ryuon

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  Brownian dynamics
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    検証 run - 粒子編。
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      昨日の結果を眺める。
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      rej 版でも見てみる。やはり dt をかなり小さくしないとダメだな。
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      JGdP の場合も、dt が大きいとF^Bの計算でこける。
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    semi-implicit predictor-corrector スキームを自分なりに実装。
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      Jendrejack et al は１次スキーム。 mid-point や Ball-Melrose 並の semi-implicit を組もう、ということ。
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      Somasi et al や Hsieh et al のような、非線形方程式解法のトリックは 今のところ、なしで。

お勉強

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  昨日の収穫物をまとめておく（だけ、まとめておく）。
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  一本 slip の実験の論文に目を通す。 alex が興味を持ちそうなのでメールしておく。
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  その後 alex が来て、ついでに質問を聞くが、 その場ではよく分からなかった（shear viscosity と bulk viscosity の関係）。 後で色々と考えるに、彼が後者だと言っていたものは前者からの寄与で、 つまり彼の計算において彼が期待したような手抜きはやっぱり出来ないよ、 という結論だな。

ARPACK problem

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  In a few days, I was stuck in some problem on ARPACK.
  Some check in libstokes using ARPACK failed on openSUSE
  (although the same code is just fine on FreeBSD and SUSE-Linux).
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  By comparing the behaviors between openSUSE and FreeBSD step-by-step,
  it is found that the problem is coming from "dlarnv",
  the random number generator in LAPACK, which returns
  "nan" in some element.
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  At first I suspect some memory-leakage in my side, but it looks fine.
  Then, I googled and found the site "ARPACK/LAPACK Symbol Duplication"@tiker. After applying the patch for SECOND,
  all checks are fine on openSUSE. Thanks for the pactch.

  Hopefully, this posting will save somebody some trouble.

  That's true.
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  Now I guess that some trouble of ARPACK on FreeBSD before
  is also related to this.
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  12/14/2007: the problem is just gone (?)