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実はhokkai7go•1日前

DICOM入門とruby-dicomのRubyバージョンアップ対応検討

はじめに医療情報技師の資格を取って1年半以上がたった。 blog.hokkai7go.jp 医療情報システムの支援先でMWMサーバについての調査が必要となり、DICOMという医用画像のフォーマットや通信に関する規格について学んでいる。規格について知るだけでなく、DICOM自体のソフトウェア的な実装についても学びたいと考え、OSSの実装に触れてみている。一旦、現在の理解度や立ち位置について書き残しておきたい。 DICOMという規格について JIRA（日本画像医療システム工業会）がボランティアベースで日本語訳を公開してくれているのでこれを読みつつ、Gemini 2.5 Proに質問を投げていく感…

#医療情報システム#Ruby#DICOM

ネットで話題

47ブックマーク OsiriX DICOM Viewer | The world famous medical imaging viewer With high performance and an intuitive interactive user interface, OsiriX is the most widely used DICOM viewer in the world. It is the result of more than 20 years of research and development in digital imaging. It fully supports the DICOM standard for an easy integration in your workflow environ...

www.osirix-viewer.com

16ブックマーク規格の攻防 - レジ袋から次世代DICOMまでようこそゲストさんブログトップ記事一覧ログイン無料ブログ開設 PageView=9230541 日付順の見出しあまりにも恥ずかしい最近言及したキーワードカテゴリー参加しているはてなリング

d.hatena.ne.jp

14ブックマーク DICOM - Wikipedia DICOM（ダイコム）とは、CTやMRI、CRなどで撮影した医用画像のフォーマットと、それらを扱う医用画像機器間の通信プロトコルを定義した標準規格である。名称は Digital Imaging and COmmunications in Medicine（医療におけるディジタル画像と通信）の略である。米国放射線学会（英語版）とアメリカ電機工業会が制定し...

ja.wikipedia.org

13ブックマーク DICOM DICOM® is the international standard to transmit, store, retrieve, print, process, and display medical imaging information

www.dicomstandard.org

12ブックマーク一般社団法人日本画像医療システム工業会【JIRA】：DICOMの世界最終更新日：2023年11月17日 2023/11/17 オブジェクト識別子（DICOM-UID）を新たに追加発行しました。 2023/09/15 オブジェクト識別子（DICOM-UID）を新たに追加発行しました。 2023/05/29 「個人情報関連」の匿名化標準サンプルを更新しました。 2023/03/14 「個人情報関連」に匿名化標準サンプルを掲載しました。 2022...

www.jira-net.or.jp

12ブックマーク link集/DICOM - NomisoBraaan Wiki DICOM(Digital Imaging and COmmunications in Medicine)に関するリンク集各種ライセンスについては、下記ページも参照方。 link集/その他#license 関連ドキュメント Document/SourceForge.jp - SourceForge.jpの利用方法 Document/SourceForge.net - SourceForge.netの利用方法情報「だいこむ」と発音するらしい・・...

www.nbrains.net

12ブックマーク医療画像をiPadで閲覧――iPadアプリ「DICOMビューワホルスの目」

www.itmedia.co.jp

11ブックマーク DCMTK - dicom.offis.de Description DCMTK is a collection of libraries and applications implementing large parts the DICOM standard. It includes software ... for examining, constructing and converting DICOM image files handling storage media sending and receiving images over a network connection as well as demonstrative...

dicom.offis.de

10ブックマーク DICOM通信プロトコルのまとめ

nabe.adiary.jp

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【Python】DICOMデータをシーケンス名でフォルダ分け

DICOMデータをシーケンス名でフォルダ分けする。 DICOMデータはあらかじめフォルダごとに分けられているが、名前は降られていない状態。 import os ws = "work spaceのフォルダ名" os.chdir(ws) import shutil import pydicom fd_main = "DICOMデータが入っているフォルダ名" fds = os.listdir(fd_main) fds = [fd for fd in fds if not fd.startswith('.')] fd_destination = "D:/MEGA\MEGAsync/ws_2024033…

#‘python#DICOM

Radi_tech’s blog•2年前

【MATLAB】MRI画像をRescale slope, Scale factorで補正する

MRI画像をRescale slope, Scale factorで補正する。 ↑はPHILIPSの場合ちなみにこれはSignal intensityをそのまま使うときようのものであって、SNR、CNRなど”比”をとるときは必要ない。〜 dcm_path = "DICOMデータのpathを書く" dcm_data = dicomread(dcm_path); dcm_data = double(dcm_data); info = dicominfo(dcm_path); RescaleSlope = info.RescaleSlope; Scale_factor = info.Private…

