古細菌

この小説、めちゃくちゃ濃いわ。 マザーコード (ハヤカワ文庫SF) 作者:キャロル スタイヴァース 早川書房 Amazon とりわけ前半部分のバイオ技術に関する情報粒度がすこぶる高い。著者が生化学の博士号を取得していることもあるだろうけど、それだけにとどまらず、専門外のロボット、AIに関する調査量もエグい。なので、ジャーナル論文みたいなわりと格式ばったスタイルを好む人にフィットする印象。わたし自身、そういうハードタイプの読み物を好むたちなので、終始惹きつけられた。 2049年。アフガニスタンで使用されたバイオ兵器が暴走し、致死的病原体となって世界じゅうに広まった。人類滅亡を目前にして、遺伝子操…

図書館で借りた本。 一般向け。主に微生物、主に古細菌だが、人気のクマムシとかについても書かれている。 好熱菌やその耐熱メカニズムは詳しくて面白い。 極限環境の生き物たち--なぜそこに棲んでいるのか-- 作者:大島 泰郎 技術評論社 Amazon しかし、ところどころ変なことが書かれているのでそこが気になった。ニュートンの運動法則は質点という摩擦がない特殊な点を対象にしたとか、量子論は水素原子に的をしぼって理論を作ったとか。 2012年出版なのに、オゾンホールが拡大しているという認識のみたいだし。本を書くにはちょっと高齢過ぎるのではないかという気がする。 専門分野については詳しいが、ちょっとそこ…

2024年10月23日（水） 小林武彦著「生物はなぜ死ぬのか」ようやく読了。久しぶりに生化学・生物化学関係の本を読みました。 すっきりした答が得られた訳では有りませんが、もしも生物が死なないとしたら、この地球上に微生物始め、植物、動物（人間も）が溢れかえり、栄養分や食物を求めて殺戮し合う阿鼻叫喚の世界が展開するでしょう（ま、今でも弱肉強食の同じような世界、寿命があって死ぬ事で辛うじてバランスがとれているだけですが、）。 あらゆる生物の先祖は古細菌、「死ねば土に返る」は土壌細菌の栄養分になり、先祖返りする事で、その先で果たして何に生まれ変わるのか、まさに輪廻転生の世界です。しかしながら、何億年、…

LZ-ANIは、大規模なゲノム配列セットの平均ヌクレオチド同一性（ANI）を決定するための、高速でメモリ効率のよいツールである。このツールはLempel-Ziv構文解析を使用し、一致するヌクレオチドと不一致のヌクレオチドを高感度で識別し、ANIの正確な決定を可能にする。LZ-ANIの効率性は、簡素化されたインデルの処理モデルに由来し、最も高感度なBLASTn検索に匹敵する精度を維持しながら、アライメントベースのツール（BLASTn、MegaBLASTなど）よりもはるかに高速である。 LZ-ANIは、ウイルスゲノムの比較およびクラスタリングツールであるVclustの主要コンポーネントになっている…

2024/08/28 誤字修正、タイトル修正 2024年8月現在、細菌のゲノム配列は新種記載のためのタイプ標本（型）として認められていません。細菌の新種を報告するには、従来通り、純粋培養した菌を特徴づけ、株を異なる国の2つ以上の公的なCulture Collectionに寄託する（寄託証明書が必要）などの手続きを経て、機関誌に新種記載の論文を投稿するか、他の雑誌に投稿後に手続きを進める必要があります（正しくはこちら）。この厳格なルール（あるいは研究者のモラル）に加えて、2018年からは、IJSEMジャーナルに論文を投稿する際に、微生物株のゲノム解析が義務付けられるようになりました（坂本, 20…

今日の一句 日に灼けた頬寄せて歌うはザ・ピーナッツ 浮浪雀 今日は一日家にいたので、写真を撮っていない。なので、写真はない。写真を1日1枚撮って、その下に一句つけるという形式は2001年から始まっているようだ。もちろんデジカメで撮った写真で、いまその写り加減が悪いのが若い人たちの間ではやっているという。一句は増殖する俳句歳時記からその日の季語を借りて、575で何か作る、というのやってきた。増殖する俳句歳時記は2016年の8月8日で新規更新は停止、それから8年間ともかく過去ログは見られたのだが、ここさいきんそれが見られ楽なった。きっとサーバーのなかのデータがおかしくなったのだ。 同じ時期にcin…

