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【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•5 日前

【Python】DICOMのソート処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 ソースコード : dcm_sconv.py 使い方 目的 様々なSeriesDescriptionで撮像されたDICOMデータを、SeriesDescriptionごとにフォルダ分け DICOMをNIfTI変換 Pythonで実行 準備 PythonでDICOMを扱うために、pydicomを用いる。 pip3 install pydicom ソースコード : dcm_sconv.py ソースコードは、次の通り。 以下のファイルを「dcm_sconv.…

#DICOM#MRI#Python#Ubuntu#Deep learning#MachineLearning

ネットで話題

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48ブックマークOsiriX DICOM Viewer | The world famous medical imaging viewerWith high performance and an intuitive interactive user interface, OsiriX is the most widely used DICOM viewer in the world. It is the result of more than 15 years of research and development in digital imaging. It fully supports the DICOM standard for an easy integration in your workflow environ...www.osirix-viewer.com
24ブックマークYAKAMI DICOM ツール集（フリーの DICOM Viewer/Converter/etc.）YAKAMI DICOM ツール集（フリーの DICOM Viewer/Converter/etc.） Tweet @yakaminmをフォロー 新着情報 注意! 2014年1月の最終バージョン公開以後、活動を停止しております。 注意! "DICOM Viewer" （非 DirectX 版）の ver. 1.2.0.0 以降で利用可能な「コマ落ち無し描画」を 有効にするには、 Windows Aero が有効にな...www.kuhp.kyoto-u.ac.jp
16ブックマーク規格の攻防 - レジ袋から次世代DICOMまでようこそゲストさん ブログトップ 記事一覧 ログイン無料ブログ開設 PageView=9230541 日付順の見出し あまりにも恥ずかしい 最近言及したキーワード カテゴリー 参加しているはてなリングd.hatena.ne.jp
14ブックマークDICOMDICOM® is the international standard to transmit, store, retrieve, print, process, and display medical imaging informationwww.dicomstandard.org
13ブックマーク一般社団法人 日本画像医療システム工業会【JIRA】：DICOMの世界最終更新日：2019年12月25日 2019/12/25 「DICOM勉強会資料」に資料を掲載しました。 2019/10/23 「DICOM勉強会資料」に資料を掲載しました。 2019/10/23 「JIRAからの報告」に資料を掲載しました。 2019/09/30 オブジェクト識別子（DICOM-UID）を新たに追加発行しました。 2019/09/12 「DICOMの歴史と勉強会資料」の「D...www.jira-net.or.jp
13ブックマークDICOM - WikipediaDICOM（ダイコム）とは、CTやMRI、CRなどで撮影した医用画像のフォーマットと、それらを扱う医用画像機器間の通信プロトコルを定義した標準規格である。 名称はDigital Imaging and COmmunications in Medicineの略である。米国放射線学会（英語版）とアメリカ電機工業会が制定した規格で、異なる製造業者の医用画像機器...ja.wikipedia.org
12ブックマーク医療画像をiPadで閲覧――iPadアプリ「DICOMビューワ ホルスの目」 - ITmedia Mobilewww.itmedia.co.jp
11ブックマークlink集/DICOM - NomisoBraaan WikiDICOM(Digital Imaging and COmmunications in Medicine)に関するリンク集 各種ライセンスについては、下記ページも参照方。 link集/その他#license 関連ドキュメント Document/SourceForge.jp - SourceForge.jpの利用方法 Document/SourceForge.net - SourceForge.netの利用方法 情報 「だいこむ」と発音するらしい・・...www.nbrains.net
11ブックマークdicom.offis.de - DICOM Software made by OFFIS - DCMTK - DICOM ToolkitDescription DCMTK is a collection of libraries and applications implementing large parts the DICOM standard. It includes software for examining, constructing and converting DICOM image files, handling offline media, sending and receiving images over a network connection, as well as demonstrative ...dicom.offis.de

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【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•14 日前

【脳MRI画像解析ケーススタディ】超解像AIの評価　～大脳皮質解析の観点から～

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 解析手法 1. 皮質厚計測 準備 実行 結果 2. 皮質厚評価 準備 実行 結果 各大脳皮質の分布：data_hist?.png Ground truthに対する相対誤差：Relative_error_in_cortical_thickness.png 平均二乗誤差（MSE）と平均絶対誤差（MAE）：MSE_MAE.csv, MAE_result.png, MSE_result.png Ground truthからの絶対差に対する検定：indepen…

#DICOM#DeepLearning#machine learning#Ubuntu#MRI
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•18 日前

