バイオインフォマティクス

0. 初めに 時間にある程度余裕がある方は、下記のサイトやyoutubeなどに掲載されている、講義動画（無料）から、解析の原理・手法・考察の仕方などを学びながらデータ解析を行うことをおすすめします。 https://togotv.dbcls.jp しかし、動画を閲覧して解析ができるようになるためには、最低8時間、最長数十時間の講義動画を元に解析することになります。また、講義動画の作成当時とはアプリケーションのバージョンが異なり、自身である程度のトラブルシューティングが必要です。 webサイトを参考に頑張って解析してみたいという方は、以下に記載した方法を試してみてはいかがでしょうか。 私が解析を…

1. 初めに 私は、Mac PC（ノートパソコンと据え置き）を使って解析をしています。 このブログではMac PCであることを前提に、私がやっている方法の一部をメモ書きとして記録しておきます。 同じ研究機関の方、関係者の方は、GitHub（非公開）をご参照ください。 まだまだ初心者に毛が生えたレベルの私が、超初心者向けに向けてパソコンの最低限のセットアップ・用語説明をしています。 適切ではない表現があるかとは思いますが、ブログ閲覧者の方々が用語を調べるきっかけになれば幸いです。 （周囲に教えてくれる人がいない状態だと、問題解決のためにgoogle検索をかけるための用語がわからず、時間が浪費され…

ご挨拶 初めまして。ブログを整備中ですので、少々お待ちください。 2021年2〜3月上旬には記事を投稿する予定です。 昨年の１１月頃からバイオインフォマティクス解析を独学で勉強して仕事に活用しています。 周囲に同じような解析を行っている知り合いが居ないため、切磋琢磨できる仲間を探すためにブログ開設をしてみました。 ツイッターも合わせて開始する予定です。 同じ悩みを持った方、同じ業界の方からのご連絡をお待ちしております。 webサイトの作成は初めてなので、不親切な部分も多いかもしれませんが、お手柔らかにお願いいたします。 お問い合わせ：info@bioinformatics-satsuki-m.…

2021年は、教授の分野で言いますと、ゲノム情報をAIで大規模にデータマイニングする時代が本格化に到来したと考えています。 英語で造語をするとしたら、「Genomic AI Data Mining」(GAIDM)とかになるのでしょうか？たとえば、「ガイダム」とか呼ばれるような大きな手法に育って行きように思われます。 そこに向かっていち早く準備をして、どんどん実証実験的な研究始めることが重要と思われます。

こんにちは、iijm_lです🐰 12月になりました、今年ももうすぐ終わっちゃいますね🥺 来年もいい年になりますように...🍊（もう既に年末気分） さて今回紹介するのは、 ゲノム配列ファイルから染色体毎の配列ファイルを作成する方法 です🌟 稀に、全ゲノム配列FASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAが必要な解析ツールってありますよね〜。 先日気軽な感じで、 🐰「ツールの機能知りたいから、とりあえずテスト解析してみよ〜🥳」 と思って実行してみたら、 💻「染色体ごとのFASTAが無いよ、用意して😡」 と怒られてしまいました。 全ゲノムのFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに解決でき…

kubo-mです。 最近人にSnpSiftの機能の説明をしたときに大変だったので、SnpSiftの記事を書こうと思います。 このブログでSnpSiftの話をするのは VCFのアノテーション - アメリエフのブログ 以来ですね。 上の記事では annotate 機能の紹介を行っていますが、この記事ではfilter機能の話をします。 SnpSiftのフィルタは非常に多機能で、どこから説明したらいいのか迷うところですが、詳しくは公式ドキュメントに、どんなフィルタが可能かの実例がたくさんありますので、これを見ていただくのが良いと思います。 pcingola.github.io 実例を見るとわかるとおり…

どうも．大変お久しぶりです． 筋肉薬理学研究生です． 前回いつ更新したか忘れるぐらい更新してなかったが， 修士論文も無事終わり，年度末・年度初めの忙しい時期を経て， 時間的余裕が生まれたのでブログを更新しようという感じ． 全然風化してませんのでご安心ください！！ 今回は表題の通り，今年度の目標や意気込みを語ろうという回． やっぱ，頭で考えているだけでなく，ちゃんと文字に起こして具体的に書くことが， 任務遂行において大事なことやと思う． 「目標を紙に書く人は，書かない人の10倍の年収」とか ほんまかよみたいな研究結果？！をよく耳にするんやけど， とにかく，目標を達成する上で，もっというと理想の自…

Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやsORF-including annotationsを機械的に読めるJSONやバイオインフォマティクスの標準的なファイル形式で提供し、下流の自動解析を可能にしている。 Githubより Baktaはバクテリアとプラスミドのみをアノテーションするために設計されました。 FAIRアノテーション FAIRの原則に則った標準的なアノテーションを提供するために、BaktaはUniProtのUniRef100とUniRef90のタンパク質クラスタ（FAIR -> DOI/D…

