任天堂より2004年7月22日に発売されたニンテンドーゲームキューブ用ロールプレイングゲーム。開発元はインテリジェントシステムズ。
紙のようにペラペラなマリオ、"ペーパーマリオ"が主人公のRPG。「マリオストーリー」の続編に当たる。
前作よりキャラや世界が紙のような質感が増し、絵本の中を冒険しているような感覚が楽しめるのが特徴。また、シリアスな描写が多々あり、黒い任天堂のひとつとして語られることがある
ちなみに、北米版のタイトルは「Paper Mario: The Thousand-Year Door」である。
続編として「スーパーペーパーマリオ」、「ペーパーマリオ スーパーシール」がある。