※2023年7月19日 一部修正 VCF形式 詳しい説明は省略。GATK公式による解説がおそらく一番分かりやすい。 VCFファイルを整形したり、ほしい多型情報を抽出するツールとしてはbcftoolsとVCFtoolsが定番となっている。個人的にはbcftoolの方が、 biocondaで配布している bamファイルからの多型抽出コマンドも備えていて、多型抽出からフィルタリングをシームレスに行える という点で扱いやすいと感じた。 bcftoolsのインストール方法 anaconda環境があればbiocondaからインストールできる。 conda install -c bioconda bcfto…