ryuon
Brownian dynamics
検証 run - 粒子編。
週末の結果をひとまとめ。やはり、どうしても途中で停止する。
overlap の処理の検討：
今までは、 overlap をチェックし、してたら dt を縮め、それが下限を切ったら random vector を作り直し、としている。
これを一般化。 overlap の条件にパラメータ BD-rmin を導入し、条件を緩められるようにする。
この過程で一つ bug を潰す。 dt が下限を切った時に dt を元の値にもどしてなかった。 （しかし、これでも状況は解決せず。）
テスト。
BD-rmin = 0.9 だと計算は進んでいる様子。
結果を見ると、しかし、 overlap の度合いは進行している （いずれ弛めた条件に引っかかることは自明）。
大きな問題を見つけた。
shear と periodic boundary を両立させるとき、 やっぱり無造作にやってはいけない。経験者には自明なことではあるのだが……
一度、頭の中だけで、流体の問題に出てくるのは imposed flow に対する速度だけだし、 各瞬間の config に対する解は正しいので OK だ、と流していた。 しかし、時間発展を考えた場合、 imposed flow の関係で image cell は shift していくので、 Lees-Edwards 的な処理を入れないといけない。 ってことは、 Ewald 和に shift の補正を入れないといけないな。
john の古い論文を見ると、 1984 年のそれに（だけ）書いてあった。 （これらを最初に読んだ時は、 sedimentation だけ考えていて、 shear はスキップしてたからなぁ。）
当の Evans (1975) が手に入らないので、色々と最近の文献を物色。 何か一般化できるかな？
4/15/2008: 文章化してあった。
今日のモントン、その２。
いつものように鼻歌を歌いながら家に着いて、 モンちゃんを膝に乗せて、今日の大変さについての報告（世間で言うところの愚痴という奴） を呑気に聞いていたら（つまり、馬の耳になんとやら、という奴ですな）、 何かがカチンと来たみたいで、ふと見ると、 大きい方のお嬢さんの目が釣り上がってた（あっ、やべぇ……）。 意見交換（いわゆる、ね）をしていると、 知らないうちに二人の声のボリュームも上がってたみたい。 気が付くとモンちゃんがフクロウのような目をして小屋の前でこっちをジッと見ていた （途中、モンちゃんは膝の上から下ろしてた）。
毎日が決戦みたいに几帳面なおねえちゃんは、 つまり、毎日なにかしらうまくいかなくて、 毎日がストレスが溜まってるのだろう（けれど、俺が全ての原因とか言われてもなぁ……）。 「私が読んだものを全部きちんと読んでよ」と言うので、 おとなしく小学生が宿題をするように頑張って読む。 何々、 over-excited な状態の時や、こちらにとって好ましくない行動を取った時は、 もちろん体罰はよくないが、「ダメ」と言ってもむしろ興奮を煽るので、 無視するのが一番よい、か。よぉし、明日帰ったら試してみよっと （でも、火に油を注ぐだけのような……）。
もちろん、しつけの基準が統一されていないことは良くないので、 二人してプロトコルを統一した（興奮が冷めて、気持ちが落ち着いた後に）。 -- "a tired mommy is a good mommy." (s/mommy/puppy/g)
