トランスクリプトームの解析には、次世代シーケンシング技術を用いたRNAシーケンシングが有効である。de novoゲノムアセンブリと同様に、de novoトランスクリプトームアセンブリは、リファレンスゲノムや追加のアノテーション情報に依存しないが、より困難である。特に、アイソフォームは発現量が非常に不均一（例：1:100）な場合があり、低発現のアイソフォームを特定するのは非常に困難である。一つの課題は、de Bruijn グラフにおいて、多重度の高い誤った頂点／辺（高発現アイソフォームによって生成される）を、低発現アイソフォームによる多重度の高くない正しい頂点／辺を除去することなく、除去すること…