任天堂より2005年5月26日に発売されたニンテンドーゲームキューブ用ゲームソフト。開発はレトロスタジオ。
メトロイドシリーズの一つで、メトロイドプライム三部作の第2弾。『メトロイドプライム』と『メトロイドプライム3 コラプション』の間の物語となる。公称ジャンルは"ファーストパーソンアドベンチャー"で、ファーストパーソン・シューティングゲームと同じ主観視点による探索型のアクションアドベンチャーゲーム。
惑星エーテルで消息を絶った銀河連邦軍を捜索していたサムス・アランが、ライトエーテルとダークエーテルという相似をなす2つの世界のエネルギー戦争に巻き込まれていく。惑星エーテルにはフェイゾンの存在を感知したスペースパイレーツが訪れている。また、サムスにそっくりな黒いスーツに身を包んだダークサムスが登場する。
光と闇が交錯する世界で、サムスもライトビームとダークビーム、ダークスーツを入手する。ビームはそれぞれ逆の属性を持つ敵に大ダメージを与え、ダークスーツはダメージゾーンとなっているダークエーテルでのダメージを軽減する効果がある。これらの能力は、序盤で失うことになる能力も含め、探索を進めたりガーディアンと呼ばれるボスを倒すことで入手できる。
シリーズ初の対戦モードを搭載し、最大4人対戦可能。
2009年6月11日には、Wiiリモコンとヌンチャクでの操作に対応したWii版『Wiiであそぶ メトロイドプライム2 ダークエコーズ』が発売された。