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tky_cowのブログ•3年前

NIHのDELウェビナーを見た

以前DELの総説的なウェビナーがあるということを教えてもらったのですが、遅ればせながら見てみました。ウェビナー自体は2021年にNIH主催で開催されたもので、動画のアーカイブが公開されています。二年ほど前の内容になりますが、分野の第一人者や経験豊富なメガファーマ、スタートアップの面々が演者に名を連ねており大変勉強になりました。セッションは3部制で、Chemistry, Selection, Data Analysisから成ります。私は分野的にData Analysisのパートを視聴し、参考になった点を備忘録的にメモします。フルの動画は以下サイトに公開されていますのでご参考ください。 NCATS…

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906ブックマークdel.icio.usdel.icio.us social bookmarks help Welcome to del.icio.us. Please log in. username: password: (forgot password?)del.icio.us
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345ブックマークkoyachiの日記 - Joshua Schachter(del.icio.us)による大規模アプリケーション構築の注意点koyachi.hatenadiary.org
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272ブックマークWindowsの再起動時に直接BIOS画面に入る方法。DELキーやF2キーの連打とはおさらば | ニッチなPCゲーマーの環境構築Zwww.nichepcgamer.com
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246ブックマークExcelデータを最速でWebアプリ(Heroku)にする<del>１０</del>９のステップローカルには映画の視聴記録とか食べ歩きのお店評価とか投資履歴とかガラクタコレクションリストとかの自身の活動記録的なデータが溜まります。そしてどういうわけかそれらのデータは大概表計算ソフト「Excel」の上に置かれているのです。その結果、溜めたはいいが有効に活用されない、場合によっては見ることすらしない...melborne.github.io
191ブックマーク小野和俊のブログ:私がdel.icio.usに移行しつつある理由blog.livedoor.jp
189ブックマークsiamneeconti's bookmarks on del.icio.uschrome.google.com

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へちゃっぷりんの甘くてほろ苦い「へっちゃらインプロード（即興道）」•3年前

発想の仕方と扱い方（KeithとDel）

※「へっちゃラフスケッチ」はblogの記事未満のアイデア、あるいは未だはっきりとした形を成していない妄想を含んだ脳内に浮かんできた断片的な何かを、ときにそのまま、ときに少し書きながら考えを進ませて記載した、私的な備忘録です 【DelとKeithそれぞれの「発想の捉え方 扱い方」について】 僕の見解を加えて解説している動画を編集してみました。 僕の感覚では・Delは表現者（玄人）向け・Kieth は初心者（表現に不慣れな人）向けですが、果たして… 水道の蛇口のアナロジーを使うと ・Delは発想の蛇口から十分な水量は出せるので、それを適量に調節する・Keithは発想の蛇口が詰まってるので、出来るだ…

#インプロ#Keith#演劇
tky_cowのブログ•3年前

DELに含まれる化合物の全体構造を発生させる

前回までの記事では、eDESIGNERというオープンソースのツールを使って、DELのデザインを行ってきました。しかし、実際にデザインしたDELにどのような構造の化合物が含まれているかは確認できていませんでした。一つのDELでも数千万〜数億の構造を含むことも珍しくないため、全構造を発生させる必要性は低いですが、いくつかサンプリングして構造発生できると、物性値の分布なども確認できて便利です。eDESIGNERで設計したライブラリーの設定ファイルを基に、構造発生する方法をまとめます。 前提条件 サイクル毎BBファイルの作成 所望のライブラリー設計ファイルの切り出し 全体構造の生成 代表的な記述子の算…

#OSS
tky_cowのブログ•3年前

eDESIGNERを使ってみる(番外編)

前回まででeDESIGNERのメインの機能は使い終わりましたが、全スクリプトの半分ほどしか使っていませんでした。他のスクリプトはどんな機能があるのか見ていきましょう。 e_bb_retriever.py sample_generator.py bbt_analyzer.py lib_bb_analyzer.py incompatibility_mapper.py e_bb_retriever.py 主要スクリプト以外で、おそらく一番重要なスクリプトです。ライブラリーconfigファイルに出力された各ライブラリーの構造発生に使うBB構造を集めてくれるスクリプトです。使い方は以下の通りで、dfに構…

#OSS
tky_cowのブログ•3年前

eDESIGNERを使ってみる(実行編)

前回までに引き続き、オープンソースのDELツールであるeDESIGNERの使い方です。今回はいよいよ本体のスクリプトを実行していきます。環境構築とBBT_input.txtファイルの作成はしてあるものとします。やり方は前２回の記事でまとめています。 DNA Encoded Library (DEL)用のOSSであるeDESIGNERの使い方 - tky_cowのブログ eDESIGNERを使ってみる(前処理編) - tky_cowのブログ 作業ディレクトリの構成 設定ファイルの編集 db.par par.par path.par BBTの作成 eDESIGNsの作成 libDESIGNsの作成…

#OSS#Python
tky_cowのブログ•3年前

eDESIGNERを使ってみる(前処理編)

前回の記事から大分間が空いてしまいましたが、引き続きオープンソースツールのeDESIGNERの使い方を書いていきます。今回は、eDESIGNERで使う試薬(Building Block, BB)ファイルはどのような形で用意すれば良いかという所までを扱います。eDESIGNERの概要と環境構築については前記事をご覧ください。 tky-pychemweb.hatenablog.com なお、前回の環境構築はLinuxで行いましたが、eDESIGNER自体はpythonのみで動作し、M1チップのMBAでも動作確認が取れたため、スクショはMacで撮っています。 eDESIGNER全体の流れ eDESI…

#OSS
はしくれSEめも•6年前

【コマンドプロンプト】ファイル削除（del）

コマンドプロンプトからファイル削除のやり方について記載します。 @echo off set CUR_PATH=C:\hoge\ IF NOT EXIST "%CUR_PATH%AAA.txt" goto :END del /Q %CUR_PATH%AAA.txt :END オプション オプション 説明 /P ファイルの削除前に確認メッセージを表示します。 /F 読み取り専用ファイルを削除します。 /S 指定したファイルを全てのサブディレクトリから削除し、削除したファイル名を表示します。 /Q 削除前に確認メッセージを表示しません。

#コマンドプロンプト#ファイル削除#del