はじめに 現在、Apixabanの結晶構造を対象に、分子間相互作用を調べるための計算を進めています。 今回やっているのは、結晶中のあるApixaban分子を中心分子（A）として、その周囲に存在する分子を少しずつ追加しながら、xTB2による多体計算を行うというものです。 最初は、 「ORCAで大きめのxTB計算を回していたら、なぜか途中で落ちる」 という、よくある計算トラブルだと思っていました。 ところが調べていくと、ORCAそのものではなく、その内部で呼び出されているxTBが、特定の計算段階でスタックオーバーフローを起こしていることが分かりました。 今回は、その切り分けの過程を記録しておきます…

これまで、Apixabanの溶解度を理論計算から説明できないか、というテーマで計算を進めてきた。 目標は単純だ。 「この溶媒ならよく溶ける」「この溶媒ではほとんど溶けない」 という実験結果を、単なる経験則ではなく、 「なぜその溶解度になるのか」 という分子レベルのエネルギーとして説明したい。 そのためには、溶媒和エネルギーだけを計算しても十分ではない。 分子が溶けるためには、まず結晶から分子を引き離さなければならないからだ。 今回は、これまで計算してきたApixaban結晶の分子間相互作用を一段進め、 「結晶表面からApixaban分子を実際に引き離す」 という計算モデルを設計するところまで進…

― OPI 2.0.0を使ったPython連携を試してみた ― 最近、計算化学の作業をできるだけ自動化できないかと考えている。 現在取り組んでいるのは、ORCAを使った量子化学計算や、xTB2による分子動力学（MD）、溶媒を含む系の計算などだ。 これまでは、 ORCAのインプットを作成 ↓ ORCAを実行 ↓ .outファイルを確認 ↓ 必要な結果を手作業で拾う という流れだった。 しかし、計算が複雑になってくると、この作業を毎回手動で行うのはなかなか大変だ。 そこで今回は、**ORCAをPythonから操作するためのOPI（ORCA Python Interface）**を使って、Windo…

Ollama + Qwen3 + Cline + ORCA-Pi（OPI）をつないでみる 最近、ローカル環境でAIエージェントを動かす環境を少しずつ構築しています。 これまでにもOllamaを使ってローカルLLMを動かしたり、ClineからAIにコードを書かせたりしてきました。 今回さらに一歩進めて、 「ローカルAIエージェントから、実際の量子化学計算環境まで操作できないか？」 ということを試してみました。 最終的に目指しているのは、 Cline ↓ Qwen3 ↓ Python ↓ ORCA-Pi（OPI） ↓ ORCA ↓ 計算結果 ↓ Qwen3 という流れです。 まだ完全な自動化には到…

前回の記事で、AvogadroとORCAを使って分子のエネルギーを計算する方法を学びました。しかし、静止した分子のエネルギーを知るだけでは、化学反応や分子の性質を十分に理解したとは言えません。 今回は、分子を「最適化」し、IRスペクトルのアニメーションを作成し、さらには静電ポテンシャル（ESP）マップを描くまでの流れを、初心者の方向けに分かりやすく解説します。 1. 構造最適化と振動計算（Opt Freq） 分子を描いただけの状態では、原子間の距離や角度が必ずしもエネルギー的に最も安定な状態とは限りません。まずは「構造最適化（Opt）」を行い、その後に「振動解析（Freq）」を実行します。 O…

「量子化学計算をやってみたいけれど、高価なソフトが必要では？」「環境構築が難しそう……」そんな風に思っていませんか？ 実は、現在では完全無料かつブラウザや個人のPCで動かせる強力なツールが揃っています。今回は、全くの初心者が分子の描画から、本格的な計算ソフト「ORCA」を使いこなすまでのステップを実体験に基づいて解説します。 1. まずは「Avogadro」で分子を描いてみる 計算を始めるには、まず「計算したい分子の形」を作る必要があります。そこで最初に導入するのがAvogadro 2です。 役割: 分子エディタ。直感的な操作で原子を並べ、3D構造を作成できます。 ポイント: 「Extensi…

はじめに 第1章: Orca とは何か — ADE という発想 エージェントを走らせる環境という位置づけ エージェントの状態は色で確認する 従来の使い方との対比 第2章: Worktree-native ワークフロー タスク = 隔離された worktree というモデル start-from の使い分けと非同期作成 作成に失敗したときの対処とセッション復元 画面をどう組み立てるか — タブとペインの split キーボードナビゲーションを利用する — Quick Open と Jump Palette ライフサイクルと標準 git との相互運用 第3章: マルチエージェント運用 — チームを…