ご挨拶 初めまして！ 2021年4月に入社しました、tsuyuhと申します。 これまで私は、大学のwet系研究室で、分裂酵母の細胞周期を研究していました。 分裂酵母 (S. pombe) は、栄養が豊富な環境で細胞周期を繰り返し増殖しますが、栄養が不足すると細胞周期を止めて "眠り" につきます。そして、再び栄養を供給すると眠りから目覚めて細胞周期を始動させます。この現象は、ヒトのがん化や植物の発芽など様々な細胞現象と関連付けることができますが、その分子メカニズムはほとんどわかっていませんでした。私は、これを解明するべく、6年間研究に没頭してきました。 この研究では、シングルセルRNA-seq…

初めまして、2021年新卒として入社しましたadchitです。 ブログ投稿初めてということで、簡単に私の自己紹介をさせていただきます。 関西出身で、大学では大腸菌を用いて作製したタンパク質の物理学的性質を明らかにする研究を行なっていました。 DRY解析に興味を持ったのは、日々の研究でバイオインフォマティクスの必要性を感じたからです。 私自身、DRY解析に関してはまだまだ未熟者ですが、自分にできることを一つ一つ頑張っていけたらなと思っております。 今後ともよろしくお願いいたします。

accord【動詞】【自動詞】1[SV(M)]〈人・物・事などが〉〔他の人・物・事などと〕(ぴったりと)一致する, 調和する2合意に達する【動詞】【他動詞】1〈人が〉O１〈人〉にO２〈許可など〉を与える, 授ける, 〈要求など〉を許す；〈敬意など〉を示す；…を認める2*1…を同意させる, 和解させる【名詞】1〔…との〕一致, 合致, 調和2〔他国などとの/…に関する〕(正式の)協定, 協約3〔音楽〕和音, 協和音用例This action would not be in accord with our policy. 印欧語根kerd-心臓・胸、心を表す（heartなど）。語幹cordを持つ語…

みなもすなる「いんふぉまてぃくす」といふものを、ということで、もう現場を離れてしまったのですが、ちょっとかじろうとした人が思ったことを書いておきます。あらかじめ断っておきますが、一つの論旨に基づいて書かれる形式ではなく、各テーマについて思うところを書いていこうと思います。 まとまりがなくて申し訳ありませんがご容赦ください。 また、個人の見解も多く含みますので、その点はご容赦ください。何か間違いなどがありましたら、ご指摘いただけると大変ありがたいです。マテリアルズ・インフォマティクスと書いていると毎回長いので、以下では「MI」と省略します。 今回のテーマ MIは何が難しいのか MIでは何ができる…

編入してから一年経ったのであったことをざっくばらんに書き散らそうと思う。 有益なことは何も書いてありません。 年をとったのか、人との会話が極端に減ったことで記憶を顧みなる機会がなくなったからなのか知りませんが、最近記憶が怪しい。これもTwitterを見ながら何があったのか思い出して書いてる。 研究室はバイオインフォマティクスをやってるところにしました。単純に興味があった、既に関わりのある教員の研究室だったというのもありますが、博士課程を目指すにあたってどのような研究室に配属するのが良さそうか吟味した結果です。まあ、博士課程に行けるか能力的にも金銭的にもまだわからないですが、何となく楽観的に見て…

本研究では、複数の配列アライメント（MSA）を表現するための新しいデータ可視化手法であるSequence Bundlesを紹介する。既存のバイオインフォマティクスのデータ可視化手法（Sequence Logoなど）の主な限界を特定し、解決するために、Sequence Bundlesを用いて、従来は隠されていた配列モチーフやその他のデータの特徴を顕著に視覚的に表現することができる。 Sequence Bundlesの開発には、研究者主導の情報デザイン手法を採用した。シーケンスは、2次元の再構成可能なグリッド上に描かれた、途切れない半透明の線としてエンコードされる。各線は1つのシーケンスを表す。各…

タイトルの通り、ここ一年で触れた（読んだ・読んでいる・途中まで読んだ）本について振り返ってみます。僕はあまり本の細かい部分を突き詰めるといったのは苦手で、数式を並べられた時しか真面目に読まない癖がありました。したがって、途中からは本で学んだ内容をある程度しっかりノートに取るなどして身につけようとしました。

筆者は旧Nifty-Serveのバイオフォーラム(FBIO)に大変お世話になった。 ちょうど秋葉原でMacintosh Portbleの出物を見つけて買って帰り、一時期出向先の勤務先まで持参（というにはデカく重すぎたが）して未読記事を読んでいた。当時はモデムを介したダイアルアップ接続であったので、電話代節約のためにフォーラムを巡回して未読の投稿記事だけを素早くダウンロードするソフトがあって、未読記事はオフラインで読むのが普通であった。そんなのスマホでできるのでは？とツッコみたいわけぇもんには、当時はまだインターネットは大学に引かれた専用線で使えるかどうか（しかも最初のwebサーバーが動いたのが…

DNA シーケンシングのプラットフォームは、DNA サンプル中のヌクレオチド（A、C、G、T）の配列を測定することを目的としている。Illumina社のシーケンサーは、過去10年間の大半を占めてきた技術だが、これらのプラットフォームでは、比較的小さい（～100～300ヌクレオチドの長さ）配列の断片「リード」を生成する。対照的に、オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ（ONT）およびパシフィック・バイオサイエンシズ（PacBio）は、数万ヌクレオチド以上の配列断片を生成できる「ロングリード」シーケンサーを生成する。これらのプラットフォームからのロングリードは、ゲノムアセンブリおよび他のバイオ…