Hatena Blog Tags
はてなブログ トップ
Biopython
このタグでブログを書く

Biopython

このタグの解説についてこの解説文は、すでに終了したサービス「はてなキーワード」内で有志のユーザーが作成・編集した内容に基づいています。その正確性や網羅性をはてなが保証するものではありません。問題のある記述を発見した場合には、お問い合わせフォームよりご連絡ください。
アメリエフのブログ•2 か月前

Pythonで全ゲノムFASTA=>染色体毎FASTAを作成してみた

こんにちは、iijm_lです🐰 12月になりました、今年ももうすぐ終わっちゃいますね🥺 来年もいい年になりますように...🍊（もう既に年末気分） さて今回紹介するのは、 ゲノム配列ファイルから染色体毎の配列ファイルを作成する方法 です🌟 稀に、全ゲノム配列FASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAが必要な解析ツールってありますよね〜。 先日気軽な感じで、 🐰「ツールの機能知りたいから、とりあえずテスト解析してみよ〜🥳」 と思って実行してみたら、 💻「染色体ごとのFASTAが無いよ、用意して😡」 と怒られてしまいました。 全ゲノムのFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに解決でき…

#Python#Biopython#バイオインフォマティクス

関連ブログ

macでインフォマティクス•8 時間前

BLAST結果をソート・フィルタリングする BLAST-QC

NCBIのBasic Local Alignment Search Tool (BLAST)は、バイオインフォマティクスおよびゲノミクス研究のための配列アライメントおよび同定のための好ましいユーティリティである。NCBIのBLASTソフトウェアを使用している研究者の間では、大規模なBLAST検索の結果を解析するのは面倒で時間がかかることがよく知られている。さらに、'-max_target_seqs'のようなパラメータがBLASTヒューリスティック検索プロセスに与える影響についての最近の議論では、これらの検索オプションの使用は疑問視されている。このため、スタンドアロンのパーサーを使用することは、…

或る化みす途のブログ•5 日前

RCSB PDBのサイトからPDB(.cif)をまとめて取得する簡易script

Grüezi wohl, 一年位前まで頑張って勉強してたKNIME x PDBですが、PDB connectorが仕様変更になってます。いざ使おうって時にこれだから... というわけで、めっちゃ簡易ですがpython scriptを置いておきます。 from IPython.display import HTML from pypdb import * import time from Bio.PDB import PDBList from tqdm import tqdm # 検索用のkeywordsを定義 q = input('keywords? ') # PDB IDのリストを取得、ID…

アグリインフォマティクス徒然草•15 日前

ubuntuでAnaconda3を入れた話

はい、とうとうubuntuでAnaconda3を入れました。 別にubuntuではAnacondaの縮小バージョンminicondaでいいかな、と思ってたけど、minicondaからだとどうもpythonがバージョン2しか稼働しないぽく。。。 するとpython3以降からのみ対応しているパッケージが全部minicondaによって邪魔されてインストールできないor稼働しない。。。 新しいバージョンのminicondaをインストールする手もあったんだろうけど、linux置いてるところからjupyternotebook使えるのも便利だし、そこもう統一しようかということで入れちゃいました。 割と四苦八…

研究メモ•25 日前

SNPデータでML系統樹作成

―使ったソフトー ・系統樹の描画 RAXML-NG (GitHub - amkozlov/raxml-ng: RAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible) ・系統樹作成にあたってのモデル選択 ModelTest-NG (Releases · ddarriba/modeltest · GitHub) ・invariant sites の除去 raxml_ascbias（GitHub - btmartin721/raxml_ascbias: Script for removing or counting invari…

アグリインフォマティクス徒然草•25 日前

やはりものごとは基礎から学ぶべき

Biopythonを学んでいてあまりに沼にハマるので結局pythonの基礎から学ぶことにした（遅い） もう発見の連続。やっぱ基礎が大事ですな。 以下発見を書いていきます。 ①ファイルに読み書きする。 ファイルを扱うとき、パスが必要。これは当たり前だが、自分はこれまでパスの取得に四苦八苦していた。わざわざフォルダのところまで行きファイル名コピーして戻る、など。 だがそのパスを自動で見つけてくれるモジュールがどうやらあるらしい。その名はos.path.join()関数。まじ。 import os import os.path.join("Users","単語その1”,"単語その2”) とするとその…

macでインフォマティクス•先月

ハプロタイプを考慮してドラフトゲノムアセンブリをポリッシュする Hapo-G

1分子シーケンシング技術は最近、Pacific BiosciencesとOxford Nanoporeによって商業化され、長いDNA断片（キロベースからメガベースのオーダー）をシーケンシングし、効率的なアルゴリズムを使用して、反復領域の連続性と完全性の点で高品質のアセンブリを提供することが期待されている。しかしながら、ロングリードテクノロジーのエラー率はショートリードテクノロジーのエラー率よりも高い。これは、ゲノムアセンブリーの塩基品質、特に、シークエンシングエラーが遺伝子のコーディングフレームを混乱させる可能性があるコーディング領域において、直接的な結果をもたらす。二倍体ゲノムの場合、与えら…

アグリインフォマティクス徒然草•先月

Biopythonまとめ　その１

日記風に書いていたが、BioPythonの難易度がpython初心者にとって高いので、これはまとめ用の記事。備忘録。じぶんのレベルが上がるにつれて適宜更新していきます。 ちなみに参考した本はオーム社の「Pythonによるバイオデータ・解析入門」山内長承著である。 step1. 重要なことはファイルの読み出し及びファイル作成であろうため、そこだけまとめる。用いるクラスはSeqRecordクラス。これでNCBIで使えるGenBank形式、ENAで使えるEMBL形式のファイルから読み書きできる。 SeqRecordクラスのもつアトリビュート（SeqRecordが持つ情報、SeqRecordオブジェク…

