江戸時代前期の天皇、治天の君。諱は識仁(さとひと)。 即位当初は後水尾法皇が院政を敷いていたが、法皇が崩御すると直接執務を執る。 その後、東山天皇に譲位し院政を行う。子天皇の即位に際し長らく途絶えていた大嘗祭を行った。幕府は「後水尾法皇は例外であり院政は認めない」とするも、上皇は黙殺し院政を始める。皇室再興を掲げることから幕府と対立することも多かった。 後、東山天皇は実権を父に握られていることに不満を持ち始め、近衛基熙や幕府の助力を得て親政を始める。しかし東山上皇は子・中御門天皇に譲位すると父より早く崩御してしまったため、再び霊元法皇の院政が始まるのである。