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量子化学計算

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•10日前

Pyscfによる量子化学計算-Tkinterアプリ_4

引き続きPyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は分子軌道情報の表示部分になります。 def MO_anal(): # Molecular orbital analysis # Display 'Start' Label12=ttk.Label(text=u'Calculations(MO analysis) were started', font=("Times","12")) Label12.place(x=20, y=570) # Molecular orbital analysis (method in HF and MP2, function in DFT) …

#Pyscf#量子化学計算#分子軌道

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186ブックマーク現状では、量子コンピュータを使っても特に高速に組合せ最適化問題や量子化学計算、機械学習は解けない件 | blueqatblueqat.com
32ブックマーク日本勢の新手法、量子コンピューターの「キラーアプリ」量子化学計算の実現に光明xtech.nikkei.com
9ブックマーク【PySCF】分子軌道可視化【Pythonで始める量子化学計算】 - LabCode量子化学計算用のソフトウェア: PySCFとは PySCF（Python Simulations of Chemistry Framework）は、Pythonで書かれた無料・商用利用が可能なオープンソースの量子化学計算Pythonライブラリです。PySCFは特に電子構造計算に対応しており、密度汎関数理論（DFT）、ハートリー・フォック法、ポストハートリー・フォック法...labo-code.com
8ブックマーク【PySCF】TD-DFT計算を使ってUVスペクトル可視化【Pythonで始める量子化学計算】 - LabCode4. TD-DFTとは？TD-DFT（Time-Dependent Density Functional Theory、時間依存密度汎関数理論）は、分子の励起状態の性質を研究するための計算手法です。通常の密度汎関数理論（DFT）は基底状態のエネルギーと電子分布を求めるのに対し、TD-DFTは時間依存する系の応答を解析し、分子の光学的性質を評価するために使用さ...labo-code.com
8ブックマーク【PySCF】構造最適化・振動数計算のやり方【Pythonで始める量子化学計算】 - LabCode今回使用するPyscf, Avogadro, py3Dmolは以下の目的で利用しています。 Pyscf : 構造最適化計算・振動数計算の実行Avogadro : 分子構造座標作成py3Dmol：Google colab上で分子の可視化 量子化学計算用のソフトウェア: PySCFとはPySCF（Python Simulations of Chemistry Framework）は、Pythonで書かれた無料・商用利用が...labo-code.com
7ブックマーク【PySCF】IRスペクトル・熱力学的特性の解析【Pythonで始める量子化学計算】 - LabCodeこの記事は、Pythonで量子化学計算ができるPyscfを用いて、分子のIRスペクトルや熱力学的特性を取得する方法を解説します。DFT計算による構造最適化、振動数計算、IRスペクトルの可視化、熱力学的特性の取得までを扱います。これにより、Pyscfの物性解析を理解し、分子の最安定構造を得る方法を学ぶことができます。また...labo-code.com
7ブックマーク【PySCF】Pythonで始める量子化学計算【一点計算】 - LabCodeこの記事では、Pythonを使って手軽に始められる量子化学計算ツール「PySCF」について解説します。無料で利用できるPySCFを使いこなす方法と、主に一点計算によるエネルギー計算を行う手順について詳しく解説しています。機械学習や化学分野での応用に役立つため、PySCFの基本操作をマスターすることで、研究やプロジェク...labo-code.com
7ブックマークPySCFとGPUの連携で中・大規模分子を解析【Pythonで始める量子化学計算】 - LabCode0. 量子化学計算用のソフトウェア: PySCFとは 参考文献[1]から引用 PySCF（Python Simulations of Chemistry Framework）は、Pythonベースのオープンソースの量子化学計算フレームワークです。PySCFは、高度な電子構造計算をシンプルかつ効率的に実行するためのツールを提供し、研究者や学生が量子化学の計算を容易に行...labo-code.com
6ブックマーク【PySCF】溶媒効果を取り入れた量子化学計算【Pythonで量子化学計算】 - LabCode量子化学計算用のソフトウェア: PySCFとは 参考文献[1]から引用 PySCF（Python Simulations of Chemistry Framework）は、Pythonベースのオープンソースの量子化学計算フレームワークです。PySCFは、高度な電子構造計算をシンプルかつ効率的に実行するためのツールを提供し、研究者や学生が量子化学の計算を容易に行える...labo-code.com

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•1ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算-Tkinterアプリ_2

前回に引き続きPyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は構造最適化の関数の定義になります。Tkinter アプリからの入力値を受けて、構造最適化を行う関数（Geom＿Opt）で、meth(Method：HF、DFT、MP2)、func（汎関数）、base（基底関数）から計算条件を設定しています。 MethodによってPyscfでのジョブの設定の書き方が少し違いますのでif文で分岐させて、methodごとの命令文としています。最適化した構造はoptfingeomとしてxyzファイル形式で保存（ファイル名はTkinterでの入力値：savename)しています。 あと計算の…

