Program DataBaseの略。
Protein Data Bank (PDB) はタンパク質や核酸の三次元構造のレポジトリ。
はじめに Visual Studioを用いてデバッグを行う場合、基本的にはデバッグの開始ボタンを押してブレークポイントを適当な場所へ置くことでできます。 しかしながらプロジェクトの中には大量にソリューションファイルがあり、単体では動かないために上記の方法が取れない場面が出てくるケースもあります。 その場合のデバッグ手法について今回は備忘録も兼ねて書いてみることにしました。 1. プロセスにアタッチ 大量にソリューションファイルを分けている場合、そのままではアプリは動かないため、リリースファイル用のフォルダが別途用意されていて各ソリューションをビルド後、そのdllファイルを対象のフォルダへ移動さ…
シーモア・ハーシュ：ウクライナで「別の何かが進行しようとしている」著者：Seymour Hersh, via Scheerpost この記事は、米軍によるロシアのノルドストリーム（パイプライン）破壊工作に関するシーモア・ハーシュのオリジナル・レポートの続報です。「seymourhersh.substack.com 」で登録すると、ハーシュをサポートすることができます。 先週土曜日、ワシントン・ポスト紙は、ウクライナのウォロデミル・ゼレンスキー大統領は今年初め、バイデン大統領とホワイトハウスにロシア国内へのミサイル攻撃の拡大を強く求めたことを示すアメリカ情報機関の機密文書を暴露する記事を発表した…
最近のブレイクスルーで、深層学習を用いて複数配列アラインメント（MSA）の進化情報を利用し、タンパク質の構造を正確に予測することができるようになった。しかし、オーファンタンパク質や抗体のような進化の早いタンパク質のように、相同タンパク質のMSAが常に利用できるとは限らない。また、タンパク質は通常、一次アミノ酸配列からその三次元構造へと自然環境下で折り畳まれるため、進化情報やMSAは、タンパク質の折り畳み形態の予測には必要ないはずである。ここでは、一次配列のみから高分解能のタンパク質構造を予測することに成功した初めての計算手法であるOmegaFoldを紹介する。単一配列からの予測を可能にするタン…
昨日は気温が 27 度くらいになったらしい。今年始めての半袖にした。今日も朝から暑く、29 度くらいまで気温が上がったらしい。半袖半ズボンでも暑かった! AERO 16 OLED の iGPU GIGABYTE AERO 16 OLED のファームウェア等を更新したら、GRUB や Linux boot 中に文字が小さくなりすぎるのが直ったが、代わりに MUX が iGPU 側でも Intel CPU 内蔵 GPU が動かなくなってしまった……。prime-select intel でも on-demand でもダメである。 "Cannot run in framebuffer mode. P…
毎年恒例、お正月の創薬ちゃんの創薬人格付けチェック。今年はタンパク質の複合体がお題でしたね。 元旦恒例 #創薬人格付けチェック！今回はタンパク質–ペプチド間相互作用。動画(平行法ステレオ図)に示す２つの結合構造のうち、片方が正解構造、もう片方はAlphaFold2が生成したまことしやかな幻だ。正しいと思うのはどちらだろうか？ 次のツイートで投票を取る。#souyakuchan_quiz#格付けチェック pic.twitter.com/AtAHShY9rG— 叢雲くすり (創薬ちゃん) 💊LLM創薬チャレンジ開催中 (@souyakuchan) 2023年1月1日 アンケート結果を見てAlpha…
文化庁公式サイト 書籍もあるよ！ 文化庁以外 漢字テストで「才」と書いたらバツ食らった話 文化庁が「才」名指しでOK出してる 漢字の書き順(ついで) コメント 恒例「返却されたテスト用紙がこんな採点されてた！ひどい！」写真は捏造では？ 教育としてどうなんだ説 ブコメより デモデモダッテ自分はそう習ったもん最近の子だけズルい 関連しない記事・嘘雑学・嘘敬語・了解/承知・ご苦労さま/お疲れさま 広告 文化庁公式サイト 例として掲げた手書き文字の字形は，飽くまでもその漢字において実現し得る字形のごく一部であり，標準の字形として示すものではないhttps://www.bunka.go.jp/seisa…
実際のところ from gimpfu import * def create_image_with_text(filename, text): # Create a new image image = gimp.Image(320, 320, RGB) # Create a new layer layer = gimp.Layer(image, "Background", 320, 320, RGB_IMAGE, 100, NORMAL_MODE) # Add the layer to the image image.add_layer(layer, 0) # Set the gradient…
