バイオインフォマティクス

0. 初めに 時間にある程度余裕がある方は、下記のサイトやyoutubeなどに掲載されている、講義動画（無料）から、解析の原理・手法・考察の仕方などを学びながらデータ解析を行うことをおすすめします。 https://togotv.dbcls.jp しかし、動画を閲覧して解析ができるようになるためには、最低8時間、最長数十時間の講義動画を元に解析することになります。また、講義動画の作成当時とはアプリケーションのバージョンが異なり、自身である程度のトラブルシューティングが必要です。 webサイトを参考に頑張って解析してみたいという方は、以下に記載した方法を試してみてはいかがでしょうか。 私が解析を…

1. 初めに 私は、Mac PC（ノートパソコンと据え置き）を使って解析をしています。 このブログではMac PCであることを前提に、私がやっている方法の一部をメモ書きとして記録しておきます。 同じ研究機関の方、関係者の方は、GitHub（非公開）をご参照ください。 まだまだ初心者に毛が生えたレベルの私が、超初心者向けに向けてパソコンの最低限のセットアップ・用語説明をしています。 適切ではない表現があるかとは思いますが、ブログ閲覧者の方々が用語を調べるきっかけになれば幸いです。 （周囲に教えてくれる人がいない状態だと、問題解決のためにgoogle検索をかけるための用語がわからず、時間が浪費され…

ご挨拶 初めまして。ブログを整備中ですので、少々お待ちください。 2021年2〜3月上旬には記事を投稿する予定です。 昨年の１１月頃からバイオインフォマティクス解析を独学で勉強して仕事に活用しています。 周囲に同じような解析を行っている知り合いが居ないため、切磋琢磨できる仲間を探すためにブログ開設をしてみました。 ツイッターも合わせて開始する予定です。 同じ悩みを持った方、同じ業界の方からのご連絡をお待ちしております。 webサイトの作成は初めてなので、不親切な部分も多いかもしれませんが、お手柔らかにお願いいたします。 お問い合わせ：info@bioinformatics-satsuki-m.…

2021年は、教授の分野で言いますと、ゲノム情報をAIで大規模にデータマイニングする時代が本格化に到来したと考えています。 英語で造語をするとしたら、「Genomic AI Data Mining」(GAIDM)とかになるのでしょうか？たとえば、「ガイダム」とか呼ばれるような大きな手法に育って行きように思われます。 そこに向かっていち早く準備をして、どんどん実証実験的な研究始めることが重要と思われます。

ようやく修論の日本語版が一通り出来上がったので、ふたたびアセンブリ沼に帰ってきました。ショットガンシーケンスからのゲノム作成はちょっと心が折れたので（参照：ぐだぐだde novoゲノムアセンブリ日記 - 研究メモ）、一旦ミトゲノムでも作ってみますか～という感じ。

kubo-mです。 最近人にSnpSiftの機能の説明をしたときに大変だったので、SnpSiftの記事を書こうと思います。 このブログでSnpSiftの話をするのは VCFのアノテーション - アメリエフのブログ 以来ですね。 上の記事では annotate 機能の紹介を行っていますが、この記事ではfilter機能の話をします。 SnpSiftのフィルタは非常に多機能で、どこから説明したらいいのか迷うところですが、詳しくは公式ドキュメントに、どんなフィルタが可能かの実例がたくさんありますので、これを見ていただくのが良いと思います。 pcingola.github.io 実例を見るとわかるとおり…

B2の期間は新型コロナの影響でオンラインでの学習がメインとなり、色々とあたふたしているうちに春休みに突入してしまいました。単純に単位を取りすぎて首が回らなくなってしまったのか、今思うと提出したレポートのクオリティがなかなかにやばい気がするけれども、もう終わってしまったことなのでしょうがないですね。 春休みで結構だらけてしまっているのですが、ちょこちょこと金子邦彦先生の普遍生物学などを読み始めてます。他にも、就活や院進を決断する時期になってきていろんな情報が入ってきているので少しばかり整理とまとめをします。 <生物> ここら辺は大学でメインで学んでる分野で春休みに特に触れた訳ではないからあんまり…

マサチューセッツ州ボストン - 2021年2月23日- 先端技術調査を専門とする米調査会社ラックスリサーチは、毎年、先端技術の開発を手がける、世界のスタートアップ企業のプロファイリング調査を実施しています。今回、ラックスリサーチは、2020年に調査した企業の中で、最も高評価を得た注目すべき食品・農業分野の技術系スタートアップ企業32社を発表しました。 ラックスリサーチのアナリストは、毎年、斬新な技術を開発する何千もの一流のスタートアップ企業に対しヒヤリング調査を行います。技術エキスパートが創業者と直接ディスカッションを行うことで、各社のセールスプレゼンテーションやプレスリリースでは得ることがで…