以下、Antibiotics as Major Disruptors of Gut Microbiota 2020 (腸内細菌の主たる破壊因子としての抗生物質) という論文の翻訳です。 翻訳文責：一社）化学物質過敏症・対策情報センター代表理事 上岡みやえ 要約 イントロダクション ヒトの腸内細菌 腸内細菌の組成 エンテロタイプ 機能 腸内細菌の乱れ～腸内毒素症 腸内細菌叢に対する抗生物質の効果 多様性の低下 メタボロームの変化 抗生物質耐性 抗生物質使用の臨床的結果 抗生物質関連下痢 クロストリジウム・ディフィシル菌関連の下痢 ヘリコバクターピロリ菌感染症 長期的な影響 結論 要約 培養に依存…

駅前 今日の一句 連日の後期高齢夏の果 浮浪雀 通信制高校の学校説明会。今年初めて模擬授業をするのでその担当をしてほしい、と頼まれた。いつもやっていることを説明会に来てくれた中学３年生にすればよい。７組の希望者があった。皆保護者同伴である。中学校の説明会だから保護者同伴は条件ではない。３人座れるテーブルが１５脚、横長に広い教室。一組欠席されて受講者は１３名だった。 12:15集合、12:30校内見学、13時学校説明、1340休憩、13:45模擬授業、14.18授業終了、個別面談。解散。私は模擬授業が終わったころで撤収した。模擬授業の内容は。科学と人間生活である。これは３年前は担当したが、今年は…

高校生物基礎「細胞内共生説」 動画 YouTube https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=1eCVCnnhWEw 原核細胞と真核細胞の違い 細胞内共生説：ミトコンドリアと葉緑体の起源 2020年9月17日 せいぶつ農国 原核細胞と真核細胞の大きな違いは、真核細胞の内部には、原核細胞には見られない 複雑な形の構造物(細胞小器官という)が見られることです。 https://hideyuki-komiya.com/2020/06/21/kyouseisetu/ たった1日でわかる46億年の地球史 【目次】 プロローグ――地球学への招待状 1. 化学と…

【ゆっくり解説】植物？細菌？「シアノバクテリア」とは何者なのか？を解説/生物の誕生と進化に重要な役割を果たした藍藻とは 動画 YouTube https://www.youtube.com/watch?app=desktop&v=T5ioY0nXKLM 嫌気性生物出現から好気性生物（真核生物）誕生の歴史 地球科学と生命の誕生・進化（8）＜原生代の地球環境と生命活動(2)＞ 2023年6月1日 ネオマグ通信 ［原生代の地球環境と生命活動(2)-1］地球の大酸化イベント冥王代や太古代の地球大気中にはもともと酸素がほとんど含まれていませんでした。ところが、原生代初期の約24億5000万年前から約22…

メタンシープについて メタンシープ（Methanococcus jannaschii）は、極限環境で生息するメタン生成アーキアの一種です。彼らは特異な代謝機構を持ち、メタンガスを生成することで知られています。以下にメタンシープの詳細について説明します。 メタンシープの発見と分類 メタンシープは、1970年代後半に深海熱水噴出口で初めて発見されました。科学者たちは、極限環境でも生存可能な微生物群を探しており、その中で新しいアーキアの一種としてメタンシープを発見しました。分類学的には、メタンシープは以下のように位置づけられます： ドメイン: アーキア 門: エウリ古細菌 クラス: メタノコッカス …

腸内細菌は、出産と共に宿主に棲みつき、日頃の食事や生活環境によって形成されていきます。 そのため、住む地域や国によっても、特有の腸内細菌叢を持っています。 日本人は「ビフィズス菌や多く、古細菌が少ない」という特徴があります。 論文）The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness. では、どのような環境因子が腸内細菌叢に影響を与えるのでしょうか。 日本人約4,200例を対象に腸内細菌叢を調べると同時に、多彩な疾患や薬剤情報、食習慣、生活習慣、身体測定因子（年齢、性別、BMI）、運…