Program DataBaseの略。
Protein Data Bank (PDB) はタンパク質や核酸の三次元構造のレポジトリ。
はじめに Visual Studioを用いてデバッグを行う場合、基本的にはデバッグの開始ボタンを押してブレークポイントを適当な場所へ置くことでできます。 しかしながらプロジェクトの中には大量にソリューションファイルがあり、単体では動かないために上記の方法が取れない場面が出てくるケースもあります。 その場合のデバッグ手法について今回は備忘録も兼ねて書いてみることにしました。 1. プロセスにアタッチ 大量にソリューションファイルを分けている場合、そのままではアプリは動かないため、リリースファイル用のフォルダが別途用意されていて各ソリューションをビルド後、そのdllファイルを対象のフォルダへ移動さ…
はじめに この記事を読まれる皆さんは、普段からデバッガーを使っているのではないでしょうか。 デバッガーを用いて関数の呼び出し履歴であるコールスタックを参照することは、ダンプファイルの解析やリバースエンジニアリングに役立ちます。 では、そんなデバッガーのコールスタックの構築方法はご存じでしょうか。 VisualStudio でビルドされた 32bit の Windows 実行ファイル(x86)を確認すると、関数のプロローグで call 直後にスタックのベースポインタ(ebp)を保存、ebp をスタックの先頭に更新という処理が見られます。 このため、32bit の実行ファイルにおいては ebp を…
2022年5月15日(日)締切の懸賞 var year = "2022";var month = "5";var day = "15";var hour = "23";var minute = "59";var centi = "4"; var convert = "0";var roop = ""; var cnt1 = "日";var cnt2 = "時間";var cnt3 = "分";var cnt4 = "秒"; var baseoffset = "none";var cuttime = ""; var br1 = "1";var br2 = "";var br3 = "";var …
機械学習は、どう使うのか、どう使われているのかを、日々、考え、調べ、学んでいる（つもりである）。 機械学習はさまざまな分野で用いられているが、機械学習を用いることによって得られた成果は、高解像度、高速、自動化、高精度化、分類、などでAI/AGIというほどのものではなく、見慣れてしまっているものが多い。 しかしながら、PauliNet, FermiNet, AlphaZero, AlphaFoldなどは、レベルが違っているように感じる。その仕組みを理解し、そのアルゴリズムを使ってみたいと思う。さらに、N. Artrithらがナノ粒子表面のDFTシミュレーションを機械学習を使って精密化している研究…
はじめまして。freee の SRE チームに所属している nkgw （Twitter） です。 普段はエンジニアリングマネージャーをしつつ、開発チームの新規プロダクトリリースサポートをやっています。 我々のチームは大部分のプロダクトのコンピューティングリソース (CPU / Memory など) を Amazon Elastic Kubernetes Service (EKS) で実行できるようにインフラ基盤移行 (EC2 → EKS) を進めてきました。 移行プロジェクトの大部分は 2021 年 7 月に無事終わったのですが、移行スケジュールを最優先としたため割り当てている各リソースはかな…
OpenMMの使い方を順番にたどるシリーズのまとめです。 この記事はシリーズ全体の総括と各記事へのリンクまとめが主目的です。 また、備忘録としてうまくできなかったことものせておきます。ProLIFの踏み込んだ設定やParmEdのファイル変換機能にふれています。 1. 全体の総括 2. きっかけと感想 3. このシリーズでできなかったこと 4. （おまけ）試したけどうまくいかなかったもの 4-2. ProLIFの相互作用パラメータを変えた再解析 4-2-1. 課題 4-2-2. おさらい 4-2-3. ProLIFの相互作用の定義 4-2-4. RDKitでSMARTSパターンの認識をチェック …
OpenMMの使い方を順番にたどる記事のPart 9です。 前回の記事（Part 8）では「低分子 - タンパク質複合体」についてシミュレーション系の構築と計算の実行を行いました。この記事では結果の解析を行います。 一般的な解析手法についてはPart 6、Part 7で確認しました。この記事では「低分子リガンドとタンパク質の相互作用解析」に焦点を当てたいと思います。 コードは基本的にTeachOpenCADD T020：Analyzing molecular dynamics simulationsとMaking it rain : Protein-Ligand smulationsからお借り…
OpenMMの使い方を順番にたどる記事のPart 8です。 Part 7まででタンパク質単体のMDシミュレーションについて、「①準備（前処理）、②実行、③結果の解析」の流れがなんとなくわかりました。第１ステージはクリア！…ということにして、第２ステージ「低分子 - タンパク質複合体」のシミュレーションを試したいと思います。 この記事ではTeachOpenCADD T019：Molecular dynamics simulationで行われている「複合体シミュレーション系の構築と計算」の理解を目指します。題材にする構造はPDB ID: 3POZでEGFRタンパクとリガンドの複合体です。 低分子リ…
