータやオンラインデータベー…

以前このブログで細菌ゲノム配列およびプラスミド配列のアノテーションを行うBaktaというツールを紹介しました（リンク）。BaktaはFAIRの原則に従った標準アノテーションを高速に実行でき、アノテーション結果をNCBIやENAに直接登録できる（レポジトリ参照）、低分子タンパク質のアノテーションに対応、専用のデータベースを使ての病原性因子のアノテーション、各種ノンコーディングRNAのアノテーション、などの特徴を備えたツールです。ブログで紹介後しばらくしてBaktaに関する論文が出版されたので読んでみました。興味深かったのは、既存の分類群に分類されないアノテーションが難しい数百の細菌ゲノムとメタゲ…

2022/03/11追記 トランスクリプトームやトランスラトーム技術の進歩により、RNAの活性プロファイルやRNAによる制御機構を深く研究することが可能になった。リボソームRNA（rRNA）配列は細胞内RNAの中で非常に豊富に存在するが、ターゲット配列にポリアデニレーションが含まれていない場合、ライブラリ調製時にこれらを容易に除去することができず、下流の解析を加速・改善するためには計算技術によるポストホックの除去が必要となる。本発表では、BiLSTM（Bi-directional Long Short-Term Memory）ニューラルネットワークをベースに、トランスクリプトーム、メタゲノム、…

This is the Japanese translation of this site. ケイシー・ラスキン2021/11/23 14:42 編集部注: ケイシー・ラスキンが、哲学者ウィリアム・レーン・クレイグの新刊を複数回に分けてレビューしていきます。以下はその最終回です。レビュー全体はこちらをご覧ください。 前回、ウィリアム・レーン・クレイグの『In Quest of the Historical Adam: A Biblical and Scientific Exploration』のレビューで、福音派の知識人の多くが、アダムとエバは存在し得なかったという主張を受け入れてきたことを見…

こんにちは！今回は、Bubbleでパスワードレス認証を実装する方法をご紹介します。 パスワードレス認証の代表的な例は、パスワードの代わりにメールやSMSで受け取る数桁の数字を利用したサインアップ・ログインです。最近はキャッシュレス決済アプリや銀行アプリなどの利用時に見かけることが多くなりましたが、自分でパスワードを設定し覚えておく必要がないので便利ですよね。もちろんユーザーだけでなく運営側にとってもメリットがあるので、ぜひ実装を検討してもらいたい認証方法です。 今回の方法では、Auth0という認証基盤サービスを使ってノンコーディングでパスワードレス認証を実装します。ユーザーにも運営にも嬉しいパ…

時を遡ります。新年2回目の輪読会はB, Dが担当しました。 Bが選んだ論文はThe American Journal of Human Geneticsより、"Mosaic human preimplantation embryos and their developmental potential in a prospective, non-selection clinical trial"で、染色体異常の細胞がどの位置にどれくらいいると発生異常が起きるのか？という研究でした。 www.sciencedirect.com 要約 体外受精を行う際、着床前診断として外側（Trophectoder…

2022 1/27追記 トータルRNAシーケンス（total-RNA-seq）により、コーディングとノンコーディングの両方のトランスクリプトームを同時に研究することができる。しかし、計算パイプラインは従来、特定のバイオタイプに焦点を当て、total-RNA-seqデータセットが満たさない仮定をしてきた。異なるRNAバイオタイプの転写産物は、長さ、生合成、および機能が異なり、ゲノム領域で重複することがあり、高いコピー数でゲノムに存在することがある。そのため、total-RNA-seqライブラリのリードは、ゲノムアラインメントをあいまいにする可能性があり、柔軟な定量アプローチが必要とされている。 …

Azure PerceptとAzure Percept Studioを使い、ノンコーディングでビジョンAIのデモを作成しました。 Azure Percept Studioでサンプルモデルをデプロイし、Power BIで推論結果の可視化を行っています。 Microsoft Tech Communityにて紹介されているデモシナリオをもとに作成をしました。 参考：Detecting room occupancy with Azure Percept 必要なリソース デモ動画内容 Azure Percept概要 デモ動画 -人物検出- 必要なリソース Azure Percept(DK、Vision …

・私の思うKNIMEの長所は、処理の状況をステップごとに視覚的に追えること、習得コストが低い割にいろいろ出来ること（コストパフォーマンスが良い）、世界的に見ればコミュニティが活発であること、desktop版は無料で利用できること、あたりだと思う。 ・そこで、私が何にKNIMEを使いたいのか、何にKNIMEを使えるか、少し纏めてみた。①処理の半自動化 ・現在、個別にちまちま対応している処理を、クリック一つで実施できるようにする。 ・例えば、様々な人からフォルダに提出されたデータファイルを一回のクリックで一つのファイルに纏める。一つのファイルに纏めることで、BIツールなどで処理しやすくなる。 ・例…

レット症候群の病態と発症メカニズムにおけるDNAメチルCpG結合蛋白質MeCP2の役割 Shervin Pejhan、Mojgan Rastegar 追加記事情報 概要 レット症候群（RTT）は、神経学的退行と自閉症スペクトラムの特徴を示す、重篤で稀な進行性の発達障害である。患者は主に若い女性で、95％以上の患者がMethyl-CpG-Binding Protein 2（MECP2）遺伝子にde novo変異を有している。RTT患者の大半はMECP2遺伝子に変異を有するが（古典的RTT）、ごく一部の患者（非典型RTT）は、サイクリン依存性キナーゼ様5（CDKL5）やFOXG1など他の遺伝子に遺…

いつもは１週間あたりの週次記録を記載していますが、フィヨルドブートキャンプにキャンプインして14ヶ月が経過したので、14ヶ月目のまとめをここに記録します (1ヶ月間=2021.11.01-11.30) ※ 毎月のまとめを次月のいずれかの土曜日にブログUPしています 先月も体調不良は継続しているものの、比較的安定した気持ちで学習を継続できました。 index こんな人に参考になるかも 要した費用 学習した日数 学習した時間 1ヶ月で出来る様になったこと こんな人に参考になるかも 未経験だけどプログラミングに興味あるひと プログラミングを学んでみたい社会人 仕事以外の時間は割と自由に使えるひと フ…

AWSにはSaaSサービスからのデータ連携を簡単に行うためのAmazon AppFlowというサービスがあります。 設定項目としてはそこまで多くはないので、整理も兼ねて実際のコンソールからの設定項目を確認します。 aws.amazon.com尚、設定には送信元と送信先の設定が必要なので、今回は送信元にSalesforce・送信先にS3を指定します。