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(サイエンス)

【ばいおいんふぉまてぃくす】

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バイオインフォマティクス

生命情報科学や生物情報科学と訳される生物学の研究分野。

Environment Modules：研究・開発環境をクリーンに保つ「module」コマンド

Environment Modules：研究・開発環境をクリーンに保つ「module」コマンドはじめに研究用の計算サーバーやHPC（高性能コンピューティング）環境で作業する際、「Aのツールを使いたいのに、Bのライブラリとバージョンが衝突してしまう…」といった悩みに直面したことはありませんか？特にバイオインフォマティクス分野では、日々増え続ける無数のツールを適切に使い分ける必要があり、環境管理は非常に複雑になりがちです。そんな環境の悩みをスマートに解決してくれるのが「Environment Modules」システムです。この記事では、Environment Modulesの概要とインス…

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81ブックマーク MLAC2013 数式を使わずイメージで理解するEMアルゴリズム - Wolfeyes Bioinformatics beta はじめに Machine Learning Advent Calendar 2013の15日目を担当する@yag_aysです．専門はバイオインフォマティクスという計算機を使って生物学をする分野で，生モノではなく遺伝子の文字列相手に格闘している大学院生です．今回は初心者の人を対象に，なるべく数式を使わずにEMアルゴリズムについて解説してみたいと思...

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72ブックマーク Bioinformatics and Computational Biology Lead, Special Projects - Google Careers

www.google.com

54ブックマーク iPython Notebookの--pylab inlineは使うのをやめようという話 - Wolfeyes Bioinformatics beta TL;DR ipython notebook --pylab inlineのかわりにipython notebook --matplotlib inlineを使おう．もしくはipythonの始めに%matplotlib inlineを実行しておく． iPython Notebookについて周知の事実だとは思うが，iPythonは超便利なPythonのインタラクティブシェルだ．その一部としてiPython Notebookというのがあり，...

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33ブックマーク Pajek入門－巨大ネットワーク分析用フリーソフトウェア－: それゆけBioinformatics Pajek official site Developed by Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar at the University of Ljubljana, Slovenia. 1. Pajek概要 Pajekは、フリーのWindows (32 bit)用の巨大なネットワーク分析プログラムである。 Yeast two-hybrid (Y2H)法によるタンパク質－タンパク質相互作用ネットワークのような大量データ(多数...

bioinfo-goto.seesaa.net

31ブックマーククックパッドのウィンターインターンシップに参加してきた - Wolfeyes Bioinformatics beta 3/24から28までクックパッドのインターンシップに参加してきた．あんまり写真は無いけれども，一人の参加者として考えたこととか感じたことを書いていこうと思う．参加前 ESとウェブテストを受けて合格の連絡を貰うとともに，人事の方に「iOSかAndroidのネイティブアプリの開発をしてもらいたいのですが」と言われ，iOS...

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30ブックマーク「外国語で発想するための日本語レッスン」読了 - Wolfeyes Bioinformatics beta 「外国語で発想するための日本語レッスン - 発声練習」の書評で興味が湧いて読んだのだが，まさにスゴ本，久しぶりに目から鱗が落ちるような体験をした．何気ないことへの明確な理論的解釈を与えられ頭の論理回路を再構築するような感覚で，知的興奮とは違った別の高揚感を感じた．本書は，最近良く言われるようになっ...

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30ブックマークスライドメモ:KDD2014 Tutorial "The Recommender Problem Revisited" - Wolfeyes Bioinformatics beta Netflixの中の人によるKDD2014 Tutorialの”The Recommender Problem Revisited”のスライド1を読んだので，簡単にまとめてみた．レコメンドのこれまでと現状をひと通り網羅したチュートリアルという感じ．このスライドはKDD2014 Tutorial向けだけれど，今度のRecSys 2014のTutorialでも同様の発表があるようだ(link)．レ...

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28ブックマーク Japanese Society for Bioinformatics - JSBi :: ホーム AMED【公募予告】「再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム（再生・細胞医療・遺伝子治療研究開発課題（基礎応用研究課題））」に係る令和8年度公募について

www.jsbi.org

26ブックマーク ENZYME - SIB Swiss Institute of Bioinformatics ENZYME is a repository of information relative to the nomenclature of enzymes. It is primarily based on the recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and describes each type of characterized enzyme for which an EC (Enzym...

www.expasy.org

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bulk RNA-seq解析パイプラインガイド：QCから定量化までのツールトレンド導入 bulk RNA-seq解析は、生命科学研究において非常に強力な手法ですが、その成功は「質の良いデータ」と「適切な前処理」にかかっています。シーケンサーから出力された生データ (FASTQファイル) には、品質の低いリードや実験由来の不要な配列（アダプター）が含まれている可能性があるためです。もちろん、近年のシーケンス技術の進歩でデータの品質は格段に向上していますが、これらのノイズを適切に取り除き、クリーンなデータにする「下ごしらえ」こそが、後の解析精度を保証する重要なステップとなります。この記事で…

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DNA配列をRで逆向きにするここを参考にした。 #ライブラリを読み込む library(stringi) #sequenceを読み込ませる sequence <- "ggccgcTCAAGCGTAATCTGGAACATCGTATGGGTAc" #配列を逆向きに変換 stri_reverse(sequence) #出力結果 [1] "cATGGGTATGCTACAAGGTCTAATGCGAACTcgccgg"

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