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動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 0. はじめの一歩 画像表示ソフト（Viewer）について MRIcron ITK-SNAP（準備中。。。） FSLeyes（準備中。。。） MRView（準備中。。。） FreeView（準備中。。。） Linuxのお作法（基本） 1. 前処理 1.1. DICOMのソート (Sort) 処理（準備中。。。） 1.2. DICOMをNIfTIに変換 1.3. 拡散MRIの前処理（歪み補正&頭の動き補正） 2. 定量値の計算 2.1. 基本的な拡散定量値 …

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに 理論 準備するデータ 実行 すべてのb値を使う場合 b値を指定して使う場合 結果 目的 自由水イメージング（Free-Water Imaging: FWI）の解析方法の取得 はじめに 脳拡散MRIの1つのボクセルには、何100万もの神経細胞が存在する。さらにその1つのボクセル内に脳脊髄液 (CSF)や浮腫のような自由水が存在する場合、DTIの定量値は影響を受ける（部分容積効果）。脳画像解析では、神経細胞や神経白質路の状態を正確に評価したいので、こ…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) DKIの概要 準備するデータ b-vectorファイル b1000_bvecs.txt DKEParameters.dat 実行方法 結果 目的 DKEを用いて、Diffusoin MRIからDTIおよびDKIの定量値を算出 Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) Diffusional Kurtosis Estimator (DKE) は、DTIお…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 導入 ソフトウェアの処理 準備するデータとディレクトリ構造 実行 結果 目的 脳画像解析における基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)を計算 導入 拡散MRIは、単に水分子の拡散状態をMRIの信号値で可視化した画像であるが、MRIの信号値は絶対量ではないので、この画像では群間比較のような相対評価はできない。そこで、拡散MRIから水分子の拡散状態を定量し、絶対量を計算する。定量方法はさまざまであり、次のような手法が提案されている。 拡散テンソルイ…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 脳画像解析における拡散MRIの問題点 磁化率効果に起因する画像の幾何学的歪み（位相エンコードをAP方向として撮像した場合） 撮像中の頭の動き 使用するソフトウェア TOPUP --datain（Acquisition_parameters）について --indexについて 画像の歪み補正の効果 EDDY 頭の動き補正の効果 サンプルコード 目的 拡散MRIの前処理（歪み補正&頭の動き補正） 脳画像解析における拡散MRIの問題点 拡散MRI (Diffusi…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 XTRACTを用いたトラクトグラフィー（Tractography） 主要白質路の抽出 XTRACT XTRACTの論文はこちら www.sciencedirect.com XTRACTのドキュメントはこちら fsl.fmrib.ox.ac.uk XTRACTによって以下の白質路がトラクトグラフィーによって抽出される。 Tract Abbreviation Left/Right? Seeding Strategy Association Fibres Arcuate F…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 FDT pipelineを用いて、個人のDiffusion画像と標準空間（MNI空間）の構造画像の位置合わせ 必要なファイル 必要なファイルは次の通り。 BEDPOSTXの使い方はこちら。 . ├── DTI.bedpostX # BEDPOSTXの出力フォルダ ├── T1.nii.gz # BET前のBrain 3D-T1WI (FNIRT用) └── T1_brain.nii.gz # BET後のBrain 3D-T1WI (FLIRT用) 実行 ターミナル（端…

(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); 読んだら得ること ★ Salesforce サービス予定(ServiceAppointment)の親レコードになれるOBJ？ 目次 サービス予定(ServiceAppointment)の親レコードになれるOBJ サービス予定(ServiceAppointment)の親レコードになれるOBJ 質問：サービス予定の親レコードになれるオブジェクトはどれ？ 回答： 作業指示（WorkOrder） 作業指示明細（WorkOrderLineItem） 取引先（Account） 商談（Opportunity…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 dwi2maskの使い方 データ準備 目的 DWIからDWIのmaskを生成 コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる dwi2maskの使い方 dwi2maskに必要なのは、DWIとその軸情報。NIFTIからMIFに変換する際にb-vectorやb-valueといった軸情報を織り込んでいれば-fslgrad <bvecs> <bvals>の指定は必要ない。 $ dwi2mask -fslgrad <bvecs> <bvals> input o…

