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サンガー研究所（The Snager Institute）で開発されているゲノムブラウザ
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Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR その２
2020 9/6 誤解を招く説明を修正 1回目の続きになります。今回はEnrichment のツールを簡単に紹介していきます。 Enrichment ２つのアプリケーションが利用できる。 解析フローはこの手順を踏襲したものになっている。こちらを読めばどんなコマンドを実行しているのかは理解できる。 https://learn.gencore.bio.nyu.edu/rna-seq-analysis/over-representation-analysis/ １、clusterProfiler(GSEA) Gene Set Enrichment Analysisのためのアプリケーションになる。 e…
ONTのメチレーションコールを視覚化する Methplotlib
2020 7/24 追記 DNA配列を変化させないエピジェネティックな共有ヌクレオチド修飾は、トランスポゾンの抑制、発生時の発現調節、インプリンティングされた発現およびX染色体サイレンシングを含む多くの機能を有し（Gigante et al、2019; GreenbergおよびBourc'his、2019）、精神疾患および神経変性などの多くの細胞機能、発生および病理状態において役割を果たすことが知られている（Armstrong et al、2019; Gaine et al、2019）。40種類以上の修飾が検証されており、そのうち5-メチルシトシン(5mC)およびN6-メチルアデニン(m6A)…
Linnean分類システムのランクに応じて分類学の系統を提供する分類学データベース Taxallnomy
あらゆる生物学的データは分類学的データと密接にリンクしており、いくつかのバイオインフォマティクス分析は目的を達成するために分類学的情報に依存している。メタゲノミクス、臨床法医学、その他の分野では、サンプル中に存在する生物を同定し、グループ化するために、完全に注釈された分類学的データに依存しており、多くの場合、結果をfamily、order、class、またはphylumなどの分類学的ランクにまとめている。さらに、進化論的な分析では、これまでに提案された分類学的分類に基づいて議論が行われている。分類学的情報はいくつかの分類学的データベースから得ることができ、例えば「生命カタログ」は、「Tree …
