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OpenMP

(コンピュータ)
【おーぷんえむぴー】

並列化コンパイラのための標準のひとつ。

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gombeのブログ•3年前

Intel CPUのスレッド並列のスケーラビリティがAMD CPUより悪い件について

なぜかIntelのCPUのスレッド並列でのスケーリングが悪いんですよね。なぜなのかわかる人いたら教えてほしいです。 OpenMPでのスレッド並列 イテレーション一回当たり160[us]程度の処理 それぞれのメモリアクセスはほぼ独立で、コンフリクトもしない。 IntelのCPUだとものすごくスケールできないが、AMDだとすごくきれいにスケールする。最適化をかけても同じ。 gcc 8.3.1＆OpenMP 全てCentOS 8 比較マシンのCPUはこんな感じです。 * AMD Ryzen 3900(12C) * AMD EPYC 7352 (24C) x2 socket * Intel Xeon …

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157ブックマークC++ 開発者が陥りやすい OpenMP* の 32 の罠 | iSUSwww.isus.jp
102ブックマークOpenMPの使い方：tech.ckme.co.jpOpenMPは複数のCPU（複数コアを含む）を持った計算機上での並列化に威力を発揮する。 OpenMPを使う最大の利点は、OpenMPに対応したコンパイラであれば、非常に簡単に並列化できる点である。 現在、gcc、Visual C++、およびIntelコンパイラなど主要なコンパイラはOpenMPに対応している。 習得も他の並列化技法に比べて比...tech.ckme.co.jp
68ブックマークOpenMPの基礎構文codezine.jp
60ブックマークC - でOpenMP使ったら、+二行で範囲10億が2秒 : 404 Blog Not Founddankogai.livedoor.blog
44ブックマークOpenMP 入門OpenMP は共有メモリ並列プログラミングの標準 API である。ここでは C/C++ 版を紹介する。Fortran 版もある。 OpenMP は自動並列化ではない。依存性の分析と解決はプログラマに任されている。使い方を間違えば、当然正しくない結果を出す。 #include <omp.h> OpenMP を使うときにはインクルードする。 _OPENMP OpenMP ...www.na.cse.nagoya-u.ac.jp
42ブックマークImageMagickとOpenMPの件 - blog.nomadscafe.jp「PerlMagick が OpenMP 有効だと高負荷になる件 :: drk7jp」の件 どうやら、Perlに限らずマルチプロセスでOpenMPが有効なImageMagickを動かすとパフォーマンスが悪くなるようです。 Enabling OpenMP for most algorithms creates 8 threads (1 per core). If your process creates 8 threads that’s a total of 64 thre...blog.nomadscafe.jp
39ブックマークOpenMP - WikipediaOpenMP（オープンエムピー）は、並列計算機環境において共有メモリ・マルチスレッド型の並列アプリケーションソフトウェア開発をサポートするために標準化されたAPIである[2]。「OpenMP」は「open multiprocessing」の略である[2]。 同様に並列コンピューティングに利用されるMPIでは、メッセージの交換をプログラム中に...ja.wikipedia.org
37ブックマークOpenMP.org»OpenMP Tutorial at Supercomputing 2008 Tutorial S08: A Hands-on Introduction to OpenMP (Full day) Sunday, November 16, 2008 »SuperComputing ’08, Austin, Texas Instructors: Larry Meadows, Intel Corporation, Tim Mattson, Intel Corporation If you are planning on attending the 20th Anniversary of th...openmp.org
37ブックマークPerlMagick が OpenMP 有効だと高負荷になる件ImageMagick と PerlMagick を使った CGI が原因不明の高負荷になり、ドツボに嵌ったので、備忘録として残しておくことにします。結論からすると apache + ImageMagick + PerlMagick を安定稼働させるには ImageMagick を OpenMP 無効化してコンパイルする必要があるようです。 具体的には下記のようなオプションを付け...www.drk7.jp