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにしておく必要がある。 Sub001/ ├── bvals # DWIのGradient Table ├── bvecs # DWIのGradient Table ├── data.nii.gz # DWI └── nodif_brain_mask.nii.gz # b=0のマスク BEDPOS…

最近知ったんですが、lctagsというclangを使ったソースコードタグシステムがあるそうです。 github.com ソースコードのタグシステムというのは、変数名や関数名から定義を参照したり、関数の定義部から呼び出し元へ飛ぶような複数のファイルを跨いで内容を飛びまわるようなものを言います。メジャーどころだと、ctags, etags, GNU Globalあたりが昔から使われています。これらの昔から存在するツールは、ソースコードを読み込んで解析するパーサを自前で持っていますが、この部分を真面目に開発していくと、最終的にはコンパイラを作る羽目になることが広く知られています。*1 じゃ、実際にコ…

1: 名無しさん＠お腹いっぱい。 投稿日：2011/10/09(日) 18:44:41.93 ID:4aUbtFG1太陽みたいなのがあるんでしょうかもし中心にあるものがなくなった太陽系はどうなるんですか？2: 名無しさん＠お腹いっぱい。 投稿日：2011/10/09(日) 18:58:15.31 id:EjCXDPiw星が密集しているから、潰れて巨大なブラックホールになっているらしい。こういう物は突然無くならないから心配しても仕方ないけど、今ぱっと無くなってもすごく遠いから、影響が出るのは遠い未来。3: 名無しさん＠お腹いっぱい。 投稿日：2011/10/09(日) 19:01:03.17 I…

＊＊＊＊＊＊＊＊ 日本は今🇯🇵～英雄産業ジャーナル ＊＊＊＊＊＊＊＊ （１）未来予測支援ラボとは？・電通のVision メイキング集団・未来に関する情報、ネットワーク、知識、経験などを駆使して、未来像をあぶりだし、進むべき方向性を支援する。https://www.dentsu-fsl.jp/ （２）活動①集合知未来予測未来情報をデータベース化し、未来を明らかにする。 ②人の声とともに未来を考える専門家だけでなく、生活者の声を取り入れて、未来を可視化する。 ③アイディアの未来人々の暮らしはどうなるのか？メンバーの予測するキーワード（AI、コミュニティ、IOT、教育、祭りなど）をかわいいイラストと…

はじめに こんばんは。この記事はセキュリティキャンプのグループワークでの合同ブログ(”控え目関西人”)の第4記事目です。 以下のURLは合同ブログであり、飛べば他の方が書いた記事が見れますので是非。 お堅いのもなんなので自分なりに書いていこうと思います 正直日本語も危ういのでよくわからない言葉を使っているかもしれませんが温かい目で見ていただけると幸いです 早速ですが、私が何故PowerPCというCPUの脆弱性を調べようと思ったのかは、ある機械の解析をしたいためです。実際はその機会が発売されてから5年ぐらいまでのCVEを見ればいいのかなと思っているのですが発売されて10年間のCVEを調べてみまし…

あけましておめでとうございます。年賀状代わりに開発環境の構築記事を差し上げます。 いやわりと真剣に、開発環境にはその開発者の近況が表れていると思うのですよ。 いっちょあなたもどうですか 😀 閑話休題。 以下今日やった Ubuntu 20.04 LTS のインストール作業記録です。語調変わるのはご勘弁。 Hyper-V VM の用意 Ubuntu のインストール インストール後の作業 systemd-networkd の設定 不要なツールを purge build-essential をインストール dotfiles で初期設定 Go をインストール Docker をインストール 以上