bioinformatics

このタグでブログを書く

言葉の解説

ネットで話題

bioinformatics

(サイエンス)

【ばいおいんふぉまてぃくす】

bioinformatics

バイオインフォマティクス

生命情報科学や生物情報科学と訳される生物学の研究分野。

Environment Modules：研究・開発環境をクリーンに保つ「module」コマンド

はじめに研究用の計算サーバーやHPC（高性能コンピューティング）環境で作業する際、「Aのツールを使いたいのに、Bのライブラリとバージョンが衝突してしまう…」といった悩みに直面したことはありませんか？特にバイオインフォマティクス分野では、日々増え続ける無数のツールを適切に使い分ける必要があり、環境管理は非常に複雑になりがちです。そんな環境の悩みをスマートに解決してくれるのが「Environment Modules」システムです。この記事では、Environment Modulesの概要とインストール方法、moduleコマンドの基本的な使い方、さらにmamba/biocondaでインストー…

ネットで話題

81ブックマーク MLAC2013 数式を使わずイメージで理解するEMアルゴリズム - Wolfeyes Bioinformatics beta はじめに Machine Learning Advent Calendar 2013の15日目を担当する@yag_aysです．専門はバイオインフォマティクスという計算機を使って生物学をする分野で，生モノではなく遺伝子の文字列相手に格闘している大学院生です．今回は初心者の人を対象に，なるべく数式を使わずにEMアルゴリズムについて解説してみたいと思...

yagays.github.io

72ブックマーク Bioinformatics and Computational Biology Lead, Special Projects - Google Careers

www.google.com

54ブックマーク iPython Notebookの--pylab inlineは使うのをやめようという話 - Wolfeyes Bioinformatics beta TL;DR ipython notebook --pylab inlineのかわりにipython notebook --matplotlib inlineを使おう．もしくはipythonの始めに%matplotlib inlineを実行しておく． iPython Notebookについて周知の事実だとは思うが，iPythonは超便利なPythonのインタラクティブシェルだ．その一部としてiPython Notebookというのがあり，...

yagays.github.io

33ブックマーク Pajek入門－巨大ネットワーク分析用フリーソフトウェア－: それゆけBioinformatics Pajek official site Developed by Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar at the University of Ljubljana, Slovenia. 1. Pajek概要 Pajekは、フリーのWindows (32 bit)用の巨大なネットワーク分析プログラムである。 Yeast two-hybrid (Y2H)法によるタンパク質－タンパク質相互作用ネットワークのような大量データ(多数...

bioinfo-goto.seesaa.net

31ブックマーククックパッドのウィンターインターンシップに参加してきた - Wolfeyes Bioinformatics beta 3/24から28までクックパッドのインターンシップに参加してきた．あんまり写真は無いけれども，一人の参加者として考えたこととか感じたことを書いていこうと思う．参加前 ESとウェブテストを受けて合格の連絡を貰うとともに，人事の方に「iOSかAndroidのネイティブアプリの開発をしてもらいたいのですが」と言われ，iOS...

yagays.github.io

30ブックマーク「外国語で発想するための日本語レッスン」読了 - Wolfeyes Bioinformatics beta 「外国語で発想するための日本語レッスン - 発声練習」の書評で興味が湧いて読んだのだが，まさにスゴ本，久しぶりに目から鱗が落ちるような体験をした．何気ないことへの明確な理論的解釈を与えられ頭の論理回路を再構築するような感覚で，知的興奮とは違った別の高揚感を感じた．本書は，最近良く言われるようになっ...

yagays.github.io

30ブックマークスライドメモ:KDD2014 Tutorial "The Recommender Problem Revisited" - Wolfeyes Bioinformatics beta Netflixの中の人によるKDD2014 Tutorialの”The Recommender Problem Revisited”のスライド1を読んだので，簡単にまとめてみた．レコメンドのこれまでと現状をひと通り網羅したチュートリアルという感じ．このスライドはKDD2014 Tutorial向けだけれど，今度のRecSys 2014のTutorialでも同様の発表があるようだ(link)．レ...

yagays.github.io

28ブックマーク Japanese Society for Bioinformatics - JSBi :: ホーム Call for a Postdoctoral Fellow for Professor Takahiko Koyama’s Lab (Keio Univ.)