【Python スクレイピング】投稿論文情報とインパクトファクターIFを取得

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 方法 ① researchmapから、投稿した論文情報を取得 ② 雑誌のインパクトファクターIFを取得 ③ ①と②を結合して、投稿した論文とインパクトファクターの情報が載ったCSVを出力 目的 researchmapから、投稿した論文情報を取得 雑誌のインパクトファクターIFを検索・追加し、CSVで出力 背景 「学術雑誌等に発表した論文・著書のうち、主なもの（過去５年間）を記載せよ。」 投稿した論文はたくさんあるけど、IFが高くて最近の論文はどれだろ…

#Python#machine learning#DeepLearning#Ubuntu#Linux#DICOM
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•3 か月前

【脳画像解析】Tract-Specific Analysis (TBSS)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 はじめに TBSSの処理内容 データ準備 GLMの準備 実行 結果 有意差の有無の確認（corrected_P_report.txt） 有意差のあった領域の確認（tbss[map name]＿tfce＿corrp＿tstat?＿fill.nii.gz） 各脳領域ごとに計測した定量値（all＿[map name]＿*＿mask.txt） alll_MK_mask.txt alll_MK_skeletonised_mask.txt 目的 TBSSを用いた脳画像…

#MRI#DICOM#machine learning#Python#Ubuntu#DeepLearning
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•3 か月前

【まとめ】MRI脳画像解析の基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 0. はじめの一歩 画像表示ソフト（Viewer）について MRIcron ITK-SNAP（準備中。。。） FSLeyes（準備中。。。） MRView（準備中。。。） FreeView（準備中。。。） Linuxのお作法（基本） 1. 前処理 1.1. DICOMのソート (Sort) 処理（準備中。。。） 1.2. DICOMをNIfTIに変換 1.3. 拡散MRIの前処理（歪み補正&頭の動き補正） 2. 定量値の計算 2.1. 基本的な拡散定量値 …

#FSL#MRI#DICOM#DeepLearning#machine learning#Ubuntu
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•3 か月前

【脳画像定量値】基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 導入 ソフトウェアの処理 準備するデータとディレクトリ構造 実行 結果 目的 脳画像解析における基本的な拡散定量値 (DTI/DKI/NODDI)を計算 導入 拡散MRIは、単に水分子の拡散状態をMRIの信号値で可視化した画像であるが、MRIの信号値は絶対量ではないので、この画像では群間比較のような相対評価はできない。そこで、拡散MRIから水分子の拡散状態を定量し、絶対量を計算する。定量方法はさまざまであり、次のような手法が提案されている。 拡散テンソルイ…

#DICOM#FSL#Python#machine learning#DeepLearning#Ubuntu
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•3 か月前

【脳画像前処理】拡散MRIの前処理（歪み補正&頭の動き補正）

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 脳画像解析における拡散MRIの問題点 磁化率効果に起因する画像の幾何学的歪み（位相エンコードをAP方向として撮像した場合） 撮像中の頭の動き 使用するソフトウェア TOPUP --datain（Acquisition_parameters）について --indexについて 画像の歪み補正の効果 EDDY 頭の動き補正の効果 サンプルコード 目的 拡散MRIの前処理（歪み補正&頭の動き補正） 脳画像解析における拡散MRIの問題点 拡散MRI (Diffusi…

#DICOM#Python#machine learning#deeplea#Ubuntu#FSL
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•3 か月前

【SPM】LinuxのターミナルからSPMを操作

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 リポジトリ 1_Applywarp_MNI2Subj 目的 必要なファイル ソースコード spm_util_deform_inv.m run.sh 目的 LinuxのターミナルからSPMを操作 リポジトリ 例は、GitHubのリポジトリに保存してある。 github.com 1_Applywarp_MNI2Subj 目的 被験者のDWI空間からMNI空間への変換行列を用いて、MNI空間上にあるROIをDWI空間へ移動させる 必要なファイル 必要なファイルは…

#Python#MRI#DICOM#DeepLearning#machine learning
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•4 か月前

【脳画像解析】拡散MRIを用いたDTI / Tractographyの基本

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 MRtrix3のインストール 拡散テンソルイメージング（DTI）解析 準備するデータ 前処理 DTI定量値の計算 FA MD AD RD Colur-encoded FA DTI定量値の計測 トラクトグラフィー（Tractography） 準備するデータ Seed imageの作成方法 MRIcron ITK-SNAP Tractographyの生成 run.sh 結果の表示 コマンドから表示する場合 Manualで開く場合 seed imageを変更した…

#MRI#DICOM#Python#DeepLearning
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•4 か月前

【脳画像解析】DWI maskの作り方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 dwi2maskの使い方 データ準備 目的 DWIからDWIのmaskを生成 コマンドは、MRtrix3のdwi2maskを用いる dwi2maskの使い方 dwi2maskに必要なのは、DWIとその軸情報。NIFTIからMIFに変換する際にb-vectorやb-valueといった軸情報を織り込んでいれば-fslgrad <bvecs> <bvals>の指定は必要ない。 $ dwi2mask -fslgrad <bvecs> <bvals> input o…

