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アメリカ、国際宇宙開発研究所。日本人の青年・沖一也は、亡き父の遺志である宇宙開発の夢を叶えるべく、惑星開発用改造人間の第1号に志願、コードネーム「スーパー1」へと改造される。そこに、優れたもの・美しいものだけのユートピア国家建設を目論む「ドグマ王国」の攻撃が迫る。ドグマの怪人ファイヤーコングによって研究所は全滅。一也はヘンリー博士の手引きで辛くも脱出に成功したが、研究所の破壊によって変身能力を失ってしまう。
半年後。日本へと逃れた一也は、変身能力を取り戻すべく、赤心寺の玄海老師に「赤心少林拳」を学び心身を鍛えていた。だが、ドグマはとうとう日本へと侵攻の魔手を伸ばす。過酷な修行を乗り越えた沖一也は、9番目の仮面ライダー「仮面ライダースーパー1」として、五つの機能を持つ腕「ファイブハンド」と赤心少林拳の技と心を武器に、ドグマ王国の侵略に敢然と立ち向かう。
1980年より放送された、仮面ライダーシリーズ第9作目。
前作『仮面ライダー(スカイライダー)』に引き続き、谷源次郎が登場する。
3クールからはドグマに代わり、悪魔元帥率いるジンドグマが新たな敵として設定された。