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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•1年前

Pythonを活用した機械学習用データ作成　その３（誘電率）

前回の記事で機械学習用データとして屈折率データの算出について紹介してきました。今回はさらに屈折率データを活用した誘電率のデータ作成について紹介します。 分子の誘電率ですが、オンサガーの式を用いることで屈折率、双極子モーメントデータ等から算出することができます。屈折率は前回の手法で算出でき、またQM9のデータには双極子モーメントの計算データも記載されていますので、これらのデータを活用して誘電率のデータベースを作成してゆきます。 import pandas as pd import re from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import A…

#機械学習#誘電率#QM9#データセット

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あるケミストの独り言（winchemwinの日記）•1年前

Pythonを活用した機械学習用データ作成　その１（分子体積2）

前回の記事で機械学習用のデータとしてQM9のデータを活用した分子体積データの作成について紹介させていただきました。ただ、Rdkitモジュールを利用した場合計算に少し時間がかかってしまいQM9ぐらのデータ数（１０万以上）となるとPCのスペックにもよりますが、かなり時間がかかってしまいます。今回は体積計算にRdkitモジュールを利用せずにより短時間で算出できるコードを紹介します。 分子体積の計算は過去の論文の報告例（The Journal of Organic Chemistry, 68(19), 7368--7373, 2003）を利用しています。各原子の体積を元に結合数や環構造などを考慮しなが…

#分子体積#機械学習#QM9