関連ブログ

憂鬱神楽坂•9日前

物性研(System B Ohtaka)でのQuantum Espresso-Perturboコンパイル

これも内輪用です！(重要！) 責任は取れないよ！ 下準備 VASPのコンパイルの時と下準備は一緒です。 HDF5は既にインストール済みでしたら適宜スキップしてください。 まずはmodule loadから module purge module load oneapi_compiler/2023.0.0 oneapi_mkl/2023.0.0 oneapi_mpi/2023.0.0 次にHDF5のインストール HDF5® Source Code - The HDF Group ここからソースコードをダウンロードしてください。 ダウンロードできたらHDF5のディレクトリ内で以下を実行します。 pr…

fortran66のブログ•10日前

【メモ帳】Intel Fortran 2024.0..0 で Fortran 2023 機能を試す

Fortran 2023 Intel Frotran 202.0.0 は、少しですが Fortran 2023 対応を始めたので、ちょっと試してみることにします。 度数による三角関数 従来の Fortran の三角関数は弧度によるものでした。古代メソポタミア文明より伝わる 60 進法の度数を用いる場合、円周率を使ってラジアンに変換する必要がありました。これは大した手間ではないですが、数値計算的には度数用のルーチンを作った方が計算量も少なく最後の一ビットまで正確に計算できることが知られていて、よく数値計算ライブラリに度数用の三角関数が用意されておりました。 今回、Fortran 組み込み関数とし…

fortran66のブログ•18日前

【メモ帳】インテル Webinar OpenMP 弁護

The Case for OpenMP 結論を言えば、ISO Fortran の do concurrent による自動 off loading では、GPU との不要なメモリー移動を制御する文法要素が無いのでこれを避けられないが、OpenMP はこれが可能であるのでメモリー移動が律速の場合 OpenMP の方が有利であるということのようです。 文法的には do concurrent の方が簡潔明なので見やすいです。Fortran 2018 では、do concurrent の修飾子として、メモリーの locality 等を指定できるようになっているので、コンパイラが進化すればメモリー移動もあ…

よっちんのブログ•1ヶ月前

BlueHens CTF 2023 Writeup

この大会は2023/10/28 4:00(JST)～2023/10/30 4:00(JST)に開催されました。 今回もチームで参戦。結果は9459点で435チーム中21位でした。 自分で解けた問題をWriteupとして書いておきます。 Join Our Discord (MISC) Discordに入り、#rulesチャネルのメッセージを見ると、フラグが書いてあった。 UDCTF{l3t_th3_g4me5_b3g1n} Big JPG (MISC) $ binwalk big-image.jpg DECIMAL HEXADECIMAL DESCRIPTION ----------------…

雑記帳•2ヶ月前

ファームビルド時の"Options to Xassembler do not match: -adhlns"というWarningについて

ビルド時にWarningが出るので一応調査。 QMKファームビルド時に、rules.mkにて-fltoオプションを付けると以下のようなWarningが出てくる。 | lto-wrapper: warning: Options to Xassembler do not match: -adhlns=.build/obj_ble_micro_pro_my_crkbd/oled_bongo.lst, -adhlns=.build/obj_ble_micro_pro_my_crkbd/oled_luna.lst, dropping all -Xassembler and -Wa options. | …

ITエンジニア ノイのブログ•2ヶ月前

M1のMacでLightGBMがインストールできない

M1のMacは環境構築にクセがあります。 LightGBMをローカルで使えるようになるまでの手順を残しておきます。 最初に出てきたエラー ModuleNotFoundError: No module named 'sklearn' というエラーは、sklearn モジュールがインストールされていないことを示しています。 sklearn をインストールするには、以下のコマンドを使用します： %pip install scikit-learn また、lightgbm がインストールされていない場合は、以下のコマンドも実行する必要があります： %pip install lightgbm これらのコマ…

macでインフォマティクス•2ヶ月前

ロングリードを用いたDe Novoゲノムアセンブリとマッピングのためのツールキット ntLink

ゲノムシーケンスデータの低価格化と入手の容易化に伴い、de novoゲノムアセンブリは、様々な下流の研究や解析への重要な第一歩となっている。そのため、計算効率の高い方法で高品質のゲノムアセンブリを作成できるバイオインフォマティクスツールが不可欠である。ntLinkは、ロングリードを含むあらゆるシーケンス技術から構築されたドラフトゲノムアセンブリを改良するために、ロングリードのシーケンスデータを利用する、柔軟でリソース効率の高いゲノム・スキャフォールディングツールである。ntLinkは、リードアラインメントを使用して結合候補を特定する代わりに、最小化子ベースのマッピングを利用して、入力配列がどの…

