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・・・•5年前

snakemakeでバリアントコールパイプライン構築

今回は snakemake でバリアントコール パイプラインを構築してみたいと思います。 bcftoolsによるバリアントコール まずはbamファイルからバリアントコールを行うルールを書いていきます。 rule bcftools_mpileup_call: input: rg="read_groups.tsv", bam=expand("bam/{sample}_sorted.bam", sample = samples['sample']) output: "vcf/calls.bcf" params: ref=config['ref'] shell: "bcftools mpileup -…

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