ryuon

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  WLC:
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    bue9 (linux) の RYUON を update:
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      libstokes のコンパイルで、がっくりくる。 guile が 1.6 だ……（cf. 4/15/2008）。 面倒なので古い stokes-guile.c をそのまま戻した。
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      libstokes/test は OK.
      stokes/src/stokes3 も通るようになった。
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      4/17/2008: GUILE16 を導入、それなりに対応。
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  コードのチェック：
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    以前やってたチェック・シリーズは 1/23/2008 で途切れている。
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      理由は electrophoresis にぶち当たったこと。 （そっちは先日のセミナーを期に切り上げた。）
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      粒子系での FTS の負の固有値、という所までは追い詰めた。 まず、ここに戻ってみるか……（不毛な気もするが）。
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    FTS 負の固有値問題
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      まずは過去の再現。現状のコードでもまったく同じ状況であることを押さえた。
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  WLC:
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    DNA モデルのチェック：
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      FTS の問題は待ってられないので、F で DNA モデルの検証を進める。
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      既存の比較すべき結果をまとめる。 FENE と dWLC の比較ができる状況はありうるようだ。
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    dWLC のパラメータ：
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      まず、コードの無次元化の状況をまとめる。
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      で、しかるべく実装：
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        bonds は、あれこれ考えたが、 結局新しい bond type (6) を導入することで対応。
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        angles は scale というパラメータを導入（bonds の fene のようなもの）。 これで計算時の係数を適切にスケールすることにする。
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      とりあえず、実装完了。

nanoプロジェクト

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  DNA の実験（simulation のチェックになるもの）の文献をちょっと収集。