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(サイエンス)
【あんさんぶる】

サンガー研究所（The Snager Institute）で開発されているゲノムブラウザ

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KNIMEとか倉庫•6日前

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい①

・お題：病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis（DEG）という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。データベースにアクセスして自分で試していければ良いのだけれど、全く自信がないので、親切なHPをなぞる形で学んでいきたいと思う。もちろん1回ではとても終わりそうにない。 ・ということで、以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia…

関連ブログ

macでインフォマティクス•1ヶ月前

3'UTRのアノテーションを行う peaks2utr

非モデル生物のアノテーションは未解決の問題であり、特に非翻訳領域（UTR）の検出が重要である。UTRの正確なアノテーションはトランスクリプトーム解析において各遺伝子の発現を正確に把握するために非常に重要であるが、アノテーションパイプラインではほとんど見落とされているのが現状である。本ツールは、10x ChromiumのようなシングルセルテクノロジーのUTRエンリッチメントを利用して、与えられたカノニカルアノテーションに対して3' UTRを正確にアノテーションする、使いやすいPythonコマンドラインツールpeaks2utrを紹介する。Python 3 (>= 3.8) で実装されており、PyP…

macでインフォマティクス•7ヶ月前

大規模な遺伝子バリアントアノテーションのための統合的かつ対話的なプラットフォーム Annotation Query (AnnoQ)

Annotation Query (AnnoQ) (http://annoq.org/)は、ヒトの遺伝子バリアントに対して包括的かつ最新の機能アノテーションを提供するために設計されている。このシステムは、Haplotype Reference Consortium (HRC) の約3900万個のヒトバリアントに、WGSAによる配列特徴アノテーションとPANTHERのGene Ontology (GO) およびパスウェイへの機能アノテーションを予め付与したアノテーションデータベースによってサポートされている。データベースは最適化されたElasticsearchフレームワーク上で動作し、リアルタイ…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

遺伝子名の識別を支援するウェブアプリケーション GeneToList

オミックス技術を臨床医学やトランスレーショナル・メディシンに取り入れる動きが加速する中、これらの手法によって生成される大規模かつ複雑なデータセットを利用するエンドユーザーには課題がある。ゲノミクスにおける特別な課題は、遺伝子の命名法が大規模なゲノムデータベースや一般的に使用されている遺伝子解析ツール間で統一されていないことである。さらに、ピアレビューされた原稿を含む科学的なコミュニケーションにおいて、古い遺伝子命名法がまだ見受けられることがある。そこで、バイオインフォマティクスに精通していない研究者にも使いやすいインターフェイスを実現するために、遺伝子ID変換と別名照合を支援するウェブアプリケ…

へのへの先生仮免中•8ヶ月前

車検でウキウキ、デミ子の艶姿を見よ・そのフラグは拾わ（拾え）ない悲しい独身の性・EnsembleでExon間のIntonを拾いに行く

二年ぶりの車検 まぁ車にはなんか愛情がある、デミ子と呼ぶときもたまにはあるくらいだ。 この車と別れるときは泣きそう。 もうそろそろバッテリー変えたほうが良いですよ もうそろそろタイヤ変えたほうが良いですよ ・・・ええいデミ子のためだ全部やってくれ！ もう１０年くらいのったるんじゃ、ってかんじで、だいぶ車検の値段ではなくなってしまった。 よくわからなかったのは 「タイヤ、うちはダンロップなんですけど良いでしょうか？」 「はぁ、まぁいいですよ、なんか違うんですかね？」 「うちがダンロップの取り扱いなんですよー大丈夫ですか？」 「あーまぁこだわりは無いんで、全然、別に問題あるとかでもないんでしょ？」…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

（ヒトゲノム）バリアントが転写因子結合に及ぼす影響を予測する FABIAN-variant

コーディングバリアントの影響予測は大きく進歩したが、ノンコーディングバリアントの評価は依然として困難である。特にプロモーター領域内のバリアントは、遺伝子の過剰発現を引き起こしたり、発現を低下させたり、あるいは消失させたりする可能性があるため、問題となる。転写因子のDNAへの結合は、位置特異的重み行列（PWM）を用いて予測することができる。最近では、transcription factor flexible models（TFFM）が導入され、PWMよりも高精度であることが示されている。TFFMは隠れマルコフモデルに基づいており、複雑な位置依存性を説明することができる。著者らの新しいウェブベース…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

バリアントエンリッチメント解析を行うshinyサーバー Varanto

ゲノムワイド関連研究（GWAS）は、一塩基多型（SNPs）などの遺伝的バリアントと特定の形質や疾患との関連を明らかにすることを目的としている。これらの結果をさらに探求し、解釈するためには、パスウェイ、生物学的プロセス、疾患との関連などの共通テーマを特定することが必要になる。Varantoは、多様なデータソースを用いてヒトの遺伝子バリアントをアノテーションし、可視化し、解析するための新しいWebツールである。Varantoは、入力されたバリアントのセットを照会し、関連するバリアントと遺伝子レベルのアノテーションを取得し、アノテーションのエンリッチメント解析を行い、結果を可視化するために使用できる…

ばかおとっつあんのあやしい生活•1年前

ヤフオクで落札

以前から欲しかったLPがヤフオクで出ていたので、いくつか落札。 Faust – Faust Wakes Nosferatu 映画「nosferat」のサントラ版。同タイトルのCDとは内容が違っています。ほぼ新品（出品者のコメントにもありましたが、ほんとにきれいな媒体です）。おどろおどろしい雰囲気のアルバム。結構好きかもｗ Ian Carr's Nucleus* – Out Of The Long Dark US盤ですが、思ったよりチリプツ少なく、状態の良い盤でした。かっこいいジャズロック。1曲目の「Gone With The Weed」が秀逸。この曲、The United Jazz+Rock …

macでインフォマティクス•1年前

BRB-seqのデータを扱うBRB-seq Tools

RNA-seqは広く普及しているものの、RT-qPCRに代わるデフォルトの遺伝子発現解析手法としては、まだ手間とコストがかかりすぎるのが現状である。本著者らはBRB-seqという新しいアプローチを紹介する。このアプローチは、早期のmultiplexingによって数十サンプルの3′cDNAライブラリを作成し、わずか2時間のハンズオンで完了するものである。BRB-seqは標準的なTruSeqアプローチと同等の性能を持ちながら、低いRNA品質に対する耐性が高く、最大25倍のコスト削減が可能である。RT-qPCRを用いた4つの遺伝子のプロファイリングと同等のコストでゲノム全体のトランスクリプトームデー…