かつては、永く「急行列車」として運転されていた。座席車・寝台車ともに14系客車を使用していた*1が、1991年に座席車を気動車化し、キハ400系気動車に14系寝台車を挟み込む変則的な編成となる。
1996年夏には、函館本線深川〜旭川間のトンネル工事の関係で下り列車は滝川〜旭川間を根室本線・富良野線経由で異例の迂回運転(深川駅利用者は代行バスで対応した)。その際、富良野駅で臨時に客扱いが行われた。また、経路の関係で富良野駅と旭川駅構内*2で延べ二度のスイッチバックが行われた。
2000年、特急「スーパー宗谷」「サロベツ」誕生とともに特急列車に格上げされ、座席車はキハ183系気動車に置き換えられたが、列車の愛称名は従来の「利尻」がそのまま引き継がれ、14系寝台車との混結についても従来通り残された。
札幌発の下り列車は、当時、旭川方面への最終の優等列車だったため、岩見沢・旭川方面の区間利用者が多かった(同様に旭川発、札幌方面への優等列車の始発でもあった)。また、下り列車が翌朝到着する稚内では利尻島・礼文島へ向かう東日本海フェリーに接続。ただ、終着駅到着時刻を調整する関係で、同じ区間を昼間に運行する特急「スーパー宗谷」「サロベツ」よりも時間をかけて運転していた。
都市間バスとの競合などの影響もあり、2006年3月18日のJRグループダイヤ改正をもって、惜しまれつつ夏季のみ運転の季節列車「はなたび利尻」号として格下げ。ただし、この改正では、前述の通り札幌〜旭川間の区間利用者に配慮して、L特急「スーパーホワイトアロー」の札幌発最終列車を、現在の「利尻」の札幌駅発とほぼ同じ夜23時過ぎに繰り下げ。旭川発のL特急の一番列車についても、従来の朝6時20分発「スーパーホワイトアロー」の前に、さらに朝5時30分発の「ライラック」を新設して*3、札幌駅への早朝到着列車を確保する。
現在は臨時列車扱いとされ、定期運行は行っていない。
夏季限定で札幌〜稚内間を結ぶ臨時特急列車(夜行列車)。
2006年夏季は6月・9月は週末(金曜・土曜・休日)、7月・8月は毎日運転する。
従来の「利尻」同様、B寝台車と普通車指定席*4・普通車自由席を連結。時刻はほぼ、かつての「利尻」のダイヤを引き継いでいるが、従来まで停車していた江別・美唄・砂川は通過。稚内ではこれまで通り利尻島・礼文島方面の東日本海フェリーに接続する。
2007年夏期についても2006年夏期同様引き続き運行されたが、2008年夏期シーズン以降は運行されないことが決まった。