#Pyscf#Tkinter#量子化学計算
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算-Tkinterアプリ_1

これまでの記事でPyscfを利用した量子化学計算の様々な事例について紹介してきました。 計算の実施にあたり毎回コードを書くのも大変なので、典型的な計算が簡単にできるようにTkinterでPyscfの計算実施用アプリを作成してみました。今回以降複数回に分けて紹介してゆきたいと思います。 興味があれば使ってみてもらえればと思います。ただし、あまりきれいなコードではありませんし、一部エラーなどもあるかもしれませんが、その辺はご容赦ください。 Pyscf 利用によるTkinterアプリ画面import os import math import sys import h5py from concurr…

#Pyscf#Tkinter#量子化学計算
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•2ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　10　-溶媒効果-

量子化学計算は特に指定しなければ、通常は真空状態下での分子の状態が計算されます。ただ通常有機化合物は化学反応や各種物性測定を行う場合に溶媒に溶解させて行うことが一般的です。溶媒効果を考慮することは、実験に近い精度で分子のエネルギー、反応機構、物理化学的性質を理解するために不可欠で、量子化学計算を溶液中での現象に適用することで、実際の化学環境に即したより現実的な結果を得ることが可能になります。今回はpyscfでの溶媒効果の計算方法について紹介したいと思います。 PySCFではthe PCM (polarizable continuum model), ddCOSMO (domain-decomp…

#Pyscf#Python#量子化学計算#溶媒効果
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•3ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　9　-分極率計算-

前回の記事では紫外可視吸収スペクトルの計算について紹介させて頂きました。今回は分極率の計算について紹介したいと思います。 分極率は、分子の誘電特性や化学反応性、分子間相互作用、光学特性を把握するのに有用な物理量です。Pyscfでは以下のような流れで分極率を計算させることができます。まずこれまでと同様にXYZファイルから分子構造を読み込み、基底関数を設定します。その後、RHF法でSCF計算を実行し、分子の電子構造を求めます。 from pyscf import gto from pyscf import scf mol=gto.M(atom="ch3cn.xyz", basis='sto-3g'…

#Pyscf#量子化学計算#分極率
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•4ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　7　-軌道エネルギー計算と表示-

前回の記事では双極子モーメントの計算方法について紹介させて頂きました。今回は各軌道エネルギー計算と表示等について紹介したいと思います。 分子の軌道情報は分子の電子構造を理解する上で重要な情報です。特にHOMO（Highest Occupied Molecular Orbital）とLUMO（Lowest Unoccupied Molecular Orbital）は、分子の化学的および物理的性質に深く関わっており、分子の化学的性質、光学的特性、電子的特性を理解し、予測するための基本的な情報を提供します。これらの情報の解析は、新しい材料の設計や化学反応のメカニズムの解明、さらには応用技術の開発に至…

#量子化学計算#分子軌道
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•4ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　6　-双極子モーメントの計算-

前回の記事ではMullikenのポピュレーション解析の計算方法について紹介させて頂きました。今回は分子の双極子モーメントの計算について紹介したいと思います。 双極子モーメントは、分子内の電荷分布に関連した物理量で、分子の極性を示し、分子の物理的・化学的性質を理解するための基本的かつ重要なパラメーターです。量子化学計算を通じて双極子モーメントを求めることにより、実験結果の解釈や新しい分子や材料の設計に役立ちます。 pyscf では以下のようなコードで双極子モーメントを計算することができます。 from pyscf import gto from pyscf import scf mol=gto.…

#量子化学計算#双極子モーメント
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•5ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　5　-電荷計算-

前回の記事では振動計算の計算方法について紹介させて頂きました。今回はMulliken のポピュレーション解析に基づく電荷計算について紹介したいと思います。 Mulliken電荷は、分子内の各原子における電子密度の分布を解析するための手法です。具体的には、電子がどの原子に属しているかを示し、各原子にどれだけの正負電荷が局在しているかを定量化することができます。これらの値は、化学反応の理解や分子の物性評価 の指標として活用することができます。 pyscf では以下のようなコードでMulliken電荷を計算することができます。 from pyscf import gto from pyscf imp…

#量子化学計算#電荷
あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•5ヶ月前

Pyscfによる量子化学計算　4　-振動計算-

前回までの記事でpyscfでの構造最適化方法について紹介しました。今回は構造最適化後に一般的に実施される振動計算の方法について紹介したいと思います。 構造最適化では、分子の幾何構造がエネルギー極小点に達するように調整されます。しかし、計算が収束したからといって、それが真のエネルギー極小点であるとは限りません。振動計算を行うことで、得られた構造が実際にエネルギー極小点であるかどうかを確認できます。 すべての振動数が正であれば、構造が局所的なエネルギー極小点にあることを示します。これは、分子が安定な状態にあることを意味します。 一方、もし振動数に負の値が含まれている場合、その構造は鞍点（エネルギー…

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