ryuon

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  Brownian dynamics
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    bue9(SUSE-Linux) の RYUON の整備。
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      pgcc の compile, 大きいものは optimize なしにする。依然 compile 中。
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    検証 run - 粒子編。
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      reject 版での検証。
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        こいつも、一旦ハマると抜け出せない模様。
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        全スキームで挙動を一通り押さえる。 BB が mid-point や BM より悪いのは、 一次だからかな？
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      でも何か、根本的におかしい。
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      12/12/2007: 復活。
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  昨日物色した Brownian dynamics 関連の文献を印刷。 一通り目を通す。
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    BD の DNA モデルの別の系譜、という感じ。相互関係はどうなんだろうな？
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    DNA の結び目は、見た目、面白そうだと思った。
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    4/4/2008: revive.

blob プロジェクト

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  復活。
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    調べたら 1/7/2004 以来だ。 やれやれ。
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    契機は先日（11/6/2007） 見つけた論文（Abade and Cunha 2007）。
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  錯綜しているwebノートの情報を整理（プロジェクトの統廃合）。
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  現実的な（比較的短期的な）プランを立てよう。
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    12/2/2003 に 立てたプランが一番最近のものみたい。基本的にターゲットは同じ。
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    コードは、今回は RYUON をベースで行こうかな （高次版を RYUON に入れるという hard な方向もあるが…）。

グループ・セミナー。

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  新しく来たポスドクのセミナー。これまでの仕事と、ここではじめた仕事を網羅的に。 詳細はすっとばされていたて、よく分からなかった。
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    1/24/2008: 新しい人のセミナー。
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  議論は色々と白熱していた。メインは「そのアプローチは古い」的なコメント。 端的に言うと、 ginzburg-landau でアプローチするのが正道だろう、と。 話者のモデルも現象論なので、そのレベルで簡単に判断できないけど、 GL で free energy をテキトーに書いて、というアプローチって 何かヤラセっぽく感じるんだよなぁ（多分に趣味の問題だけれども）。
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    10/14/2007: web の情報 - ピカピカにしたハリボテの現象論。
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  11/29/2008: 次回のグループ・セミナー。