レベルファイブより2014年7月10日に発売されたニンテンドー3DS用RPG。「元祖」「本家」の2バージョンが同時発売。
『妖怪ウォッチ』の続編。前作同様、夏休みの日常が舞台となっており、怪しい2体の妖怪に妖怪ウォッチを奪われた主人公が、妖怪ウォッチ誕生の秘密を探るべく、過去へタイムスリップする。
インターネット通信で「フレンド」や「知らない人」との通信対戦に対応し、「近くにいる友達」や「フレンド」との妖怪の交換も行えるようになった。
「元祖」「本家」の2バージョンは、ともだちに出来る妖怪の一部、クエストの一部、オープニングテーマ曲が異なる。また、両方のバージョンを連動すれば、特別なダンジョンをプレイできる。それぞれのパッケージ版には購入特典として、異なるデザインのジバニャンの妖怪メダル、データカードダス、トレーディングカードが付属する。
2014年12月13日に、3バージョン目の『妖怪ウォッチ2 真打』が発売。パッケージ版には「ブチニャン」の妖怪メダル、ダウンロード版には限定妖怪「マスクドニャーン」が付属する。「元祖/本家」から「真打」へのデータの引き継ぎも可能。さらに「真打」には、12月20日公開の映画と連動したエピソードも収録される。
妖怪ウォッチ2 元祖 特典同梱(ジバニャンメダル ニャイーン他) - 3DS
妖怪ウォッチ2 本家 特典同梱(ジバニャンメダル コマニャチ他) - 3DS
妖怪ウォッチ2 真打 特典同梱(激レア「Zメダル」ブチニャンメダル) - 3DS