アメリエフのブログ•2 か月前

Pythonで全ゲノムFASTA=>染色体毎FASTAを作成してみた

こんにちは、iijm_lです🐰 12月になりました、今年ももうすぐ終わっちゃいますね🥺 来年もいい年になりますように...🍊（もう既に年末気分） さて今回紹介するのは、 ゲノム配列ファイルから染色体毎の配列ファイルを作成する方法 です🌟 稀に、全ゲノム配列FASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAが必要な解析ツールってありますよね〜。 先日気軽な感じで、 🐰「ツールの機能知りたいから、とりあえずテスト解析してみよ〜🥳」 と思って実行してみたら、 💻「染色体ごとのFASTAが無いよ、用意して😡」 と怒られてしまいました。 全ゲノムのFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに解決でき…

ばいばいバイオ•2 か月前

Rosalindを解く - DNA塩基数のカウント

Rosalindの紹介はこちらから。 本日は基礎中の基礎、DNA塩基数を数えるコードを書いていきたいと思います。 rosalind.info 生物学的知識のおさらい 参考：クロマチン - Wikipedia すべての生物を構成する細胞は、生命の構成要素であると考えられています。 我々真核細胞の構成要素である核は、光学顕微鏡で見るとクロマチンと呼ばれる高分子から構成されていることが分かります。 このクロマチンのほとんどは、有糸分裂（真核細胞の分裂）の間、染色体と呼ばれる長くて細い紐に凝縮します。 クロマチンに含まれる高分子の1つは核酸と呼ばれます。核酸を構成する分子はヌクレオチドと呼ばれ、この分…

macでインフォマティクス•2 か月前

バクテリアの遺伝子配列を比較する LS-BSR

2021 1/18 わかりにくい説明を修正 細菌単離株からの全ゲノム配列データが安価に入手できるようになるにつれ、配列データと生物学的観察結果を相関させる計算手法が必要とされている。ここでは、数百から数千の細菌ゲノムの遺伝的内容を迅速に比較し、調査した全ゲノムの全コーディング配列（CDS）の関連性を記述したマトリックスを返す large-scale BLAST score ratio (LS-BSR) パイプラインを紹介する。このマトリックスは、細菌ゲノム間の遺伝的関係を特定するために簡単に解析することができる。配列類似度によってペプチドをグループ化するパイプラインは公開されているが、LS-B…

ばいばいバイオ•3 か月前

Pythonでバイオインフォマティクス - FASTQファイルを扱う

生存時間分析シリーズが立て続いておりましたが、今回は久しぶりにバイオインフォマティクス関連の記事になります。 以前の記事でも紹介したBiopythonを用いて、簡単なデータの可視化を行ってみます。 www.kimoton.com Biopythonのインストール Biopythonのインストールはpipもしくはconda経由で行うことができます。 pip経由 $ pip install biopython conda経由 $ conda install -c conda-forge biopython FASTQファイルをとってくる 今回は1000人ゲノムプロジェクトのデータを用います。 10…

macでインフォマティクス•4 か月前

大規模なウイルスゲノムデータのマルチプルシーケンスアラインメントを行う ViralMSA

分子疫学において、感染クラスターの同定は、典型的にはウイルスゲノム配列データのアラインメントを必要とする。しかし、既存の複数配列のアラインメント手法では、配列数に対してスケールが小さく、その結果、ウイルスの感染クラスターを特定するためには、ウイルスゲノム配列データのアラインメントが必要となる。 ViralMSAは、超大規模なウイルスゲノムデータセットの多重配列アラインメントを可能にするリードマッパーのアルゴリズム技術を活用した、ユーザーフレンドリーなリファレンスガイド型多重配列アラインメントツールである。配列数に応じてリニアにスケールし、数万のウイルスゲノムを数秒でアラインメントすることができ…

メモとログ•4 か月前

BioPython関係

% conda config --add channels bioconda % conda config --add channels conda-forge % conda install biopython % conda install cython seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2 % conda install r-essentials r-gridextra

macでインフォマティクス•5 か月前

Refseq accession IDからfull taxonomyに変換する PYlogeny

ETE3とBioPythonのEutilsを中心に構築されたアクセッション番号からtaxonomy IDとそれに関連する系統情報に変換することができるシンプルなツール。現在はRefseq accession IDに対応している。 インストール Github conda create -n PYlogeny python=3.6 -yconda activate PYlogenypip install biopython ete3 six#PYlogenygit clone https://github.com/jrjhealey/PYlogeny.gitcd PYlogeny/ > pytho…

macでインフォマティクス•5 か月前

バクテリアゲノムからプロファージを予測してアノテーションをつける DBSCAN-SWA

2020 8/21 追記と修正 ファージは、細菌宿主ゲノム中のバクテリオファージの細胞内形態として、通常、高い特異性を持って細菌のＤＮＡに組み込まれ、水平遺伝子導入（ＨＧＴ）に寄与している。ファージを用いて細菌を死滅させ、病原性細菌感染症や耐性細菌感染症を治療するなど、ファージ療法は広く応用されている。そのため、ファージを迅速かつ正確に同定するための有効なツールの開発が必要とされている。ここでは、細菌ゲノムのプロファージ領域を予測するために開発されたコマンドラインソフトウェアツールDBSCAN-SWAを紹介する。DBSCAN-SWAは、従来のどのツールよりも高速に動作する。重要なことは、184…