実際のところ Gimpを開いて「フィルター」 =>「 Python-fu」 手元環境では何故かPython2.7系と古い上に、メソッド中で空白を入れるとインデント不正で怒られる……。 試す 外付けストレージ"D"の特定パターンの画像に赤い丸を from gimpfu import * import glob def draw_red_circle(image_path, x, y, radius): # Open the image image = pdb.gimp_file_load(image_path, image_path) # Get the layer of the opened …
前回に続き、Oracle Database19cと21cの隠しパラメータを比較した結果の纏め。今回は19cと比較して21cで新規に登場した隠しパラメータのうち、_o～_zから始まる隠しパラメータを記載する。※19cとの比較による新規隠しパラメータの抽出であるため、20cで新規登場したものも21cでの新規として記載する。隠しパラメータ数が多いため、PCでの閲覧推奨。
前回に続き、Oracle Database19cと21cと比較して、21cで新規に登場した隠しパラメータのうち_g～_nで始まる隠しパラメータを記載する。※19cとの比較による新規隠しパラメータの抽出であるため、20cで新規登場したものも21cでの新規として記載する。隠しパラメータ数が多いため、PCでの閲覧推奨。
Visual Studioをインストールしたり、個別にBuild Tools for Visual StudioをインストールするとMSBuildがインストールされます. リファレンスでは以下のように説明されています. Microsoft Build Engine は、アプリケーションをビルドするためのプラットフォームです。 MSBuild とも呼ばれるこのエンジンには、ビルド プラットフォームでソフトウェアを処理およびビルドする方法を制御する、プロジェクト ファイル用の XML スキーマが用意されています。 Visual Studio は MSBuild を使用しますが、MSBuild は …
画像処理シリーズ GIMPでPython-Fuを使った画像処理① - かすブログ GIMPでPython-Fuを使った画像処理② - かすブログ 前回のコードから、実際の写真に使えるようにプラグインをアップデート。 今回のフィルタを適用した画像 目次 スクリプト呼び出し時に設定値を変更出来るようにする モーションぼかし前に一定輝度以下の画素を削除する処理を追加 トーンカーブで一定輝度(clip_color)以下の値を0にクリップする 0をalphaに変換 ソースコード フィルタ実行結果と考察 スクリプト呼び出し時に設定値を変更出来るようにする 設定値をGIMPのスクリプト呼び出し画面から調整で…
前回に続き、Oracle Database19cと21cの隠しパラメータを比較した結果のうち、21cで新規に登場した隠しパラメータについての纏め。新規登場のパラメータ数が625個と非常に多いため、3回に分けて記載することとし、今回は_a～_fで始まる隠しパラメータを記載する。※19cとの比較による新規隠しパラメータの抽出であるため、20cで新規登場したものも21cでの新規として記載する。隠しパラメータ数が多いため、PCでの閲覧推奨。
前回の続き。 GIMPでPython-Fuを使った画像処理① - かすブログ 今回は実際にクロスフィルタを実装する。 クロスフィルタはレンズフィルタを使った工学的なフィルタのため、 画像処理で実施するクロスフィルタは当然疑似的なものとなる。 GIMPのモーションぼかしフィルタを使って疑似的な光芒を作成した。 クロスフィルタを使った写真の例 光が十字状に輝いているのがクロスフィルタの効果。 頂点の数はカメラの光芒の数に依存する。この写真では４枚。 ★参考にしたサイト★ ・スプライン曲線のメソッド leware.net ★環境★ windows-11 GIMP-2.10 python 3.11.2…
前回はOracle Databaseの初期化パラメータについて19cと21cの比較を行ったが、今度は隠しパラメータについて同様の比較を行ってみた。
前回の記事の続き。インスリンとレセプターの間の受容をシミュレーションするサンプルコードを生成してみます。 Q:ヒトインスリンとそのレセプターとの間での接続を分子動力学を持ってシミュレーションしたいと思います。サンプルとなるpythonコードを提示してください。OpenMMを使用してください。 A:以下は、OpenMMを使用してヒトインスリンとそのレセプターとの間での接続を分子動力学シミュレーションするための簡単なPythonコードの例です。まず、OpenMMをインストールし、必要なファイル（PDBファイル、力場ファイル）を用意する必要があります。 import openmm as mm imp…
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