Program DataBaseの略。
Protein Data Bank (PDB) はタンパク質や核酸の三次元構造のレポジトリ。
Oracle Database 12cR2(12.2)から、CDBレベルだけでなくPDBレベルでもAWRレポートを作成できるようになっていますが、AWRレポートの内容の違いについて知らなかったこともあり、今回はCDBとPDBでAWRに関する違いについて調べてみました。 なお今回の調査結果は、Linux版のOracle Database 19c(19.22.0)のRAC環境を用いて確認した結果をベースにまとめたものとなります。
SBDDに限らず、創薬にあたってポジコンやツール化合物があるかどうかは評価系構築の確度に関わる部分です。 ここをしっかりしてもらうことが、我々ケミストの成功の第一歩になります。 若い子「おじさん、すみません。共結晶が報告されてるリガンドを調べてもらうことってできますか？」 おじさん「いいよ。」 数分後... おじさん「結構な数があるね。」 若い子「これって買うか作るか出来ますか？」 おじさん「うーん調べるならちょっと時間ください」 よく知られてる標的だと結構な数の共結晶が報告されてますよね。 調べるだけで半日(~1日)かかっちゃいそうです。 そんなわけでpythonのスクリプトを書きました (…
はじめに Visual Studioを用いてデバッグを行う場合、基本的にはデバッグの開始ボタンを押してブレークポイントを適当な場所へ置くことでできます。 しかしながらプロジェクトの中には大量にソリューションファイルがあり、単体では動かないために上記の方法が取れない場面が出てくるケースもあります。 その場合のデバッグ手法について今回は備忘録も兼ねて書いてみることにしました。 1. プロセスにアタッチ 大量にソリューションファイルを分けている場合、そのままではアプリは動かないため、リリースファイル用のフォルダが別途用意されていて各ソリューションをビルド後、そのdllファイルを対象のフォルダへ移動さ…
sawatarimakoto.hatenablog.com 昨日の続き。 昨日は最初の段落をちまちま読んでいたが、ちゃんと本文を読んでいこうと思う。 お、やっぱりConnection Stringsはdatabaseのサービスに固有(specific)のものだってやっぱり書いてある。昨日学んだことが出てくると嬉しいね。 さっそくわからない単語が出てきた。CDB level???調べるとどうやらCDBというのはデータベースの集合らしい。PDB levelというのはそのデータベースの集積の中の一つ下の階層のようだ。 docs.oracle.com 意味がわからない。 理解を諦めて先に進むことにする…
分子ビューアーの長い学習曲線は、研究者が初めて構造生物学の分野にアプローチする際の妨げとなっている。ここでは、次世代のオンライン分子ビューアーとして、軽量で強力かつ使いやすいインターフェースである'The Protein Imager'を紹介する。さらに、このインターフェースは、出版物レベルの分子イラストを生成できる自動化されたサーバー側レンダリングシステムとリンクしている。Protein Imagerのインターフェースは、この分野の初心者にも専門家にも使いやすいように設計されている。このインターフェースは、モバイル機器でも高い応答性を維持したまま、非常に複雑な分子図を作成することができる。P…
構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論を行うことを可能にする。PPI3Dは3つの相互作用探索モードを提供する：(i) クエリと相同なタンパク質の全ての相互作用、(ii) 2つのタンパク質またはそのホモログ間の相互作用、(iii) 特定のPDBエントリ内の相互作用。このサーバーでは、同定された相互作用を要約と詳細の両方で対話的に解析することができる。これには、タンパク質注釈、構造、界面残基、対…
#大阪淀川区十三本町一丁目 #ワイズシャトーの4階、6階にお住まいの皆さん #騒音 #毎日昼頃のベランダの「バン」っていう騒音 #毎朝7時頃の迷惑ベランダ喫煙 #5階フロア騒音は全部505号室の犯行です！証拠音源聴けばすべてがわかります！こんな糞住人野放しにしとったらあかんで！家賃ドブに捨ててるようなもんや #腐れ騒音事故物件 #十三 #ワイズシャトー #なんでこんな糞物件で家賃45000するん? https://www.facebook.com/profile.php?id=100083448709463 #ゆうきじゅん #ゆうあ #優希純 #優愛 #迷惑住人 #騒音 #騒音トラブル #関連…
１．Ｈ３ロケット打ち上げ犯騒曲 2024年２月17日、国産ロケットH3-2号機が打ち上げに成功した。１年前の打ち上げ中止から数えて３度目にしての成功である。例によって、マスコミお得意の手のひら返しで、「激しさを増す宇宙ビジネスをめぐる国際競争で今後の日本の宇宙開発を担う“切り札”に」（ＮＨＫ）、「再挑戦実るH3ロケット２号機打ち上げ成功、宇宙開発利用の新エースに」（サイェンスポータル）等々、絶賛の嵐である。 しかしながら、蜀犬としては、喜び４割心配６割というところだろうか。 思えば２号機の打ち上げ成功から１年ほど遡った2023年２月17日、Ｈ３ロケット１号機の発射直前のことである。機体と地上設…
