Nakao et al., BioRuby: samurai sword v.s. swissknife
BioRuby 1.0 features と Bio::UniProt と UniProt on ActiveRecord についてポスターで発表してきました．Swissknife をつかっている SIB の中のひとがどこどこやってきて盛況でした．
SIB の中のひとは Swissknife はつかっているが BioPerl はつかっていない，とのこと．Swissknife の example.pl を BioRuby で書き換えたものでつかむのはうまくいっていた模様．
エントリのなかの情報をどこまでパースしているのかについての質問があり，BioRuby は比較的浅くパースしているが，今後の方針として UniProt on ActiveRecord を紹介．こちらではすべてをモデル化していくので FTId の関係までもあつかえるようになる予定．
Ruby on Rails を知っている人が数名やってきて，UniProt on ActiveRecord は大変好評でした．数名のかたにモデルを評価していただけそうです．
InterPro の中の人から，InterPro のクラスはないの？つくらないの？との質問．無い理由はその回答をしている時に気がついたのですが，Bio::DB を継承しているクラスは基本的にフラットファイルでデータベースが提供されているものに限られているということ．InterPro はウェブサイトで提供されているものは確かにデータベースとしてみえるけど，それはフラットファイルで提供されていないので，BioRuby のクラスには無い，と．
KPT
Keep
- Comic life をつかったサマリーページ．
- 国際会議に参加するならなにか発表する．
Problem
- ベンチマークはどこ？
- 紙質が良くない．発色が悪い．
- 見通しのわるいレイアウト．
- ポスターをホテルに忘れてセッション 2 に変更．