TadaoYamaokaの開発日記•3ヶ月前

拡散モデルで将棋の方策を学習する その３

前回、拡散モデルで将棋の方策を学習できることを確認した。今回は、マルチGPUで学習できるように学習処理をPyTorch Lightningで実装し直す。 LightningCLI LightningCLIを使うと、ハイパーパラメータやオプティマイザの設定をconfigファイルに記述できて便利である。 モデルクラスと、データクラスを定義すると、以下のように記述するだけで、学習部を実装できる。 LightningCLI(DiffusionPolicy, MyDataModule) 実行するときは、サブコマンド「fit」を指定して python train_lightning.py fit --co…

macでインフォマティクス•3ヶ月前

大規模アラインメントの系統推定を高速化した VeryFastTree

FastTree-2は、大規模系統樹を推定するための最も成功したツールの1つである。FastTree-2の設計の核心はスピードであるが、FastTree-2の実装には、その性能とスケーラビリティを害する重要な問題がまだある。これらの限界に対処するために、本著者らはVeryFastTreeを導入する。VeryFastTreeはFastTree-2ツールの高度に調整された実装であり、並列化とベクトル化戦略を利用して性能を向上させる。VeryFastTreeは、超大規模な330kアライメントから倍精度演算を使用して、標準的なサーバー上でツリーをわずか4.5時間で構築することができ、これは逐次および最…

fortran66のブログ•3ヶ月前

【webinar】Intel Fortran 町内会合開かる

Townhall with the Intel® Fortran Compiler Developers 新しい試みとして Intel Fortran 利用者の寄り合い webinar が昨晩深夜１時（JST）から開かれました。今までより質疑に時間を割いて、ユーザー側の意見を拾おうとする目的のようです。従来の講演者の講演ののち音声で質疑応答するという形式ではなく、講演者の他に何名か控えていてメッセージを送る形で質問を集めて区切りごとにそれに答えるお便りコーナー的な形式でした。 community.intel.com いずれアーカイブ公開されるはずです。 質疑で OpenACC 対応を聞かれてい…

よっちんのブログ•4ヶ月前

DeconstruCT.F 2023 Writeup

この大会は2023/8/5 17:07(JST)～2023/8/7 5:07(JST)に開催されました。 今回もチームで参戦。結果は325点で712チーム中263位でした。 ただこの大会、問題盗用等で問題になった模様。 途中からやる気もなくなりましたが、 自分で解けた問題をWriteupとして書いておきます。 Avail Your Good Boy Points (Misc, Easy) ルールにフラグが書いてあった。 dsc{y0u_4re_4_g00D_80Y} where-are-the-cookies (Web, Easy) $ curl https://ch291050125115.…

プログラム系統備忘録ブログ•4ヶ月前

防衛省サイバーコンテスト 2023 write-up

防衛省サイバーコンテスト 2023(参加者間では「防衛省CTF」等とも呼ばれていました)へ参加しました。そのwrite-up記事です。 本コンテストは3回目の開催で、今回からコンテスト終了後はwrite-up等の公開が許可されています。なお、前回以前の募集ページも同一URLであり、以前の内容は現時点では閲覧不能のようです。参考として前回以前の募集時のInternet Archiveリンクを貼っておきます: 第1回(2021/03/14開催)募集時ページ 第2回(2022/08/21開催)募集時ページ 2023/08/08(火) 22:35頃に、「Analysis」問題、「Ladder」問題の解…

はまやんはまやんはまやん•4ヶ月前

防衛省サイバーコンテスト2023 Writeups

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