こんにちは。 本日はバイオインフォマティクス の中でもメジャーなRNA-seqデータの発現比較解析において、ちょっとユニークな解析手法をご紹介します。 EBSeqはRNA-seqデータの遺伝子またはアイソフォームの発現比較解析のためのRパッケージです。 経験ベイズモデルを利用して発現変動遺伝子(DEG)を検出します。3群以上の多群比較におけるDEGの検出にも使用できます。 ベイズモデルを利用しているため、 とくに多群比較でどの群間に差があるのかを1回の計算で判定できるのが長所 サンプル数が大きいとDESeqなどよりDEGの精度が良いという報告もある 一方、p-valueといったお馴染みの値が出…