nanoプロジェクト
DIP:
先週仕込んだ計算は無事終了。 が、固定粒子が機能していない。
ということで、 lub を on にしてみる。
何やら warning が出てくるな(FBの計算で)。
しばらく config が落ち着いたら出なくなった。
が、挙動がおかしい…… chain 間の lub を切る option を付けた方がいいかな? (RYUON で。)
12/12/2007: 復活。
ryuon
Brownian dynamics
chain 内の lub を抜けるような option を導入。
Nano の simulation で lub 込みだと何かおかしいので。
しばらく知恵を絞る。 Nex というパラメータを導入し、 同一 chain 内の隣接 Nex 個は(lubを)考慮しないようにしよう (MD の LJ と似たような方法だ)。 Nex に負値を与えると、同一 chain の粒子間は全部落とすことにする。
どのレベルに Nex を付けるか悩む。 一番、汎用性が高いように、各 chain 毎に与えることにする。 (設定ファイルは、そんなに触るものでもないし。)
core 部分は実装済み。結構、きれいに組めたかな (みんななら bond の情報からどうやって排除リストを作るかな?)。
チェック code を書く。チェック済み。