台湾海峡北部、福建省閩江河口部の馬祖島に位置し、南北54キロ、総面積は29平方キロ強の島嶼群であり、東引、西引、亮島、高登など36の島から構成されている。
島嶼群最大の南竿島の面積は10.64平方キロ、中華人民共和国の福州から僅か16海里に位置するため、両岸対立時には最前線の島であった。