#DICOM#DICOMビューア#MRI#MATLAB

Radi_tech’s blog•2年前

【Python】DICOMを撮像条件で名前をつけて保存する。

DICOMを撮像条件で名前をつけて保存する。今回は、"TR_◯◯◯◯_TE_◯◯◯◯.dcm"とする。こうしておくと管理がしやすい。〜 import os import shutil import pydicom ws = "ワークスペースフォルダパスを書く" os.chdir(ws) dcm_path = os.path.join(ws, "00000010.DCM") tmp_dcm = pydicom.dcmread(dcm_path) TE = str(round(tmp_dcm.EchoTime)) TR = str(round(tmp_dcm.RepetitionTime))…

#DICOM#MRI#Python#AI

Radi_tech’s blog•2年前

【MATLAB】DICOM のタグを任意に編集して保存する

DICOM のタグを任意に編集して保存する。今回は、すべてのタグを一度からにして、任意のタグの値を編集する。 % DICOMファイルからinfoを読み込む dcm_path = "パスを書く"; info = dicominfo(dcm_path) % タグの数を得る names=fieldnames(info) length(names) ％タグを一旦空にする emp_info = info for x= 1:length(names) emp_info = setfield(emp_info,names{x},""); end % タグを編集する ed_info = emp_info ed…

#MATLAB#DICOM#編集#MRI

Radi_tech’s blog•2年前

【MATLAB】DICOMデータをCSVへ一括変換

DICOMデータをCSVへ一括変換する。 MRIのT1 mapなどの処理に有用。 % dcm 2 csv main_fd = "DICOMデータが入っているフォルダを指定"; imgs = dir(main_fd); imgs = imgs(3:end); csv_fd = "CSVファイルを保存するフォルダを指定"; for x = 1:length(imgs) img_path = fullfile(main_fd, imgs(x).name); img = dicomread(img_path); nm = split(imgs(x).name,"."); csv_path = full…

#DICOM#MATLAB#CSV#MRI

Radi_tech’s blog•2年前

【Python】MRI dicomデータを各pixcelの信号強度のcsvファイルに一括変換

MRI dicomデータを各pixcelの信号強度のcsvファイルに一括変換する必要なmoduleはpydicom 事前にpip install pydicomでinstall しておく ws = 'ワークスペース用フォルダ' os.chdir(ws) import os import glob import pydicom import numpy as np import pandas as pd # path of dicom folder dcm_fd = "フォルダpathを書く" # create file list of dicom images dcm_fls = glob.g…

#Python#DICOM#CSV#csv 書き込み

Radi_tech’s blog•2年前

【MATLAB】DICOM情報を付加するJPEGをDICOM変換

GANや超解像で作成した画像データ（JPEG, PNG）を元のDICOMデータの情報を付加してDICOM変換する。 % 元のDICOMデータのlist作成 dcm_fd = フォルダ名; dcm_fls = dir(dcm_fd); dcm_fls = dcm_fls(3:end); dcm_fls = {dcm_fls.name}; % JPEGデータのlist作成（今回は超解像をやったことにてHR (high reso) としている） HR_fd = フォルダ名; HR_fls = dir(HR_fd); HR_fls = HR_fls(3:end); HR_fls = {HR_fls.…

#MATLAB#DICOM#AI#人工知能

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pydicomでDICOM headerからSOP classを判定

SOP class UIDはDICOM画像を生成してくれた機器の種類を表す値。具体的にはこんな具合の数字の羅列。 # CT 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2 # MRI 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4 詳しくはNEMAのサイトに一覧があるので参照されたい。 dicom.nema.org pydicomで簡単にSOP class UIDを扱う pydicomではSOP class UIDを扱うための関数とクラスが用意されている。これを利用すればより意図が明確なコードが書ける。 import pydicom dcm_file_path = '' dcm = …

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こんにちは！こーたろーです。再開したばかりですが、早速壁が・・・・医療画像の取扱いは結構難しいことが分かってきました。なぜなら、今回テーマに挙げているように、DICOMファイルを使うからです。 DICOMデータの変換をするツールができたら、公開したいと思いますので、こうご期待！今回は、DICOMファイルをTensorflowで扱えるようにする処理を行っていきます。 DICOMファイルとは DICOMデータのダウンロード TCIAファイルを開く！画像データを入手！ライブラリ、オブジェクトのインポートデータのロードデータ配列変換

#DICOM#pydicom#Anaconda#画像解析#医療AI#Python