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Psi4　＃量子化学計算　＃python
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Psi4　＃量子化学計算　＃python

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2年前

Psi4による量子化学計算ー構造最適化（化学構造の描画）

前回までの記事で水分子の構造最適化と座標データの表示について紹介させていただきました。今回は最適化構造の可視化について、紹介したいと思います。可視化にあたっては、jupyter notebook 上で可視化できるpy3Dmolを使用しています。py3Dmolについては「化学新しいカタチ」さんのブログで詳細に紹介されています（私も参考にさせて頂きました）ので、参考にして貰えればと思います。 future-chem.com 以下はアセトニトリルの構造最適化とpy3Dmolを利用した可視化のコードになります。座標データについては、前回の記事で記載したようにxyz形式のファイルで保存しています。 py…

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関連ブログ

あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2年前

Psi4による量子化学計算ー構造最適化（座標の確認）

前回までの記事で水分子の構造最適化の実施について、紹介しました。 通常は最適化計算後、座標データや構造の確認を行うかと思います。 以下は前回紹介したコードですが、計算のアウトプットファイルは"h2o-opt.txt"に保存されていて、このファイルを確認することで計算の詳細、過程や座標データを確認することができます。 水分子の構造最適化ー(前回のもの） 以下はoutput ファイル内に記載された内容の一部になります。最適化 された座標データは一番したの欄で確認できます。ただ、いちいち アウトプットファイルを確認するのも手間がかかりますので、座標データ を確認できるコードを加えてみました。 水分子…

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2年前

Psi4による量子化学計算ーインプットファイルの作成　その２

前回までの記事で、座標データの取得まで説明してきましたので、ここからは、実際の計算用コードの作成に移ってゆきたいと思います。以下は水分子の構造最適化のコードの例です。 H2Oの構造最適化の参考コード１ 最初にpsi4のライブラリーをインポート（import psi4)した後、計算に使用するスレッド数とメモリーを設定します（psi4.set_num_threads(nthread=##）, psi4.set_memory('###MB'））。私の場合は低スペックのPCで行っていたので上記のコードに記載のスレッド、メモリーですが、PCのスペックに合わせて適宜設定して頂いたら良いかと思います。 次に…

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2年前

Psi4による量子化学計算ーインプットファイルの作成　１

デモのプログラムでPsi4の動作が確認できたら、いよいよ実際の掲載に移っていきます。 Psi4では化合物の座標情報として、デカルト座標系, Z-matrix 系 のインプットの入力が可能です。ここではデカルト座標系での入力で計算を実施してゆきたいと思います。化合物の構造から座標データを得るには、モデリングソフトなどを利用するのが簡単です。市販の有料ソフトウェアを使って作成することは可能ですが、無料で簡単に行うとなるとWeb上で構造式描画を行えるMolviewがひとつの選択肢になります。 Molvewについては下記のリンクからアクセスすることができます。 MolView リンク先にアクセスすると…

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•3年前

量子化学計算ソフトPsi4のインストールと使用準備　その2

Psi4 のインストールの続きです。今回は仮想環境の構築とPsi4のインストールです。 Psi4用の仮想環境を構築してゆきます。先の記事でも紹介しましたが、Pythonで利用できるモジュールは多数ありますが、主要プログラム（今回はPsi4)を快適に動作させるための必要なモジュールを用意した仮想環境を作ります。Pythonや他のモジュールとのバージョンの相性などもあるので、個別の仮想環境を作ることで、安定した専用作業環境を作るというイメージです。 まず、Python用のパッケージを導入できるプラットホームをインストールします。AnacondaとMinicondaがあるのですが、Anacondaは…

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•3年前

量子化学計算ソフトPsi4のインストールと使用準備　その１

Psi４は前の記事で記載のようにオープンソースの量子化学計算ソフトウェアでWindows、Linux、Macのそれぞれで使用可能です。インストールですが、「Psi4」のホームページのダウンロードのサイトで各種インストール方法が示されています。 （https://psicode.org/installs/v14/） インストーラーによるものもありますが、AnacondaもしくはMinicondaのconda コマンドを利用したインストールが比較的簡単です。筆者もcondaコマンドを利用した手順でPCにインストールを行いました。 インストールしたPCの概要は以下の通りです。息子のお下がりのPCなの…

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•3年前

ケミストの独り言ーはじまり-（フリーの量子化学計算系ソフト）

はじめまして winchemwin です。ケミスト（化学者）の視点からみなさんの役に立つかもという記事（当面はシミュレーション関係？）を自分への備忘録も兼ねて書いてゆきたいと思っています。 第1回目は、フリーで利用可能な量子化学計算ソフトの話です。 有機化合物の構造や性質をシミュレーションできるソフトウェアは、多く開発されていますが、今回はオープンソース等で開発が進められているフリーソフトのお話です。 この分野ではGAMESS、Fireflyが有名ですが、このブログでは最近積極的に開発が進められているソフトとして、「Psi4」に注目したいと思っています。Psi4は2007年頃？から開発が進めら…

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