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放映期間:1978年10月1日〜1979年9月30日(全53回)*1
劇場版が公開された1978年、再びヒートしたガッチャマン人気に応えるべくスタートしたTVシリーズ第2作。純然たる続編であり、物語の序章では前作で戦死したコンドルのジョーのカムバック劇が描かれている。
作画・ストーリー面では決して良い評価に恵まれない本作だが、新旧ゴッドフェニックスの共演やジョー復活の謎、そして敵司令官ゲルサドラの正体をめぐる一連のエピソードは佳作と言えよう。
企画当初は、忍者隊の新メンバーとしてジョーの弟を登場させる案があった。
なお、メカニックデザインに大河原邦男の名が挙がっているが、ニューゴッドフェニックスを始めとした科学忍者隊のメカニックは玩具メーカー・ポピー*2の村上克司が提出した基本デザインを、大河原氏がクリーンナップしたに過ぎない。これは、次作・科学忍者隊ガッチャマンFのガッチャスパルタンも同様のこと。
かつて、地球を脅かしながらも突如宇宙へと去ったギャラクターの総裁Xが再び地球に現れた。野望再開の手始めにXは、沈没させた客船から拉致した少女を成人へと急成長させ、司令官ゲルサドラに仕立てて新生ギャラクターの指揮を命じた。
宿敵の復活を知り、再び活動を始めた科学忍者隊。しかし、ジョーを欠いた彼等は苦戦を強いられる。
幾度もピンチに陥る忍者隊だが、その度に彼等を助けてくれる謎の男の影があった。その影に、死んだはずのジョーを連想する健達。それは本当にジョーなのか? そして、今度のギャラクターの最終目的とは?