www.jsbi.org

26ブックマーク ENZYME - SIB Swiss Institute of Bioinformatics ENZYME is a repository of information relative to the nomenclature of enzymes. It is primarily based on the recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and describes each type of characterized enzyme for which an EC (Enzym...

www.expasy.org

関連ブログ

Data_megane•1ヶ月前

bulk RNA-seq解析パイプラインガイド：QCから定量化までのツールトレンド

導入 bulk RNA-seq解析は、生命科学研究において非常に強力な手法ですが、その成功は「質の良いデータ」と「適切な前処理」にかかっています。シーケンサーから出力された生データ (FASTQファイル) には、品質の低いリードや実験由来の不要な配列（アダプター）が含まれている可能性があるためです。もちろん、近年のシーケンス技術の進歩でデータの品質は格段に向上していますが、これらのノイズを適切に取り除き、クリーンなデータにする「下ごしらえ」こそが、後の解析精度を保証する重要なステップとなります。この記事では、解析パイプラインの最重要ステップである「上流」、すなわち、品質管理 (QC) …

#Omics

Data_megane•1ヶ月前

バイオインフォマティクス環境構築：mambaでjupyterlab, Python (scanpy), R (Seurat) を分離

こんにちは、 @Tomoya_megane です。バイオインフォマティクス、特にscRNA-seq解析などを行う際、Python (scanpy) とR (Seurat) の両方を使いたい場面は非常に多いです。しかし、これらを1つの環境に詰め込むと、依存関係が衝突し、環境が壊れてしまうことも少なくありません。この記事では、超高速なパッケージマネージャmambaを使い、 jupyterlab専用の環境（UI層） Python (scanpy) 専用の環境（計算カーネル） R (Seurat) 専用の環境（計算カーネル）の3つを完全に分離して構築し、それらをjupyterlabに集約する、…

#Python#R

Data_megane•1ヶ月前

バイオインフォマティクス・オミックス解析：RとPython、どちらを学ぶべきか？

導入「バイオインフォマティクスやオミックス解析を学び始めよう！」そう決意したとき、多くの人が最初にぶつかる大きな壁があります。それは、「RとPython、どちらのプログラミング言語を学べばいいのか？」という問題です。 RとPythonは、どちらもオミックス解析の現場で広く使われている強力なプログラミング言語です。 Rの強み：統計解析と可視化 Rはもともと統計解析のために開発された言語です。そのため、バイオインフォマティクスの中核である「統計」に圧倒的な強みを持ちます。 1. 豊富な解析パッケージ群 Rの最大の強みは、統計解析からオミックス解析まで、あらゆるニーズに応える膨大なパッケージ…

#R#Python#Omics

バイオとインフォと•2年前

CRISPRで作製した遺伝子ノックアウト株のgenotypingをSanger sequencingで行うための解析ツール

概要 CRISPRによるgene knockout (KO) 株のgenotypingをSanger sequencingで行うためのデータ解析ツールを紹介します。

#bioinformatics#CRISPR#CRISPR-Cas9

バイオインフォマティクスの備忘録•2年前

cutadaptを用いたアダプター配列のトリミング

cutadapt cutadapt はpythonで書かれたハイスループットシーケンシングリードからアダプター配列、プライマー、ポリA テールおよびその他のタイプの不要なシーケンスを検出して削除するプログラムである。詳しくはこちらを参照インストール condaによるインストールが簡単。ホームページでは仮想環境の立ち上げを推奨しているが、他のソフトとはあまり干渉しない（著者はまだ経験していない）。 #condaによるインストール。著者はpython3.9で走らせてるが、割とどのバージョンでも動く。 conda install -c bioconda cutadapt #pipによるインスト…

#bioinformatics

maxtokiforniigata's diary•2年前

DNA配列をRで逆向きにする

DNA配列をRで逆向きにするここを参考にした。 #ライブラリを読み込む library(stringi) #sequenceを読み込ませる sequence <- "ggccgcTCAAGCGTAATCTGGAACATCGTATGGGTAc" #配列を逆向きに変換 stri_reverse(sequence) #出力結果 [1] "cATGGGTATGCTACAAGGTCTAATGCGAACTcgccgg"

#R#bioinformatics

バイオとインフォと•3年前