正式には特定健康診査。平成20年度より、四大疾病のうちの3つ(糖尿病、心筋梗塞、脳卒中)を将来的に減らしていくための医療政策として開始された。糖尿病や虚血性心疾患の発症リスク要因として重要なメタボリックシンドロームを早期に発見することに重点が置かれた健診システムとなっている。特定健診によりメタボリックシンドロームと判定された場合は、生活習慣に関する保健指導を受けることで改善を目指す。従来から市町村単位で生活習慣病予防検診は広く行われていたが、特定健診は保険者(国保・社保)単位で施行することが特徴である(それに伴い自治体検診は中止された)。また特定健診・保健指導の成果は5年後に評価され、評価が悪い保険者には罰金が科されることになっている。