オープンソースのプログラムでMD計算をお勉強する記事のPart 7です。 今回は前回（part 6）に引き続き、MDAnalysisを使ったシミュレーション結果のトラジェクトリ解析（パート②）を行います。また、解析ツールとしてPyTraj も利用します。 使用するデータはEGFRタンパク質（PDB ID: 3POZ）についてOpenMMで1ns計算したものです。 ペアの運動パターンはどこ？？ 1. この記事で試す解析 2. 主成分分析（PCA） 2-1. MD計算の主成分分析って？ 2-2. MDAnalysisで解析の準備（おさらい） 2-3. MDAnalysisで主成分分析 2-3-1.…
OpenMMの使い方を順番にたどる記事のPart 6です。 前回まででOpenMMを使ったMDシミュレーションの準備&実行（とコードの書き方の理解）ができました。今回はシミュレーション結果のトラジェクトリ解析に挑戦したいと思います。 この記事で取り上げるソフトウェアはMDAnalysisです。またコードはTeach OpenCADD T20・Analyzing molecular dynamics simulationsを参考にしています。 途中で力尽きたので今回は解析のパート①です。*1 MDAnalysisでゆらゆら解析！ 1. MD計算のデータ解析って何するの？ 2. この記事で試す解析…
メッセージボックスというのかメッセージウィンドウというのか分からないが、↓これが出なくなった時の対処法 メッセージボックスgimp.message("てすと")等した時にメッセージボックスが出ないので調べてみた。 GIMP画像ウィンドウの下部にエラーメッセージが表示されている可能性あり。 エラーコンソールが表示されているのであれば閉じる。 エラーコンソールGIMPメニュー→「表示」→「ステータスバーの表示」のチェックを外す。余談だがデバッグする時はエラーコンソールが出ていた方が便利。 ついで。メッセージボックスの出し方 gimp.message("てすと") か pdb.gimp_messag…
OpenMMの使い方を順番にたどる記事のPart 5です。前回までで、GUIのOpenMM Setupを利用して作成したファイル（①タンパク質構造、②シミュレーション実行プログラム）を用いて、Google Colab上でシミュレーションが実行できることを確認できました。 今回は「シミュレーションプログラムの中身がどのようになっているか？」、 OpenMMのコードの書き方について眺めて見たいと思います。 また、コードの解釈に先立って「OpenMM プログラムの全体像（各クラス間の相関関係）」を把握したいと思います。 1. プログラムの全体像（相関図） 1-1. Diagram of classe…
テキストボックスをまとめて全て縦書きにするプラグイン作った。 グループになっている場合は子の部分まで縦書きにする。 インストール方法 以下をコピペしてファイル名をchenge_tategaki.pyにしてutf-8で保存後、GIMPのプラグインフォルダーに入れる。 GIMPのメニューの「レイヤー」→「chenge tategaki 」をクリックすると動作する。 プラグインフォルダーはGIMPを起動し「編集」→「設定」→「フォルダー」→「プラグイン」で確認の事。 #!/usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- from gimpfu import * def …
テキストレイヤーの下に指定した色でテキストレイヤーの文字の分だけ四角で塗りつぶしを作るプラグイン。 漫画の翻訳や書き直し等でテキストレイヤーの下の文字を隠したい時に使う。 文字だけでは隠し切れない場合の為に一回り大きく透明なふちが着くようになっている。 また、塗りつぶしで吹き出しの端が消えないように丸く角を取れるようにした。 どこの色で塗るか？の「背景の色」はテキストレイヤー真ん中のすぐ上の色を使って塗りつぶす。 インストール方法 以下をコピペしてファイル名をadd_background_fill.pyにしてutf-8で保存後、GIMPのプラグインフォルダーに入れる。 GIMPのメニューの「レ…
何故か、Windows XPでも、かつてのMS-DOSのファイルが読み込めなくなった オンラインで編集した、Listを、USB-2.0に入れ、Windos XPで、Readしていたら旧形式のFileが、完全に扱えなくなった。Windows XPは、32BITアプリにも対応しているOSだが･･･。だから余計うるさいのかも･･･ 今のSystemどうも、符号暗号化されたID化されたCodeが入ってしまう様だ Windows XPでも、オンラインのListからProgramが、入ってしまった可能性が高い オフラインのパソコンについて、何とか、データが使えないよう、試行錯誤しているらしい。多分対象は、…
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