今回の内容 私は、学部生の頃はスポーツ科学を学んでおり、大学院から専攻を基礎生物学に変えました。パソコン苦手の文系の私が、pythonを学び、就職活動を終えるまでをまとめてみました。 今回の内容 大学院に入るまでの私の能力 始まりの日 待ち受ける困難 思わぬ幸運 新たなる旅立ち 大学院に入るまでの私の能力 大学時代まで体育学部（脳みそ筋肉じゃないと信じたい笑） プログラミング言語なんて聞いたこともなかった パソコン苦手のバリバリの文系 始まりの日 「じゃあ、プログラミングを使って解析していこうか」 プログラミング書けるって良さげじゃねという軽い気持ちで始めた最初の日。 本当に、プログラミング言…

NGS で読んだ配列にはアダプターが付いています。解析する前に生データからこのアダプターを取り除いたり、低クオリティのリードは除去したりする必要があります。 今回はその工程を紹介します。 アダプターってなに、という人はこのサイトを見てみてね。 今回使うソフトウェアはこちら。 www.usadellab.org

バイオインフォマティクス技術者認定試験とは？ バイオインフォマティクスの技術者であることを認定してくれる試験です． 認定してくれるんですか！？ありがとうございます！！！！！！！！！！ 2019年度までは生命科学20問，情報科学20問，バイオインフォマティクス40問の合計80問でした． 2020年度からはCBT方式への移行に伴い60問になっています． 受けるまでにやったこと バイオインフォマティクス学会が出している教科書を読みました． 生命科学に関しては大学の講義で，情報科学に関しては競プロでアルゴリズム，研究で統計がある程度わかるようになっていたので，あまり勉強することはありませんでした． バ…

2021 2/13 誤字修正 微生物群集の構成を明らかにし、微生物集団の動態を解明し、環境試料中の微生物の多様性を探るための主要な手法の一つとして、DNAやRNAを用いた16S rRNA（遺伝子）アンプリコンシークエンシングとバイオインフォマティクス解析を組み合わせたハイスループットスクリーニングがある。しかし、対照的な生息地からの環境試料に焦点を当てた場合、どのような解析手法が現実を最も正確に反映した結果を提供するのか、解析手法の違いによって微生物群集研究の解釈にどのような偏りがあるのか、使いやすいパイプラインで最適な解析ワークフローを実現できるのかについては、これまで体系的に評価されていな…

2021 2/11 誤りを修正 Githubより Mamba は C++ での conda パッケージマネージャの再実装です。マルチスレッドを使ったリポジトリデータとパッケージファイルの並列ダウンロード、依存関係の解決をより高速にするための libsolv、Red Hat、Fedora、OpenSUSE の RPM パッケージマネージャで使用されている最先端のライブラリです。mambaのコア部分はC++で実装されており、最大限の効率化が図られています。同時に、mamba は可能な限り互換性を保つために、codaと同じコマンドラインパーサ、パッケージのインストールとデインストー ル、トランザクシ…

久しぶり！！！！！！！！！！！！！！！ あけましておめでとう！！！！！！！！！！！ 人生 起きる 研究をする 疲れる 虚無streak Submission #20050850 - CODE FESTIVAL 2014 Easy 20位ごとに入れ替わる感じ 人生2 バイオインフォマティクス技術者試験を知っていますか？ 僕は知っています． バイオインフォマティクスは全然専門じゃないんですが，生命科学＋情報科学の知識が多少あるので楽に合格できそうだということで受けることにしました． 最近はそれの勉強を夜寝る前に30分くらいやってから寝る生活をしています． 寝る直前にスマホやPCの画面を見ないように…

こんにちわ、大学院2年の中野哲平です。 ここでは、普段の研究や興味ある分野の論文をメモがてらに残しています。 同じような興味がある人は、コメントしてもらえると嬉しいです。 普段の研究テーマは、 医療データの解析や機械学習分野への応用 がんデータにおける幅広なバイオインフォマティクス をしております。 たまに書評もまとめております笑 CVについては、こちらをご覧ください！ Teppei Nakano

この度、三澤はアメリエフを退職することとなりました。 思えば５年前、何も考えずに業界に飛び込んできた私を受け入れ、 マネージャー、取締役CTOと、様々な活躍の場を与えてくれたアメリエフには心から感謝しています。 私が入った当時は、チームと言うよりは「バイオインフォマティシャンがいる会社」といった感じだったのですが、 今では、私が組織マネジメントに関わりはじめた当初からの目標であった「バイオインフォマティクスの専門家チーム」というのが出来ていると思っています。 これも、アメリエフを応援してくださった皆様と、変革の時期に大変な思いをしながら一緒にチームを作り上げてくれた社員のおかげです。 私自身は…

新しい理療や新薬「開発」における、現場のニーズを叶えていく 取締役COO 金：エンジニアのマネージャー募集を始めた背景を教えてください。 代表 山口：アメリエフは創業から一貫して、生命科学研究のデータ解析を通して研究成果を生み出すことや、研究成果を社会実装して社会に役立てることに携わってきました。 その強みを軸に、新薬の開発や治療に役立つ医学研究において、最先端の生命科学研究が生み出す大量のデータを活用するためのバイオインフォマティクス技術を提供しています。 取締役COO 金：生体情報の解析手法は日々更新されていますので、それを顧客のデータに対して適用し結果を導くプロということですね。 代表 …