ある日、宇宙から飛来した物体が地球に落下した。
落下した物体から6つの光が世界中に散らばり、落下現場近くをさまよっていたひとりの少女が西園寺に拾われる。それから17年後、全宇宙の人類殲滅をもくろむ”機械帝国ガルファ”が地球侵攻を開始し、
月軌道上にガルファの要塞”螺旋城”が出現する。
螺旋城から発進した”機獣”が世界中の都市を襲い、そのうちの一体が星見町に襲来した。その日、星見町に引っ越してきたばかりの少年・草薙北斗は、同級生となる少年・出雲銀河と出会っていた。
2人はガルファの機獣に追われて逃げ込んだ先で巨大ロボット”電童”と遭遇し、そのパイロットに選ばれる。
対ガルファ用地球防衛組織”ギア”のメンバーとなった2人は、ときに衝突しながらも協力して電童を操り、ガルファの機獣や機士たちと戦っていく。