「萌える」は、現在印刷物・出版物関連において登録商標になっています(第4745449号)。
なお、その権利者が特許庁に商標出願した1か月後に、あの三才ブックスも同様に出願していたのですが、拒絶査定を受けています。
また、その権利者は2004年6月に、同じ「萌える」という商標をコンピュータ関連およびネット関連において商標出願しています*1。
cf. http://www2.ipdl.ncipi.go.jp/beginner_tm/TM_AREA.cgi にて「萌える」を検索
*1:登録商標は対象となるジャンルを指定する必要があり、指定していないジャンルでは商標権を行使できないことになっています。