Fukuです。こんにちは。 NGS解析 で浮かんだ疑問を解決するコマンドを紹介します。 今日の目的 Whole Genome Sequenceや Whole Exome Sequenceにおいて NGSシーケンサのアラインメントファイル(BAM, SAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成します。 BAM ↓ chr1 65838 65942 chr1 65948 65963 chr1 69470 69602 ... これを例えば、「Depthが10未満の領域は下流解析から除く」という目的に利用できます。(この目的なら、ほかの方法もありますが) 方法 …