スクウェア(現スクウェア・エニックス)より1993年8月6日に発売されたスーパーファミコン用アクションRPG。
聖剣伝説シリーズの第2作目。『聖剣伝説 〜ファイナルファンタジー外伝〜』の続編で、本作からファイナルファンタジーシリーズから独立し、システム面でも変貌を遂げている。
主人公はポトス村で村長に育てられた少年ランディ。ある時、伝説の聖剣を引き抜いてしまったため、数奇な運命に身を投じることになる。旅の途中で、パンドーラ王国の大臣の娘プリム、妖精族の子どもポポイが仲間になる。マナの力を狙う帝国軍との戦いに巻き込まれながら、自然の力をつかさどる精霊たちの力を借り、暴走したマナの力を封印するために世界を巡る冒険をする。
プレイヤーはランディ、プリム、ポポイの3人のうち一人を操作し、残る二人はNPCとして行動する。操作キャラクターはいつでも切り替えることができる。また、2人〜3人でのマルチプレイも楽しめる(3人プレイにはマルチタップが必要となる)。
8種類の武器と魔法が登場し、敵の弱点や周りの状況に合わせて使い分けることが可能。Bボタンを押し続けてゲージを貯めることで、必殺技が発動する。武器と魔法には熟練度があり、武器・魔法レベルを上昇させることで、より強力な技や魔法を繰り出すことができる。
聖剣伝説シリーズのおなじみのリングコマンドシステムも本作から登場。アイコン化された各種コマンドがリング状に表示され、画面を切り替えずにアイテムを使ったり、武器を切り替えることができる。
猫の商人ニキータや、伝説の白竜の子どもで乗り物になってくれるフラミーも本作から登場した。
WiiとWii Uのバーチャルコンソールで配信されている。
また、2009年10月26日より携帯電話アプリ版、2010年12月21日よりiPhone/iPod touch用アプリが配信がされている。
シークレット・オブ・マナ・ジェネシス/聖剣伝説2 アレンジアルバム