はじめに 関連パッケージの読み込み SRA Toolkit / fastq-dump コマンドを使って、FASTQファイルを取得する。 FASTQファイルの読み込み リード長を取り出す方法 クオリティスコアを可視化する サイクルごとにクオリティスコアを可視化する まとめ ゲノム解析の関連記事 参考資料 はじめに 今回は、MacOSX環境で、SRA Toolkitのfastq-dumpを用いて取得した、 FASTQ形式ファイルをRに読み込む方法を扱う。 FASTQ形式ファイルの読み込みには、 Bioconductorパッケージの1つである、 ShortReadパッケージのreadFastq関数を…