UFOを呼ぶダンス / ポップしなないで UFOを呼ぶダンス ポップしなないで ロック ¥255 provided courtesy of iTunes アイロニーナ / 煮ル果実 アイロニーナ 煮ル果実 J-Pop ¥255 provided courtesy of iTunes 会いたいな今夜 / ゆいにしお 会いたいな今夜 ゆいにしお J-Pop ¥255 provided courtesy of iTunes antlion / Chevon antlion Chevon ロック ¥255 provided courtesy of iTunes 日常侵略 / 夕方と猫 日常侵略 夕方と…
2024年4月25日にXを見ていたらとても興味深いポストを見かけました。それが「幕張コントリーグ」です。
はじめに こんにちは、データコネクタチームの韓です。 業務ではPythonを主に利用してデータ基盤の開発を行っています。PythonのデータバリデーションにおいてはPydanticというライブラリが有名で、私の業務でもよく利用しています。今回の記事では、実際にPydanticを使用してバリデーションを実装する際に直面した問題を再現しながら話したいと思います。 環境 Python 3.11.6 Pydantic 1.10.14 問題 サンプルコードは以下になります、バリデーションはmakerのidを0より大きい数字であることを保証しています。 from typing import Any fro…
システムのテスト工程などでSQLの性能試験を行った際に、SQLの実行計画は悪くないはずなのに、期待していたよりレスポンスが遅かったときなどに、何で遅いのか・何の処理過程で時間を消費しているのか調べたくなる時があります。 今回は、SQLトレースを用いて、SQL実行時の処理過程や各処理時間といった内訳を調査する方法について調べてみました。
低分子でいく 近年、低分子や抗体以外に様々なモダリティが開発され、それによって狙える標的の幅も大きく広がってきています。環状ペプチドは、抗体に代わって経口投与により細胞内タンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction, PPI)を阻害するアプローチとして注目されています。とは言え、現状では環状ペプチドの経口投与や細胞膜透過性は容易ではなく、盛んに研究が行われている状況です。一方で、PPIは結合面が平坦で広く柔軟であるため低分子で狙うには難易度が高い標的です。 今回は、日本発のベンチャーPRISM Biolab社によるPPIを標的として取得した環状ペプチドを低分子…
午後、非常に眠かったせいか、帰宅時に間違えて一つ下の階のドアに鍵をつっこんでしまって、回らないので気づいた。やらかしたなあ。不審者だと思われただろうよorz Composite map は邪悪 Composite map に対して精密化したモデルの是非を問うツイート を見た。 またこの話題か……。みんな好き勝手なことをしてグダグダだから、構造生物学からは距離を取りたいところなのだが、神がわざわざリンクを送ってきたのでコメントした。 まず、「実験構造として扱う」という質問が意味をなさない。ある程度は実験を反映しているし、ある程度は artifact を含むわけで、白黒つけるようなものではない。 …
こんにちは、テクニカルサポート課の 佐藤 光晃です。 本ブログは EC2 インスタンスの Windows Server 2022 に検証を目的とした Oracle Database を構築する手順例を紹介するブログとなります。 本ブログでインストールする Oracle Database 19c は OTN 開発者ライセンスの下で Oracle Database をダウンロードしてきたものとなります。 ※あくまで個人の学習用での利用の場合は無償で利用できるものとなっており、商業利用をする場合は正式にライセンスを購入する必要があります。 【参考情報】 Oracle Database Databas…
おはようございます今朝は寒かった……おかげで体調がよろしくない😓今日も休む～え、ダメ？🥺 pic.twitter.com/UWK3rvqJBb— れだっち (@Leda_Z7) 2024年4月10日 https://x.com/Leda_Z7/status/1777872218229440789?t=PIYN8PdB63IoXB2cXUyb2A&s=09
タンパク質間相互作用(PPI)は生物学において普遍的なものであるが、生化学的プロセスの根底にあるPPIの包括的な構造解析は不足している。AlphaFold-Multimer(AF-M)はこの知識のギャップを埋める可能性を秘めているが、標準的なAF-Mの信頼性指標では、関連するPPIと偽陽性の豊富な予測を確実に分離することはできない。この限界に対処するため、本著者らは、十分にキュレートされたデータセットを用いて機械学習を行い、プロテオームワイドスクリーンを含め、真のPPIと偽のPPIを分離する優れた性能を示すSPOCと呼ばれるStructure Prediction and Omics info…
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