過去数十年の間に多重配列アライメントのための手法開発が進歩したにもかかわらず、配列の長さが大きく異なるデータセットのアライメントは、特に入力配列に非常に短い配列(シークエンシング技術、または進化の過程で大きく欠失した配列)が含まれる場合、まだ十分に解決されていない問題である。 HMMergeは、配列長の不均一性が高いデータセットのアラインメントを計算する方法であり、与えられた「バックボーン」アラインメントに短い配列を追加する方法である。HMMergeは、その前身であるアラインメント手法UPPとWITCHの技術を基に構築されており、プロファイルHMMのアンサンブルを構築してバックボーンアラインメ…