#MRI#DICOM#Python#FSL
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•4 か月前

【初心者MRI画像解析】DTIFITを用いたDTI解析

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 DTIFITの基本的な使い方 データが一つの時 データが複数ある場合。 run.sh 目的 拡散MRIをDTIFITを用いてDTI解析 DTIFITの基本的な使い方 必要なデータは以下。 DWI images b-vectors file b-values file DTIFITを実行するには次のコマンドを実行する。<>の中身を自身の持っているファイル名に適宜置き換える。は任意。ドルマーク$は、入力する必要はない。以下同様。 $ dtifit -k <DW…

#MRI#DICOM#Ubuntu#FSL#Python
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•4 か月前

【FSL】BEDPOSTXの使い方

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 BEDPOSTX 例 目的 BEDPOSTXの利用方法の取得 BEDPOSTX BEDPOSTXの実行には、次のようなファイルが必要。 さらに、ファイル名は次のようにしておく必要がある。 Sub001/ ├── bvals # DWIのGradient Table ├── bvecs # DWIのGradient Table ├── data.nii.gz # DWI └── nodif_brain_mask.nii.gz # b=0のマスク BEDPOS…

#Linux#DICOM#FSL#Python#Deep learning
サラリーマンの癌闘病日記•8 か月前

入手したCTやMRI検査画像を個人的に楽しむ方法

治療とは言え、結構な自己負担額を強いられるCTやMRI検査。 身体の状態を知るにはメジャーな検査なのでしょうが、どうも自分が輪切りにされているようで気分の良いものではありませんよねぇ。 高額な検査を受けているわけですし、せっかく超高級カメラで取り込まれた画像を堪能しない手はありませんよねぇ。 今回は、私が自分の輪切りデータ等を個人的に楽しんでいるWindowsで動作するフリーソフトを紹介です。 もしかすると、もっとお手軽に閲覧できる方法があるかもしれませんが、よい方法をお持ちの方は是非紹介いただければと思います。 //

#DICOM#闘病日記#横行結腸癌#肝臓癌#CT検査#MRT検査#セカンドオピニオン
【初心者向け】基礎＆実践プログラミング•5 日前

【Python】DICOMのソート処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 ソースコード : dcm_sconv.py 使い方 目的 様々なSeriesDescriptionで撮像されたDICOMデータを、SeriesDescriptionごとにフォルダ分け DICOMをNIfTI変換 Pythonで実行 準備 PythonでDICOMを扱うために、pydicomを用いる。 pip3 install pydicom ソースコード : dcm_sconv.py ソースコードは、次の通り。 以下のファイルを「dcm_sconv.…

パソコン関連もろもろ•22 日前

PythonでDICOMファイルを扱う

はじめにデータは 標準ディジタル画像データベース(DICOM版) | 日本放射線技術学会 画像部会から『Nodule154images (806MB)』をダウンロードさせて頂きました。 Shiraishi J, Katsuragawa S, Ikezoe J, Matsumoto T, Kobayashi T, Komatsu K, Matsui M, Fujita H, Kodera Y, and Doi K.: Development of a digital image database for chest radiographs with and without a lung nodu…

Bye Bye Moore•先月

GNU Octaveで画像を重ね合わせ三次元モデルをつくる　その３：複数枚の画像を三次元的にプロット

shuzo-kino.hateblo.jp の続き。 だいぶ間が開いてしまいましたが……。 実際のところ MATLABにはsliceviewerという、狙った機能そのまんまなのがあります。一方、Octaveにはsliceというのもあります。 UIcontorlも使って、何とかsliceviewerみたいなのができないか……。画像の配列を作って、isosurfaceとisocapでやるのが良さそうです。 今書いてまs 参考もと ボリューム データセットのサブセットを抽出 - MATLAB subvolume - MathWorks 日本 ボリューム データの可視化 - MATLAB & Simu…

文献斜め読み２•先月

ORTHANC

2012年にDICOM serverをmac mini/dcm4cheeで運用開始した。2020年始めにHD容量が不足し、内蔵HDを２Tに入れ替えた hardの耐用年数の観点から、運用継続に懸念がでつつあるので、最近のopen source DICOM serverについて調べた 参考サイト 参考サイトのトップにORTHANCが紹介されていた macではフォルダ内のstartOrthanc.commandをクリックで起動可能 ちなみにコマンドファイルを起動時に実行は、dockにいれて、右クリック、オプション、ログイン時に開くでできる 追記 最近のOSXではsecurityの関係で、一回目の起動…